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投入产出分析包括理论、方法与数据三个方面的内容，也预示了通过学习投入产出方法能够获得的收获。一是通过数理分析的学习，掌握多部门线性模型的分析技能，进而对于理论经济学的相关领域有更深入的理解；二是通过对投入产出核算与编表方法的学习，加深对数据的理解，以更好地使用数据；三是通过对方法的学习，在方法的应用上，通过与其他方法结合，对我国经济发展中的众多问题开展定量研究。
从实践的意义上来说，中国改革开放以来40多年的发展，取得了举世瞩目的成就。伴随经济的快速发展，经济结构也发生了重大变革，而且这种变革远没有停止。在今后相当长的时期内，尤其是后疫情时代，我国经济将处在结构调整的关键阶段。投入产出方法作为一个结构方法，对中国经济研究将发挥其独特的作用。当前阶段我国经济结构调整中面临一些突出问题，通过利用投入产出技术，结合统计数据进行分析测算，得出对经济政策具有参考意义的结论。例如，对宏观经济政策结构效应的模拟，对我国经济结构变化过程的分析并寻求结构调整的突破口，基础产品价格与工资成本的不断上涨对我国结构调整带来的挑战，节能降耗途径的分析和政策模拟，产业区域间梯度转移问题的研究，等等。
从理论的意义上来说，投入产出方法同其他任何方法一样，存在优点与长处的同时必然也存在很多局限性。例如，投入产出方法作为一种结构方法，比较善于揭示一定时期内系统的内在联系，但是在反映动态问题上就不如总量方法那样灵活。投入产出的动态理论还远没有达到静态框架那样完善的程度。但是，从总量分析到结构分析代表了认识上的一种深化，这对于处于结构转变中的中国经济而言尤为重要。除了具体的分析技术之外，投入产出的分析框架也为我们提供了对经济结构调整系统的理解和研究思路。
在西方经济理论发展史上，在凯恩斯国家干预兴起、自由主义相对衰落的思想背景下，二战后一批政治上新独立的国家寻求主权独立和经济发展，形成了这些国家的结构主义经济政策——通过确定并重点发展主导产业的政策，寻求迅速发展经济。与之伴随的是在这一时期兴起了如罗森斯坦-罗丹的“大推动”、赫希曼的“不平衡增长”，以及克拉克三次产业演进等结构主义理论。但是，这些理论往往停留在观念和经验认识层次，使得对于结构转变方面的问题我们可以很好地从经验视角进行描述，却很难从理论上解释清楚。这种理论深度上的不足导致了政策上的经验主义取向。结构理论和国家干预政策的种种不足，恰恰成为培养新古典自由主义思想的温和土壤。随着世界范围内计划经济实践中矛盾和问题的逐步显现，新古典理论再次复兴。
新古典理论认为，结构调整是在市场机制的作用下自发实现的，从而更多关注总量问题。对我国而言，虽然市场化改革极大地推动了市场对资源配置起到的基础性作用，但同时也把对经济结构调整与转变的认识从一个极端推向了另一个极端——认为应该放弃国家的干预，结构调整过程会顺利实现。但是在古典理论看来，技术选择取决于生产过程及其背后的制度。在这一技术选择的框架中，强调了收入分配关系对技术选择的影响，而较少考虑需求结构变化的影响。正如马克·布劳格在介绍马克思“劳动过程”时指出的：对资本家而言，技术不是给定的，技术选择恰恰是工人和资本家争夺的核心。古典理论表面上看好像没有谈结构转变问题，但实际上结构转变仍是其非常关心的问题。例如，亚当·斯密注意到在就业结构的变动中，“生产性”劳动份额相对于“非生产性”劳动上升，并以此解释经济能够持续增长的原因；李嘉图认为土地和自然资源的有限带来了收益递减，收入分配关系下经济增长在很长一段时期内将趋于停滞；马克思认为固定资本相对于总资本的比例上升，资本有机构成提高，并得出了与古典理论一致的关于资本主义经济增长停滞的结论；等等。所有这些都表明，古典理论将结构转变作为一个特定的历史过程加以研究，收入分配关系、技术选择和相对价格的决定以及它们之间的关系都是在资本积累过程中以一种相互联系而系统的方式得以确定，并经历着结构转变。相比新古典理论把要素收入看作是要素生产力的一种回报，古典工资理论是一种生存工资理论，而马克思则更进一步认为收入分配不取决于自然禀赋条件的差异，而内生于资本积累过程，从而与特定社会历史过程紧密相关。这一分析路径对于今天我们探讨结构转变战略和增长方式转变问题提供了一种更为系统的理解。
在投入产出系统看来，结构转变的核心问题是技术转变，但是结构转变又不能在技术自身范围内得到解决，技术对经济的其他方面产生影响，但反过来其本身也是被选择的结果。投入产出从方法本身来说是中性的，其性质只是取决于外在所赋予的研究目的及相应的方法设计。投入产出方法可以与新古典理论各种方法结合，扩展为多部门线性模型与可计算一般均衡模型。只是我们需要注意的是，对于处在结构转变中的中国经济而言，古典理论传统具有重要价值。当下我国经济长期增长，同时资源与环境的压力不断增大，收入分配差距扩大，从而需要寻求一种可持续发展道路，更多以古典理论为基础将有助于对经济结构调整和增长方式的转变获得更为全面、更为深入的认识。
投入产出方法的运用不在于模型是否新颖与复杂，而在于是否恰当。刚开始学习投入产出方法的学生，对于投入产出的兴趣，主要是他们认为投入产出很有用，能够解决他们手头的那些具体问题。但是，在学习中遇到数理经济学，遇到编表方法，就觉得离他们要解决的问题太遥远了。实际上，没有对理论与方法性质的深刻掌握，只能解答某个具体问题，而不能解答不断变化的所有问题，而那种解答也往往停留在对方法与数据的简单套用阶段。在投入产出的学习中，忽视经验分析的理论分析固然不可取，但没有理论的经验应用也是毫无价值。在中国很多重大问题的分析中，有时会发现越是抽象的理论，越是接近现实的本质。相反，那种对模型的精致和所谓的精确的追求，却可能在一个错误的方向上离现实越来越远。