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民事程序分类研究的不足表现为以下几个方面：
第一，基本概念不统一，分类结果不合理。例如，新堂幸司将民事程序分为三大类：①处理民事纠纷的程序，包括判决程序、非讼程序、执行程序、保全程序。②判决程序的特别程序，包括票据程序及支票诉讼程序、小额诉讼程序、督促程序、人事诉讼程序、行政诉讼程序。③判决程序的附随程序，是指“诉讼之诉讼”，包括再审之诉、请求执行判决诉讼、起诉前的证据收集程序、证据保全程序、诉讼费用确定程序、抗告程序等。
这种分类并非建立在严谨的概念界定的基础之上。例如非讼程序、执行程序为什么属于“处理纠纷”的程序，并无合理解释。证据保全与诉讼保全同为保全程序，却被分别归入不同程序类型。将（婚姻、亲子、收养关系等）人事诉讼程序归入判决程序，但家事审判案件却作为非讼案件程序归类，至少局部存在矛盾。不同学者对“附随程序”的界定不同，分类结果也不一致。如伊藤真把附随程序界定为保障判决程序目的实现的程序，包括强制执行程序、保全程序、破产程序等。
张卫平认为附随程序是指依附于民事纠纷审理和裁判的子程序，如证据保全程序、诉讼保全程序、诉讼事项认定审查程序等。
第二，分类标准不科学，分类结果意义不大。国内较早关于程序分类与分层研究的成果是王强义所著《民事诉讼特别程序研究》。他以1991年《民事诉讼法》为蓝本，在法解释学框架内分析民事程序分类，认为民事（审判）程序最基本的分类是通常程序与特别程序。所谓通常程序，就是适用于一般民事案件的审判程序，包括普通程序、简易程序。其他由法院处理但不能适用通常程序的一切审判程序均归入特别程序，包括《民事诉讼法》中特别程序一章规定的所有程序、督促程序、公示催告程序和涉外民事诉讼程序。然后再对特别程序进行第二层次的分类，即以是否处理民事权利争议为标准，将特别程序分为非讼程序和具有诉讼性质的特别程序。非讼程序除宣告失踪/死亡、认定民事行为能力、宣告财产无主等程序外，还应当包括公示催告程序；剔除不属于民事程序的选民资格案件程序。具有诉讼性质的特别程序又可以分为三种：第一种是因诉讼标的（争议法律关系）性质有特殊性，需要有针对性地制定专门程序规则的特别诉讼程序，如身份关系（人事诉讼）、劳动纠纷、商事纠纷等案件的程序；第二种是完全不同于普通程序的“对案件作特别规定的”简易诉讼程序，即略式诉讼程序（以下简称“略式程序”），如督促程序、证书与票据诉讼程序等；第三种是辅助性程序，主要是指保全程序、承认和执行外国法院判决的程序等。他还指出，不少大陆法系国家把仲裁程序作为民事诉讼特别程序加以规定，起到拾遗补阙的作用。
由此可见，王强义采用的“通常—特别”分类法以普通诉讼程序为基准进行分类，把凡是不能适用普通程序的案件的审理程序都归入特别程序范畴。虽然此种分类看上去简单易懂、干脆利落，但是分类结果对于认识与运用民事程序并无多大意义。更为重要的是，因特别程序这个概念过大，不仅与现行《民事诉讼法》中同一概念的规范解释不相吻合，而且设置了一个“口袋概念”，其中既有非讼程序也有诉讼程序，既有略式程序又有专门程序，显得庞杂且交叉重叠。无形中透露出研究者的“普通程序中心论”思想，套用了“一般法”与“特别法”的概念，即把普通程序作为一般法，其他程序作为特别法。但这种套用又不符合一般法与特别法的相互关系与制度逻辑：如果按照一般法与特殊法的逻辑，应当把简易程序归入特别程序范畴；而普通程序与特别程序分别适用于不同的案件，两者并不存在重叠或平行的关系，也不存在优先适用特别程序的规则。再者，把诉讼与非诉讼两类异质性程序归入一类，势必给提炼特别程序一般法理造成巨大困难，反而不利于特别程序的研究与制度发展。
肖建国、张艳丽采用了囊括诉讼内程序与诉讼外程序（ADR）的“大民事程序”概念，以保障当事人程序选择权为目标讨论民事诉讼程序体系的建构问题，主张将价值取向和技术特征迥异的各类程序分类立法，如区分诉讼程序与非讼程序、审判程序与执行程序，诉讼程序区分私益诉讼程序与公益诉讼程序、财产诉讼程序与家事诉讼程序等，构建可以供当事人选择的“程序群”。
这种分类所依据的标准不统一，各种类型的程序相互之间存在交叉；又因不断变换分类标准，表面上看所论及的程序种类繁多，但分类结果未能覆盖所有民事程序，遗漏了督促程序、担保物权实现程序、司法确认程序，也未能透视各种程序之间的逻辑关系结构。
第三，未抓住非讼程序本质特征，诉讼与非讼程序界分不明。江伟主张按照性质将审判程序分为诉讼程序与非讼程序。
2012年修法前后，司法确认程序和担保物权实现程序的性质问题成为热议话题，激发了非讼程序研究热，推进了学界对程序类型划分的思考。承认非讼程序作为相对于诉讼程序的独立程序的观点很快达成共识。
廖中洪指出，民事程序分类标准有两个：第一个是根据审理案件的性质是否涉及民事权益之争，划分为诉讼程序与非讼程序两大类，并指出这是民事程序分类最基本的标准；第二个是根据审理的方式是否采用通常的全部程式，划分为普通诉讼程序、简易诉讼程序和略式程序。
章武生也认为民事诉讼程序最基本的分类是诉讼程序与非讼程序，主张用“非讼程序”取代我国民事诉讼法上的“特别程序”，并对构建我国的非讼程序制度提出初步设想。
“诉讼—非讼”分类法抓住了民事程序类型化的要害，对于民事程序初始分类而言无疑是正确的。但是，既有研究中所谓的非讼程序是一个非常宽泛的概念，不仅包括现行法规定的特别程序（除选民资格案件程序之外）所有案件程序，而且囊括督促程序、公示催告程序、破产还债程序。不少学者受德国、日本法影响，主张部分家事诉讼、公司诉讼、小额诉讼案件“非讼化”。
还有人把诉讼调解（停）也纳入非讼程序范畴。
如此一来，非讼程序也成了一个口袋概念，由于外延过宽，既有法律事实确认案件，也有民事权利确认案件，还有部分民事争议案件，因此概念内涵不清，无法与诉讼程序形成清晰的区别。
第四，分类结果层次性、结构性不足。多数研究聚焦某类程序进行细分，未能在整体上揭示各种程序相互之间的层次与逻辑关系。陈桂明、赵蕾沿用王强义的“大特别程序”概念，区分通常程序与特别程序，重点研究了海事诉讼、劳动争议诉讼、人事诉讼、部分公司诉讼和知识产权诉讼特别程序规则构建问题。
陈爱武就家事案件程序类型化有较为深入的研究。
范愉等学者结合民事程序繁简分流改革，就丰富简易程序的种类展开研究，推动了小额诉讼程序、速裁程序制度构建的研究。
王亚新主张在保留“简易—普通”的基本程序分类的基础上，对简易程序进行细分，设“小额”“速裁”和“简易”三种简易程序。
纪格非采用“纵分—横分”的方法，试图从两个向度进行程序分类。其所谓“纵向划分”是指将普通诉讼程序内部阶段划分为“诉答程序—审前准备程序—审理程序”三阶段。这显然不属于“类型化”意义上的程序分类或分层。而其“横向划分”仍然是平面的划分，主张把小额诉讼程序从简易程序中独立出来，承认略式程序独立于普通程序与简易程序的地位，以及针对特定民商事案件的特点设置专门审理程序等。
少数分类研究已经触及程序分层问题。如傅郁林反思我国现有简易程序被赋予过多目标，反而导致其目的与功能模糊，因而被严重滥用而超负荷运行的现实，主张建立“多层次、多类型、体现不同价值的多元程序体系”，提出扩大非讼程序范围，构建独立的家事诉讼程序，将督促程序改造为商事速裁程序，“解绑”独任制与简易程序形成三类诉讼程序（独任制简易程序、独任制普通程序、合议制普通程序）的程序分类框架。
该研究丰富了民事程序的种类和层次结构，但程序分类的系统性不尽如人意，未能准确划定诉讼与非讼程序的界分标志，混淆了督促程序与速裁程序等。有的研究因不同层级分类标准选择不尽合理，未能建构起科学的程序分类结构。如刘敏运用程序相称原理论证程序区分立法的必要性，将民事程序分为诉讼程序与非讼程序，诉讼程序分为财产诉讼与家事诉讼；再把财产型诉讼分为普通程序、简易程序、小额诉讼程序。
其在第二层级以纠纷类型为分类标准，不仅导致分类结果有所遗漏，而且存在交叉，未能解释为什么家事诉讼不能如财产诉讼那样进行第三级分类。张卫平亦采用“大民事程序”概念，把全部民事程序分为“民事事项处理程序”和“民事权利实现程序”两大类。前者包括纠纷解决程序与非争议事件处理程序。在纠纷解决程序下又分为纠纷的司法解决程序和非司法解决程序（如仲裁程序、人民调解程序、行业调解程序等）。
这种分类法在第一层级分类标准的选择上不够科学，没有处理好“民事权利实现程序”与民事纠纷解决程序，特别是司法解纷程序的关系，分类结果不周延。
分类结果缺乏层次性、结构性，表明学者对程序分类的思考还停留在对程序分化必要性的认识阶段，尚未达到在系统科学层面对程序进行“分门别类”的研究层次，还有很多问题未能涉猎。例如，对小额程序究竟是简易程序还是略式程序尚未明确。我国把小额诉讼程序当作简易程序的特种程序。日本学者则将小额诉讼程序与督促程序、票据诉讼程序一并纳入略式程序范畴。
有学者因此主张用略式程序原理改造我国的小额诉讼程序，构建民事速裁程序。
如果把研究视域放宽到域外法，一些不经过开庭审理即作出裁判的程序如何归类也是一个值得研究的问题。如美国的即决判决程序、合意判决程序、缺席判决程序，德国的认诺判决程序、舍弃判决程序，法国的合意不开庭裁判程序、紧急审理程序；还有英美法上的临时禁令、大陆法上的暂时命令程序等。上述程序规则究竟是什么性质的程序，与简易程序或略式程序是什么关系等，都有待深化思考。
综上，关于民事程序分类的既有研究因缺乏正确的分类方法，核心概念含糊，分类标准不统一，分类结果或有遗漏或有交叉，缺乏层次性，无法准确完整地呈现民事程序的体系结构。有必要修正分类方法，理顺既有民事程序相互关系，构建科学的民事程序体系结构。