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农村改革是从经济领域开始的，自农村基本生产经营制度由“三级所有，队为基础”的集体经营制度变革为家庭联产承包经营制度之后，改革也逐步从经济领域向农村政治和社会领域推进。1982年修订的宪法确立了村民委员会为群众性自治组织，到1984年，各地农村已基本完成撤社建乡的工作，从此，农村人民公社制度宣告终结。1988年，《中华人民共和国村民委员会组织法（试行）》开始试行。一系列新的制度安排反映了农村政治改革已全面开启，村民自治制度在这一改革进程中逐步建立起来，并在乡村社会治理方面产生了相应的效应。
所以，到了20世纪90年代，农村政治与治理问题成为学界关注的热点问题。村民自治制度在农村施行之后，首先引起了政治学界学者们的广泛关注，较多的政治学研究开始聚焦农村村民自治实践以及制度施行过程中出现的问题。例如，张厚安等运用农村社会学的方法，通过对村民自治的具体实践的实地调查，揭示了村民自治的具体实施情况以及村级治理的实际状态
。这些研究虽主要关注农村政治问题，但开创了政治学与农村社会学跨学科研究的新领域，而且对恢复重建的中国农村社会学起到了促进作用。此外，徐勇从中国特色基层民主形式的角度，系统地探讨了中国农村村民自治制度的进程、体系、组织形式、活动内容、运作模式、内在机制以及面临的问题和发展趋势，同时结合对村民自治实践的实地调查，讨论了实践中的村民自治所关涉的政治、经济及文化等方面的问题
。围绕着村民自治与乡村治理问题，华中师范大学的政治学学者们开展了大量的实地调查研究，并涌现出丰富的研究成果。如项继权在对河南省几个村庄的实地考察的基础上，探讨并比较了集体时代的村级治理的模式和特征
。还有吴毅等试图用“规划性社会变迁”的概念，来概述村民自治的实际形貌，并将村民自治视为进入乡土场域的“外置之物”，由此来理解和评价村民自治在农村尤其在乡村治理中的实际作用
。《小镇喧嚣：一个乡镇政治运作的演绎与阐释》中关于农村乡镇政治的研究，实际上也是对村民自治及农村基层民主政治研究的拓展
。
随着越来越多具有政治学学科背景的研究者加入对农村村民自治与乡村治理问题的经验研究，并产出了大量基于对村民自治与乡村治理实地考察的经验研究成果，规模效应由此形成，大大提高了村民自治与乡村治理研究在中国农村研究领域中的影响。受主要来自华中师范大学的学者对村民自治及农村基层民主政治研究的影响，村民自治与乡村治理成为有关农村研究的热点问题。
村民自治制度的实施，反映了改革开放后农村社会的一种新变化，与此同时，农村政治的变革又在一定程度上影响着农村社会的现实生活。因此，恢复重建后的农村社会学虽然并不像政治学那样特别地关注村民自治及农村基层民主政治研究，但同样聚焦于这一时期的热点问题，即村民自治与乡村治理。
在关于村民自治与乡村治理的农村社会学研究中，研究者所关注的问题不仅是村民自治在具体实践中所呈现出的问题，还包括随着农村政治制度变迁，国家与农村、国家与农民之间的关系，以及农村基层政治结构与功能所发生的变化。例如，张静从政治社会学的角度，提出农村基层秩序问题的解决，并非通过经济致富就能得到保证，对农村基层冲突和秩序问题的认识，需要把基层作为一个重要的分析单位
。由此，对农村政治的探讨和研究，超越了对村民自治和基层选举等具体问题的关注，开始对农村基层政权、社会冲突与秩序等更为宏观的理论层面的问题加以关注。此外，在对农村基层政府的研究中，张静认为地方政府在某些方面具有企业的属性，也有自己的利益追求，因此可用“法团主义”（corporatism）来概括农村地方政府的特点
。党国英从民主政治与乡村社会之间关系的角度对村民自治相关问题进行了一些讨论，认为民主需要在传统农村社会解体的情况下才会出现，由此进一步探讨了作为基层民主的村民自治在整个政治体制中的地位及可能面临的问题
。毛丹则从单位制的视角，考察和分析了村级政治的结构和运行机制
。
改革开放后的中国村民自治实践和经验，是农村政治生活的基本构成，也是农村政治变迁的主要内容。因为虽然乡村自治有较为悠久的历史传统，但自20世纪80年代后期推进的村民自治制度，并非乡村自治历史的简单复原，而是在农村政治改革进程中产生的新制度、新形态。村民自治与乡村治理研究抓住农村社会变迁中的时代核心问题和重点问题，不仅推动了政治学研究的范式创新，即从注重理论推理研究转向对经验研究的强调和重视，而且对恢复重建中的农村社会学的发展起到了一定的促进作用。尽管较多村民自治研究是基于政治学理论而推进的，但很多研究借鉴了农村社会学的调查研究方法，采用了社会学经验研究策略，因而这一领域的研究显然丰富了农村社会学的研究和理论，同时也为农村社会学拓展了研究视野。
诚然，农村政治只是农村社会系统的一个构成方面，而且村民自治及其具体实践也只是农村政治在一个阶段的具体形式和内容之一。一个学科如果想要不断取得发展和进步，就需要在理论和方法上追求创新。因此，无论是农村政治学还是农村社会学，都不宜仅局限在村民自治或村治研究这一单一领域，也要注重研究问题和研究视野的拓展和更新。
对农村社会学来说，跨学科的研究对理论和方法创新固然很重要，但是回归或遵循学科研究范式也具有科学研究基础性的意义，因为常规的科学研究活动的一项基础性功能就是为建构学科范式做出相应贡献，也就是要服务于学科的建设与发展。农村社会学当然需要研究农村的政治问题，但不是纯粹意义上的政治问题，而是农村政治与社会的关系问题，亦即从社会学的视角来看农村政治。
恢复重建后的农村社会学从关注农村经济发展问题到聚焦于村民自治与农村政治问题，这样的转向一方面体现了时代特征对农村社会学的需求的变化。在改革开放之初，农村社会急需解决的问题是温饱与脱贫问题，对农村社会学来说，探讨农村社会如何发展经济也就显得更为重要。到20世纪90年代，农村改革在经济方面已取得立竿见影的效果，大部分地区的农村解决了温饱问题，农村经济特别是农业的绩效得到明显改善。而在这一时期，农村改革面临政治体制改革带来的诸多问题。因而对农村社会学来说，研究并回答有关农村政治改革过程中的各种问题也就成为时代的急需。如：怎样让农民减轻税费负担？如何改善农村干群关系、缓解农村矛盾？这些问题实质上反映的就是农村治理和农村政治问题。
另一方面，恢复重建的农村社会学把研究重点置于农村经济或农村政治问题之上，也是学科发展阶段性特征的一种体现，反映了作为社会学的一个分支学科，农村社会学的学科独立性仍处于发展和变化之中。可能受经济学在农村研究方面的影响，农村社会学也将本学科的研究焦点放在农村经济问题之上；可能受政治学关于农村政治的研究的影响，农村社会学便聚焦于农村政治问题。当然，在农村经济、政治与社会文化之间，或许并没有绝对的区分，经济学、政治学和社会学在农村研究方面的分工亦非绝对清晰，并非经济学只研究农村经济问题，政治学只研究农村政治问题，社会学只研究农村社会问题，人类学只研究农村文化问题。实际上，不同学科都有关于农村问题的研究，一个学科的独立性和发展情况可能体现在一些具有学科视野的研究上，农村社会学的学科视野可能就主要表现为从农村社会学的视角来认识和理解不同领域的问题。所以，农村社会学对农村政治问题的研究，也就需要避免单纯的政治分析，要从综合性、整体性的角度，来考察农村政治与社会的诸多方面的关系问题。
中国农村社会学在恢复重建的第二个10年中，可以说“逐步摆脱前10年的单纯经济研究和单纯描述性研究而开始步入理论与实践相结合、归纳与演绎相结合的阶段”
。但是，强调对村民自治与乡村治理实际问题的研究又成为一种新趋势，在农村社会学有着更为现实的关怀和问题研究取向的时候，对学科理论的关怀和研究的学科范式意识则在一定程度上被淡化和弱化。