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在用友U8中有一个特殊的模块——系统管理，用于对整个用友U8的公共任务进行统一管理，用友U8中其他任何模块的独立运行都必须以此为基础。
系统管理模块安装在企业的数据服务器上，其具体功能包括以下几个方面。
一个企业在用友U8中存放的全部资料就称之为一个账套。在用友U8中，可以为多个企业（或企业内多个独立核算的部门）分别立账，且各账套数据之间相互独立、互不影响，从而使资源得到充分的利用。
账套管理功能包括建立账套、修改账套、删除账套、引入账套和输出账套。
账套库和账套是两个不同的概念。账套是账套库的上一级，账套是由一个或多个账套库组成的。一个账套对应一个独立核算企业，账套中的某个账套库对应该企业的某年度区间内的业务数据。例如，菲尼电器在用友U8中建立了“777菲尼电器”账套并于2023年启用，然后在2024年年初建立了2024年的账套库，则“777菲尼电器”账套中有两个账套库，即“777菲尼电器2023年”和“777菲尼电器2024年”；如果连续使用也可以不建新账套库，直接录入2024 年数据，则“777 菲尼电器”账套中就只有一个账套库，即“777 菲尼电器2023—2024年”。
设置账套和账套库两层结构的好处是：第一，便于企业管理，如进行账套的上报，跨年度区间的数据管理结构调整等；第二，方便数据备份输出和引入；第三，减少数据的负担，提高应用效率。
账套库管理包括账套库的建立、引入、输出，账套库初始化和清空账套库数据。
为了保证系统及数据的安全，系统管理提供了权限管理功能。通过限定用户的权限，一方面可以避免与业务无关的人员进入系统，另一方面可以对用友U8所包含的各个模块的操作进行协调，以保证各负其责，流程顺畅。
用户及权限管理包括设置角色、用户及为用户分配功能权限。
对企业来说，系统运行安全、数据存储安全是至关重要的，用友U8系统管理中提供了三种安全保障机制。第一，在系统管理界面，可以监控整个系统运行情况，随时清除系统运行过程中的异常任务和单据锁定；第二，一方面可以设置备份计划让系统自动进行数据备份，另一方面在账套管理和账套库管理中可以随时进行人工备份；第三，可以管理上机日志。上机日志对系统所有操作都进行了详细记录，为快速定位问题原因提供了线索。