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2009年12月17日，我受河南省文物局、河南省文物考古研究所的邀请，到该研究所正在考古发掘的安阳西高穴大墓（二号墓）进行考察。经过对西高穴大墓考古发现的墓葬规模、形制、出土遗物等考察，从西高穴大墓时代、级别、墓主等方面判定——这应该是中国古代历史上的大政治家、大军事家、大文学家曹操的墓葬。我指出：西高穴大墓的时代应为东汉晚期；从西高穴大墓墓室的规格与设置来看，都反映了该墓墓主人的高等级身份，应是东汉晚期诸侯王级墓葬；西高穴位于邺城遗址以西14公里，东汉晚期西高穴一带为邺城所辖，当时曹操被封为“魏王”，邺城就是魏王曹操的都城，魏王在东汉晚期去世者又只有曹操一人，因此作为邺城附近的东汉晚期诸侯王级墓的西高穴大墓，只能是曹操墓；西高穴大墓之中发现的7件石牌（还有1件是盗墓者交出），均有“魏武王常所用”刻铭，石牌之上刻铭魏武王与公元220年1月曹操去世下葬时的称谓是吻合的；在西高穴村村西，1998年4月村民挖土时发现后赵建武十一年（345年）太仆卿驸马都尉鲁潜墓志，其中刻铭有：鲁潜墓与曹操墓均在今西高穴村，也就是说现在发现时代属于东汉晚期的西高穴大墓就是曹操墓；通过西高穴大墓考古发现与历史文献记载相互印证：西高穴大墓即应为曹操墓。上述“六点”是一组完整的“证据链”，它们互相联系、彼此佐证、逻辑严密。
曹操墓的发现、考察和确认，不仅是我国考古史上的大事件，也是引起重大影响的文化事件。对于这项考古发现，在更多的认可、肯定之外，“质疑”之声不断，我为“释疑”，被“推到了风口浪尖”上（《中华儿女》以社会焦点对我进行了专题报道）。2010年12月17日，《人民日报》年终盘点“2010文教热点”，排名第一的是曹操墓的发现。《人民日报》为此撰文《曹操墓：何尝不是里程碑》，其中有一段精彩的评论：“你不得不承认，中国人现在对各种真相，有着一种近乎病态的饥渴，对于各种不诚信的质疑达到了极致的程度，曹操墓何尝不是一个里程碑？如果能够将之转化为一个帮助公众恢复对社会基本信心的机会，如果考古学家真的能证明这次考古经得起铺天盖地的质疑，能够证明还有一门学问有着严酷的学术规范，那真是不幸中的万幸！”
从90年代中期开始，我开始对中国古代都城考古理论、方法进行深入、系统的探讨，先后发表了《汉长安城的考古发现及相关问题研究》、《中国古代宫城考古学研究的几个问题》、《中国古代都城考古学研究的几个问题》、《中国古代都城建筑思想理念的探索》、《中国古代都城宫庙遗址的考古发现与研究》、《中国古代都城遗址布局形制的考古发现所反映的社会形态变化研究》、《中国古代都城考古学史述论》等论文，这些论文集中体现了我的古代都城考古研究方法与理论，我当时作为研究所领导，又将上述古代都城考古理论、方法研究的新理念在考古研究所的古代都城考古科研工作中实施。
1994年11月，我主持召开了中国古代都城考古学术研讨会，强调了都城考古的目的要明确，方法要准确，理论要正确。在中国古代都城考古学学术发展史上，这是一次有着重要意义的学术会议。这次研讨会之后，作为国内主要从事古代都城遗址考古发掘与研究的中国社会科学院考古研究所，按照这次会议的精神，对以往都城遗址考古工作进行了认真总结和反思，尤其在先秦时代的都城遗址考古课题中，进一步突出了都城遗址的考古目的，提出都城考古构成的课题学术“要素”，以“要素”为田野考古“单元”，分析诸“要素”内在关联，确定不同时期、不同类型的都城遗址田野考古切入点及程序。强调在都城考古中要重视究明都城布局形制及其变化，要研究布局形制形成与变化的原因，这种原因包括技术与社会两个层面，尤其是对后者所涉及的深层社会历史意义的揭示。在都城遗址考古中，要更加突出“由物及人”。这次都城遗址考古会议产生了积极效果，会后的十年来，在中国社会科学院考古研究所的统一规划、指导、要求下，各都城遗址考古工作，尤其是先秦时代的早期都城（或都邑）遗址田野考古工作相继调整了方向、改变了方法、突出了学术重点，取得了较大的进展、获得了较为丰硕的学术成果。这集中表现在20世纪90年代中期开始重点进行的偃师商城的宫城遗址全面揭露，20世纪90年代后期考古发现的陶寺城址和安阳殷墟洹北商城遗址，世纪之交二里头遗址宫城与路网的发现等。
学术研究是自己的事业，当然更是社会的事业，因此，学者不只是享受做学问的乐趣，更多的还要意识到社会科学工作者肩负的使命。“学术为天下之公器”，田野考古发掘材料的及时整理与发表，不仅是严肃的学术任务，也是考古学家必须遵循的职业准则。尽管我主持的田野考古工作项目繁多（如汉宣帝杜陵陵园与陵寝建筑遗址、汉长安城未央宫遗址、汉长安城桂宫遗址等），但我要求自己必须对学术、对社会极端认真负责，这样就必须及时整理、发表与出版各种类型田野考古发掘报告（已经出版我主编的田野考古发掘报告：《汉杜陵陵园遗址》，科学出版社，1993年；《汉长安城未央宫》，中国大百科全书出版社，1996年；《汉长安城桂宫》，文物出版社，2007年），我认为这是自己做学问所必须担负的历史和社会责任。
作为一名长期担任研究所领导职务的学者，我一直要求自己既要治好学，更要治好研究所。多年来，我把建设国际知名研究所，作为自己努力奋斗的目标。我坚持考古研究所必须以田野考古工作为基础，特别是古代都城遗址的田野考古工作，这是考古所的立所之本。我深知办好学术期刊《考古》、《考古学报》、《考古学集刊》，对确立考古研究所的学术地位是至关重要的。我提倡“开门办所”，为了及时介绍、总结中国考古新的发现和研究成果，我们筹划创办了“中国社会科学院考古论坛”，创办了英文版《中国考古学》（《Chinese Archaeology》），请进了一批有名望的中外学者来所进行交流，同时很多有前景的学者，特别是年轻学者被派出国外交流学习，组织了多项中外合作发掘项目。只有这样，才能使考古所成为国内、国际考古学界研究中国考古学学术中心。