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胎黄发生的原因很多，主要与胎禀湿蕴有关，如湿热郁蒸、寒湿阻滞。胎黄的病变脏腑在肝胆、脾胃，其发病机理为胎中禀赋脾胃湿热或寒湿内蕴，肝失疏泄，胆汁外溢而至发黄，日久则气滞血瘀、络脉瘀阻而黄疸日深难退。
由于孕母素体湿盛或内蕴湿热之毒，遗于胎儿，或因胎产之时、出生之后，小儿感受湿热邪毒所致。湿热致黄疸在古籍中多有论述，如《幼科铁镜·辨胎黄》云：“胎黄由妊母感受湿热，传于胎儿，故儿生下，面目通身，皆如金黄色。”又有《证治准绳·幼科》说：“此胎黄之候，皆因乳母受湿热而传于胎也。”
小儿初生，五脏六腑成而未全、全而未壮，形气未充，脾运不健，胎中禀受湿热之邪未能输化，郁结于里，熏蒸肝胆，以致胆汁外泄，透发于外，而致皮肤面目发黄。热为阳邪，故黄色鲜明如橘色，常伴热象，故属阳黄之候。若湿热蕴郁日久，肝胆郁滞，气血瘀阻，则可转为肝脾肿大之瘀积发黄。若热毒炽盛，黄疸可迅速加深，湿热化火，热极生风，可出现神昏、抽搐之胎黄动风证。若患儿禀赋虚弱，湿热炽盛，正气不支，正不胜邪，气阳虚衰，则可出现胎黄虚脱之证。
若小儿先天禀赋不足，脾阳虚弱，寒湿内生；或生后为湿邪所侵，湿从寒化，可致寒湿阻滞。正如《临证指南医案·疸》所言：“阴黄之作，湿从寒水，脾阳不能化热，胆液为湿所阻，渍于脾，浸淫肌肉，溢于皮肤，色如熏黄。”
先天禀赋不足，脾阳虚弱，复因孕母之寒湿内传，蕴郁脾胃，寒湿阻滞，气机不畅，以致肝失疏泄，胆汁外溢，而至发黄。寒湿为阴邪，故黄色晦暗，常伴精神疲乏等证，属阴黄之候。
部分小儿禀赋不足，络脉阻滞，或湿蕴不解，肝脉郁阻，气滞而致血瘀，可致气滞血瘀发黄。如《张氏医通·黄疸》说：“诸黄虽多湿热，然经脉久病，不无瘀血阻滞也。”
小儿禀赋虚弱，湿热内阻，气机不畅，肝胆疏泄失常，以致气滞血瘀，脉络瘀积而发黄，由于瘀积在里，故面目皮肤黄色晦暗，伴肚腹胀满，腹壁青筋怒张，右胁下结成痞块。
古人早就认识到孕妇妊娠期健康状态对胎儿及出生后个体早期的影响。《幼幼集成·护胎》说：“胎婴在腹，与母同呼吸，共安危。而母之饥饱劳逸，喜怒忧惊，食饮寒温，起居慎肆，莫不相为休戚。”指出了孕妇与胎儿的密切关联。《幼科发挥·胎疾》曰：“儿之初生，有病多属胎疾。”中医学将小儿在胎中禀受的各种致病因素均归为广义胎毒，其狭义概念则仅指热毒。胎黄的先天因素则与孕母自身邪毒内蕴及饮食、情志、起居失调等相关。
若是孕妇本有邪毒内蕴，特别是湿热邪毒，易于遗毒于胎儿，导致出生后发病。现代研究发现，妊娠期感染的许多特殊病原物（细菌、病毒、毒素、复杂的致病因子），能通过胎盘屏障进入胎儿体内，对新生儿肝脏造成损害，导致胆红素代谢异常而发生黄疸。如巨细胞病毒、肝炎病毒、弓形体的宫内母婴传染就是引起婴儿肝炎综合征的常见感染原因。
此外，尚有因先天缺陷，胆道闭锁，胆液不能从常道疏泄，横溢肌肤而发黄者。