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进入21世纪，随着改革开放的全面推进和不断深化，经济发展取得了显著成就，与此同时，不均衡不充分发展也显现出来。其中，农业、农村和农民的发展面临瓶颈的问题就是一种突出体现。由此，“三农”问题也就开始成为政策和学界关注的焦点和热点。
在农村社会学界，陆学艺一直关注着中国的“三农”问题，并形成了较为系统的理论论述，有“三农”问题论
、“三农”问题新论
和“三农”问题续论
。关于中国的“三农”问题，陆学艺认为，农业问题已基本得到解决，而农民问题和农村问题尚很严重，主要根源在于计划经济体制下所形成的一套政策，如户籍制度、土地制度等。要很好地解决农民问题和农村问题，仍要继续深化农村体制改革。
由于“三农”问题是对与农业、农村和农民相关的问题的综合，因而“三农”问题就不是单纯的社会问题，也是经济问题和公共管理问题。这样，也就有了来自多个学科、多种角度的对“三农”问题的阐述。例如，从农业经济管理的角度所进行的研究认为，“三农”问题就是城镇化进程中的粮食及主要农产品的供求问题即“粮”的问题、农村的土地问题即“地”的问题，以及农民转市民问题即“人”的问题
。而从公共管理角度的论述，则认为“三农”问题主要是城乡二元结构问题。解决这个问题的关键在于四个方面的实质性突破：一是确权和赋权，明晰产权边界，赋予农民更加完整的土地权利；二是构建“普惠、均等、一体”的基本公共服务体系，赋予农民平等享有基本公共服务的权利；三是赋予农民更加自由的迁徙权；四是建立普惠型农村金融体系，赋予农民平等获得金融服务的权利。
此外，也有学者试图构建一个由时间、空间、制度和农民主体组成的“三维一体”的中国“三农”问题分析框架。根据这一分析框架，可总结出“三农”问题的解决之道：以农民发展为根本任务，以维护、增进农民的地位和权益为切入点，深化农村体制机制改革，统筹协调城乡发展，调整利益分配格局，发展现代农业，推进新农村建设。
包括农业、农村和农民三个方面的“三农”问题，虽然其中各个方面有着内在的关联，且都与农村有着紧密的联系，但是“三农”问题中的不同方面其实有着较大的差异，各方面问题可能有着各自不同的特点和形成机制。把三个方面的问题统合为“三农”问题来加以对待，有助于更加全面、更加综合地认识农村发展问题。不过，与此同时，对“三农”问题的综合研究，也可能面临着专业性、针对性削弱的问题，因而一些关于“三农”问题的论述及应对策略，也就显得较为笼统和宽泛。
在追求时效性的过程中，越来越多的农村社会学研究聚焦于“三农”问题。在某种意义上，随着“三农”问题研究的兴起和流行，学科的边界渐渐淡化和模糊，“三农”问题研究似乎等同于农村社会学研究。针对“三农”问题研究的学理性，叶敬忠提出了一种反思意见，指出“三农”问题的提法并未成为国际认可的学术概念，影响了国内学界在农业问题、农村问题和农民问题的研究方面与国际学界的交流。如果运用“农政问题”概念来概括中国的“三农”问题，则既体现了马克思主义政治经济学传统，也可成为国际学术概念。
确实，对农村社会学来说，反思并重新思考“三农”问题研究与学科发展的关系，将有助于农村社会学在此研究领域的学科定位，从而可更好地保持学科理论和方法的延续、积累和创新。“农政问题”研究在欧洲农村社会学研究中有广泛影响，也形成了一些有影响的农村社会学理论。中国农村社会学研究也可关注这一研究领域，参考借鉴相关的理论。但是，“农政问题”研究显然不宜替代所有的中国农村社会学研究。如果用“农政问题”概括农村社会学的研究问题，那么农村社会学的研究视野和范围在一定程度上将变得狭窄，社会学的学科属性将被削弱，毕竟“农政问题”研究更注重政治经济学的分析和批评，而中国农村社会学研究需要注重农村建设，以及对中国农村建设与发展经验的理论概括和总结。
21世纪初，全面取消农业税费的政策开始推行，新农村建设被确立为应对新时期“三农”问题的国家战略。此后，农村社会学及“三农”研究界也就开始聚焦于对新农村建设的相关理论和实践问题的探究和讨论。
关于新农村建设的战略意义，温铁军认为，新农村建设是现代社会应对“三农”问题的普遍战略，因为“三农”问题其实是一个具有普遍性的全球问题，人口占全球人口的80%的发展中国家都面临这个问题
。钟涨宝从社会学的理论视角，阐述了农村社会建设之于新时代农村发展的重要性
。在笔者看来，中国的新农村建设是在现代化、市场化和全球化大背景下，为推动农村取得新的发展而实施的战略。作为农村发展的国家战略，新农村建设既要超越传统乡村建设的理念，也要规避将农村建设当作政治运动来推行的误区。在推进新农村建设的过程中，需要坚持尊重农民主体性和自主性的原则，将农村民生建设作为新农村建设的重心。
此外，新农村建设的推进策略还需要与当下农村社会的现实基础相吻合。进入后乡土社会的农村，其结构和社会需求都已发生变迁，乡村社会的分化也较为明显。后乡土社会的发展需要遵循因地制宜原则，寻求多样化的发展道路。
新农村建设问题既是一个时势政策问题，也是农村社会学研究的一个传统领域。关注和研究新农村建设，既可体现农村社会学的应用研究取向，也是对农村社会学的学科传统和理论脉络的传承和延续。为何要建设新农村、建设什么样的新农村、如何建设新农村，对这些问题的探究，主要基于新时期农村建设与发展经验，这不仅丰富了农村社会学的国家与农村、国家与农民、农村社会变迁与现代化等方面的理论，也推动了这些理论的与时俱进。
关于新农村建设的农村社会学研究，不仅注重对新时代农村建设与发展战略的宏观理论的探讨，也有越来越多的农村社会学经验研究开始聚焦于农村建设的实践经验。例如，在后税费时代的新农村建设实践中，农村的并村现象较为普遍。为降低农村基层组织的行政运行成本，减少农村基层自治组织的数量，很多地方的农村建设推进了并村的措施。一些农村社会学研究开始关注到这一现象，并在经验考察的基础上，探讨了农村并村的实践逻辑，以及这一措施所产生的社会现象和面临的问题，讨论了农村社区建设与发展的路径
。并村是在新农村建设中，以美丽乡村建设、农村社区建设、乡村治理创新和乡村城镇化等理念为依据而推行的一种建设措施，反映了来自农村外部的建设力量对农村社会空间结构、社会认同结构的“裂变”所产生的巨大作用。农村社会学对并村现象的关注和研究，可能还需要从农村社会变迁的内在规律的理论视角来反思这一建设措施对乡村历史、文化和社会认同连续性的割裂以及对“乡愁”的斩断。
此外，也有农村社会学的经验研究利用大规模抽样调查数据，分析和探讨农村社会主体对新农村建设的现实需求，解释农村不同阶层对新农村建设的需求背后的社会学意义
。运用定量方法来研究农村社会及新农村建设的相关问题，在快速发展的中国农村社会学中已渐渐形成一种趋势。这一发展趋势不仅反映了农村社会学的范式在不断创新，也体现了农村社会学的学科专业性在不断增强，分支学科的发展越来越显著。
“三农”问题是一个跨学科的研究议题，当不同的社会科学学科参与到对“三农”问题的研究之中时，它们虽然共同讨论一种问题，但实际上存在着理论基础和认识方法的差异。农村社会学的焦点转向对“三农”问题和农村建设的关注，会丰富“三农”问题研究的理论和方法。与此同时，不同学科介入同一研究议题，也会在一定程度上虚化学科的边界性。