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中生代也被称为裸子植物时代，这是相对古生代以孢子繁殖为特征的蕨类植物时代而言。裸子植物在古生代的晚泥盆纪就已出现，而且有不少门类，如古生代的种子蕨、舌羊齿类、科达树类等都繁盛于古生代的石炭—二叠纪。尽管如此，裸子植物最繁盛的时代还是中生代，相反，蕨类植物在中生代虽还较多，但多数已成为草本或昔日的黄花。
裸子植物明显区别于蕨类植物，主要在于它们是以种子繁殖，尽管其外无果皮保护，但比起孢子繁殖还是前进一大步了。但裸子植物的确是蕨类进化而来，如有些植物是两者的过渡类型，所以只能称其为前裸子植物，因它们仍然用孢子繁殖，但茎部却具有裸子植物发达的次生木质部和不发达的髓部等特征，如无脉树和古羊齿目的植物。
那时的裸子植物分为两大系列：一种为种子蕨纲和苏铁纲，它们茎部质地疏松、髓部发达、髓射线宽、种子辐射对称，植物体以扩大叶来增强其光合作用，所以不会形成乔木；另一种为科达纲、银杏纲、松柏纲、买麻藤纲，茎质地致密，髓部不发育、髓射线宽、种子两侧对称，靠分枝增加来扩大其光合作用，所以多成乔木。
种子蕨纲分为古生代和中生代种子蕨和舌羊齿及开通蕨类。苏铁纲包括木内苏铁和苏铁目，多为中生代。科达纲比较原始，故繁盛于古生代。银杏纲和松柏纲虽始于晚石炭世，但都繁盛于中生代，而且中生代后绝大部分灭绝了，银杏纲只剩我国一属一种而已，松柏纲稍多点，买麻藤纲只有三个现代属。