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我国《民事诉讼法》在程序分类上采取了比较粗放的结构：分类标准单一，以民事程序是否普遍适用于一般民事案件作为划分标准，分为一般程序与特别程序。其中，一般程序包括规定了适用于普通民事案件的普通程序，和对普通程序进行简化、加快、灵活变通的“普通程序简化版”简易程序。在简易程序下还有小额诉讼程序特别规则。特别程序除规定了宣告失踪、宣告死亡、认定民事主体行为能力、宣告财产无主等典型的非讼案件程序外，还规定了选民资格案件这样的政治权利纠纷处理程序，以及司法确认程序、担保物权实现程序两种涉及实体权利义务关系确认与实现的程序。从结构上看，现行法上的特别程序缺乏统一的法理基础，内涵与外延均不确定，内部关系不能逻辑自洽，与督促程序、公示催告程序的外部关系不明确。实践证明，这种结构上的缺陷给法律解释与适用制造了很多麻烦。最高人民法院的司法解释就出现了概念含混。2009年最高人民法院《关于建立健全诉讼与非诉讼相衔接的矛盾纠纷解决机制的若干意见》中首次提出关于司法确认程序的制度设计。该意见第20条将司法确认案件与当事人提起诉讼请求履行调解协议或者变更、撤销调解协议的诉讼案件并列规定。第23条指示法院审理此种案件参照适用《民事诉讼法》有关简易程序的规定。2011年最高人民法院《关于人民调解协议司法确认程序的若干规定》（以下简称《司法确认规定》）构建的司法确认程序具体规则很明显比照了简易程序。但是在学理解释上，无论实体法学者还是程序法学者，都将这两种程序定性为非讼程序。
2012年《民事诉讼法》增设司法确认程序，在立法体例上将该程序和担保物权实现程序一起列入“特别程序”一章，与宣告失踪、宣告死亡等典型非讼程序并列。如此编排体例所产生的“晕轮效应”进一步增强了人们对非讼程序论的支持。2015年《民诉法解释》将特别程序连同督促程序和破产程序一并归入非讼程序
，但是并没有解释这种归类的理由。然而，2017年最高人民法院《关于民商事案件繁简分流和调解速裁操作规程（试行）》（以下简称《调解速裁试行规程》）中，又将督促程序与小额诉讼程序并列，作为简易程序的特别规则
，令人费解。
担保物权实现程序、督促程序、司法确认程序所处理的民事案件，涉及物权、债权和民事（调解）合同的确认与实现，属于确权型案件。权利与义务的对应关系，意味着上述案件存在对立双方当事人，且可能发生争议。但是在制度设计上，上述程序均不经过本案实体审理，法院无须组织当事人进行言词辩论即作出裁判。这是国内主流观点把上述程序定性为非讼程序的主要理由。
但是，把这些程序归入非讼程序是有很大疑问的。因为法院在适用这些程序作出裁定或发出命令时必须进行实体判断。例如，法院在审查担保物权实现申请时，必须就民法规定的担保物权实现的实体条件进行审理，其中必然包含债权债务及担保法律关系的判断，而且需要判断申请人与被申请人对案涉权利义务关系是否存在争议，如果发现争议，就不能支持申请人的申请。又如，法院在督促程序中审查债权人的支付令申请时，要求债权人提供证据证明其申请符合《民事诉讼法》规定的条件，其中包含多项实体条件，如是否属于法律规定的可以适用督促程序的有价证券的范围；是否为合法债权；是否为已经到期的债权；以及债权数额（量）是否确定等。对债务人提出的支付令异议，法院不仅要审查异议是否满足“在规定的期限内”“以书面形式”“向发出支付令的法院提出”等形式要件，而且要在实体层面审查“异议是否成立”，即符合“必须是对债务本身提出异议”的条件。按照《民诉法解释》第436条的规定，如果债务人只是提出缺乏清偿能力、延缓债务清偿期限、变更债务清偿方式等异议的，不影响支付令的效力。类似的，在司法确认程序中法院审理的实体内容包括：调解协议的内容是否违反法律强制性规定；是否出于当事人自愿和真实意思表示；是否损害国家利益、公共利益、他人利益；还要判断当事人是否真实地就解决争议达成了协议，是否还存在没有解决的争议；等等。
再看人格权侵权行为禁令（以下简称“人格权禁令”）程序。《民法典》规定人格权禁令的目的，在于为人格权提供一种预防性保护措施，防止人格权遭受侵害而发生难以弥补的损害结果。法院在审理人格权禁令申请时，需要审查的内容为：是否发生了人格权正在遭受不法侵害或即将发生不法侵害的事实；损害后果是否属于难以通过损害赔偿获得弥补的损失；同步斟酌禁令可能对被申请人利益带来的影响；有的案件还需要考虑公共利益等。
此类案件隐含民事权益争议的可能性更大，法院的审理判断包含案件事实证明、实体法律解释和利益衡量、价值判断等事项，不可能按照职权探知、自由证明的非讼程序法理进行审理和判断。站在正当程序的角度，司法权在确权型案件程序中通常较为主动，法官自由裁量权较大，如何保障当事人的程序权利成为焦点问题。
观察我国司法实践，为确权型案件制定的程序制度适用率普遍不高，未能发挥民事程序繁简分流的制度效用，与这些程序被当作非讼程序有直接关系。以督促程序为例，最高人民法院按照非讼程序原理，明确督促程序不适用财产保全，也不适用再审和第三人撤销之诉，导致督促程序保障机制的真空。债权人要申请财产保全只能放弃申请支付令；而债务人只要“玩消失”就可以轻易地让法院裁定驳回申请或者支付令失效；至于当事人恶意串通骗取支付令，更是防不胜防。所以实践中法院并不鼓励当事人适用督促程序。
担保物权实现程序的实践也遭遇类似困扰。不止一位学者注意到此类案件被申请人会提出实体性抗辩，法院不得不进行民事权利义务确定的作业；
并观察到被申请人异议使程序的对抗性结构凸显，法院对实质性争议的处理在形式审查与实质审查之间游移。
这不仅与非讼程序的制度目标不匹配，而且造成程序保障不足的紧张。有学者基于既要实现民法上快速实现担保物权的立法目的，又要满足程序保障要求的两全考虑，建议把该种程序严格限制在“不动产抵押权实现”的狭窄范围内。
但如此解释大大缩小了民法相关规定的适用范围，与立法目的明显不符。
司法确认程序理论研究上的无所适从更加突出，并且影响到制度的实际运行。主流观点认为该种程序是非讼程序，但在制度目的、程序标的、审查方式、裁定效力等问题上无法用非讼程序法理一以贯之地进行解释。有学者认为司法确认程序是非讼程序，但在为什么该种程序的标的可以是确认调解协议的效力上陷入解释困境。因为按照诉讼法理，对调解协议是否有效的审查判断涉及确权性质，超出了非讼程序适用范围，是“以非讼程序之运行来实现民事诉讼程序之目的”
。在审查方式上，有学者指出，按照非讼程序法理法院应当以书面审查为主，但又担心社会诚信不足，为防范虚假调解骗取司法确认裁定，主张法院既要形式审查也要实质审查。
有学者主张法院根据“纠纷的类型、人民调解组织的综合实力与专业性和发生虚假诉讼的可能性”确定审查力度，但没有论证这样的实质标准如何保证司法审查的统一。
争议最大的是司法确认裁定是否有既判力的问题，出现了截然对立的观点。
实践表明，该程序同样因程序保障不足、救济机制缺乏，被当事人利用进行虚假调解、骗取执行名义的制度风险较大，法官和当事人利用制度的积极性不高。
有学者甚至对此种程序的价值提出了怀疑。认为司法确认程序的目的只不过是为当事人自愿履行非诉讼调解协议提供“保险和威慑”作用，并不是把调解协议变成实质性执行名义，而且司法确认的强制性与调解的自愿性根本冲突，容易被滥用、恶意利用而损害司法权威，主张将该种程序置于备而不用的地位。