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20世纪70年代，一些日本学者注意到，随着社会向福利国家的转变，国家对于私人生活关系的监护程度越来越高，非讼事项范围不断扩大。与此同时，实体法权利义务的规范方式也趋于灵活化，一般条款增多，给法官审判诉讼案件带来宽泛的自由裁量权。为谋求裁判的妥适性，法院有时要作出“不受诉讼标的框架拘束的折中性处理”，或者需要依职权调查取证以发现案件真实，保证裁判结果的实质公平，有的案件不公开审理更有助于纠纷实质解决，有的案件当事人对简单、迅速地作出裁判有更为强烈的需求，等等，因此出现了“诉讼案件的非讼化现象”，即法院利用非讼程序解决诉讼案件。
邱联恭在此基础上更进一步，从反思诉讼与非讼程序“二元分离适用”之不足出发，提出诉讼程序法理与非讼程序法理交错适用论（以下简称“交错论”）。
交错论的问题意识源于现代社会民事纠纷复杂性和解纷方式多样化，要求民事程序发挥多元化机能，包括发现真实、程序促进、实质公平等。有的案件对达成正确和慎重裁判提出很高要求，有的案件则追求简易、经济、迅速的裁判。民事程序需要兼顾调和上述多重目标，充实程序，增强当事人对司法的信赖感。但是，单纯适用一种程序法理不能同时满足上述目标。继而认为诉讼程序法理与非讼程序法理诸要素可以重新组合，形成诉讼与非讼程序法理交错适用的新的审理方式。这种交错论下的新型审理方式，是指在同一程序中的不同阶段，或者不同事项，交错或分别适用诉讼和非讼程序法理。例如督促程序、担保物权实现程序，都属于具有私权确定之目的性的类型，但这些类型的案件对于简速裁判的需求度，远高于对诉讼程序程序保障基本要求的需求度，因此需要将主张权利的程序分成前后两阶段。在程序前阶段采用非讼法理，以非讼化方式（简易、书面审理）处理权利义务存否等实质事项；在程序后阶段当讼争性显现时，以部分诉讼法理（处分权主义、辩论主义、直接言词审理方式）处理。即便是所有权确认案件这样典型的诉讼案件，也可以依据不同情况灵活适用非讼程序法理，以实现具体裁判妥当性。如此可以充分发挥两种对立的程序法理的机能，共同服务于具体案件达成正确而慎重的裁判，或者达成简易、迅速而经济的裁判，或者达成合目的性、妥当性、展望性、创设性裁判等不同的目标，扩大民事程序解纷功能，提高社会对司法的信赖。
交错论的核心思想是：通过不同程序法理要素化，以程序保障的实质正当要求为标准，在具体案件中将诉讼与非讼程序法理要素进行自由组合，以整合不同性质的程序机能，继而有条件地承认非讼程序裁判的实质既判力，赋予非讼程序解纷功能，用一个程序彻底解决纠纷。值得肯定的是，交错论提出了真问题，即民事纠纷具有多样性，部分案件对简速裁判、妥当性裁判有特别需求，当事人主义模式下诉讼程序法理显示出不足。另外，也是针对我国台湾地区非讼法院专门化、诉讼与非讼程序的时空区隔而产生的程序僵化，给当事人解决纠纷、实现权利带来不便等现实问题。其理论愿景是美好的，但其缺陷也很明显，问题出在理论的出发点上。邱联恭虽然正确地指出诉讼法理与程序法理的机能在局部有交叉，但是由于实用主义工具论的误导，得出两种程序法理可以在一个民事程序中混用的伪命题。具体而言，交错论的理论缺陷有以下几点：
交错论的目的有明显的实用主义色彩。理论需要问题导向，理论也应当服务于解决问题。但交错论片面强调理论的“有用性”，采取后果主义的思维方式与逻辑进路，为达致预设理论目标淡化两种程序运行机理的本质区别，倒果为因地理解程序本质特征与程序法理的关系——将程序法理的外部特征作为程序内在本质。如此抹杀了两种程序的本质区别和不兼容性，再将不同程序法理要素打乱、重组，根据需要任意搭配。而选择性适用程序规则不仅模糊了诉讼与非讼案件的界限，牺牲了程序安定与规则刚性，更重要的是从根本上否定了程序的独立价值。当程序完全被当作实现审判理想的手段时，交错论便在不知不觉中将自己锁进了实用主义“工具理性铁笼”。
交错论将不同程序法理交错适用过程的样态分为三种类型：一是案件整体过程的交错适用，即诉讼案件的非讼化处理（如本票诉讼），或非讼事件的诉讼化运作（如裁判分割共有物方法）；二是案件中个别事项审理的交错适用，分别依据不同的程序进行判定，具有不同的法律效果，如扶养案件、公司收购股份案件；三是案件中不同程序阶段的交错适用，以讼争显现时点为准，分别适用非讼和诉讼程序法理，如本票追索、督促程序。至于交错适用对裁判效力的影响，交错论主张，根据程序样态的不同类型，按照程序保障程度，分别承认裁判效力。在程序保障充足的前提下，赋予非讼程序裁判实质既判力。如此确定裁判效力，尤其是赋予非讼程序裁判实质既判力，不仅突破了既判力理论的根基，而且得出同一程序可以分事项、分阶段适用不同程序法理，得出不同裁判结论，产生不同法律效力的结论。一方面导致同一程序前后阶段程序保障标准的不对等，违背民事诉讼当事人诉讼权利平等原则；另一方面令法院裁判效力性质呈现因案而异的不确定状态，无论民事诉讼法理还是司法实践均难以容忍。
交错论提出“广义的程序保障”概念，定义为“保障人民接近司法”，与仅指保障当事人程序权利的“狭义的程序保障”相对应，以此为目标对程序保障标准进行合目的性评价，批评传统程序保障标准的“形式一贯性”，认为应当以不同阶段、不同事项所需要的保障方式的“具体妥当性”作为评价标准。可见，交错论提倡的是实质的程序保障标准。但该理论没有解决如下问题：具体妥当性是谁的标准？谁来判断？对该保障标准有争议时谁是最后决定者？例如，在权利义务确定追求型案件中，如何判断具体个案对简速裁判需求的度？什么情况下属于“对达成简速裁判的需求的强烈程度超过了按照诉讼程序提供程序保障的原则性要求”，因而需要采取非讼化审判方式？同理，什么情况下属于“对正确性、妥当性裁判追求的强烈程度大于简速裁判追求的度”，因此需要采取诉讼化审判方式或者必须赋予法官较多裁量权？交错论或许认为法官作为最终决定者是不言而喻的，但是且不论法官是否能完成此项任务，如果不同的法官对此有不同看法，如何保证裁判结论的可接受性？这无疑是交错论中的一个理论真空地带。
交错论的论证看上去左右逢源，但因上述理论漏洞，在应对实践问题时难免左支右绌。交错论的应用目标集中在扩张非讼程序及其程序法理适用范围，赋予非讼程序解纷机能。如此结果是非讼程序泛化。而非讼程序泛化必定给实践带来如下问题：其一，程序保障的标准不确定，具体案件中可能损害当事人程序权利和程序正当性，不仅不能达到“提高人民对司法制度的信赖”的理论理想，反而削弱程序正当化机能。其二，同一案件程序性质的可变性，可能让具体个案中程序规则处于变动不居状态，且将程序转换的时间点、转换的标准、不同程序保障要素如何组合等涉及当事人基本权利保障的重大问题完全交由法官决定，事实上极大地强化了法官自由裁量权，同时弱化了程序规则的刚性，给审判权滥用提供寻租空间。其三，交错论让诉讼希望利用非讼程序法理的一些要素（如职权进行、简易主义、自由证明等），达致简便快速、发现真实、裁判妥适的目的，但让诉讼程序变得更加灵活的代价是让司法制度趋于非正式化。其四，交错论借由扩大非讼程序法理适用范围以扩张非讼程序制度功能，表面上看迎合了当事人规避另行起诉、更换法院之烦的需求，实际上导致非讼程序和非讼法院承受了超出其能力范围的诉讼事务。更何况交错论追求的是公正、慎重、妥适、简速、经济等综合的价值——不仅目标超高，而且相互抵牾——很可能因非讼程序与非讼法院制度供给不足、审判力量不充分、司法技术不匹配而难以胜任。如此非但不能成就交错论的美好愿景，反而损蚀非讼程序本身的正当性。
交错论提倡的非讼程序扩大适用可能带来的程序规则流动性，与我国当下司法改革努力追求的程序制度化、规范化发展方向并不搭调。而程序保障标准的实质化、主要依赖法官选择决定程序法理要素的组合的运作方案，对于正在极力克服司法权行政化运作弊端，提防超职权主义死灰复燃的司法改革而言，可能是灾难性的。