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增值税专用发票分为增值税纸质专用发票和增值税电子专用发票。其中，增值税纸质专用发票由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，分为三联版和六联版两种。基本联次为三联：第一联为记账联，是销售方记账凭证；第二联为抵扣联，是购买方扣税凭证；第三联为发票联，是购买方记账凭证。其他联次用途由纳税人自行确定。自 2021 年 1 月 21 日起，所有新办纳税人实行增值税专用发票电子化。与纸质专用发票相比，增值税电子专用发票无不同联次，样式更加简洁，领用、交付和存储更加便捷，其法律效力、基本用途、基本使用规定等与纸质专用发票相同。
增值税专用发票实行最高开票限额管理。最高开票限额，是指单份专用发票开具的销售额合计数不得达到的上限额度。
最高开票限额由纳税人申请，区县税务机关依法审批。纳税人申请最高开票限额时，需填报《增值税专用发票最高开票限额申请单》；主管税务机关受理纳税人申请以后，根据需要进行实地查验，实地查验的范围和方法由各省税务机关确定；最高开票限额不超过 10 万元的，不需要事前进行实地查验；主管税务机关应自受理申请之日起 2 个工作日内办结，有条件的即时办结。
税务机关核定的增值税专用发票最高开票限额，同时适用于纳税人所领用的电子专用发票和纸质专用发票。
纳税人有下列情形之一的，不得领用增值税专用发票。
1.会计核算不健全，不能向税务机关准确提供增值税销项税额、进项税额、应纳税额数据及其他有关增值税税务资料的。
2.有《税收征管法》规定的税收违法行为，拒不接受税务机关处理的。
3.有下列行为之一，经税务机关责令限期改正而仍未改正的：
（1）虚开增值税专用发票；
（2）私自印制增值税专用发票；
（3）向税务机关以外的单位和个人买取增值税专用发票；
（4）借用他人增值税专用发票；
（5）未按规定的要求开具增值税专用发票；
（6）未按规定保管增值税专用发票和专用设备；
（7）未按规定申请办理防伪税控系统变更发行；
（8）未按规定接受税务机关检查。
（1）不得开具专用发票情形：
①商业企业一般纳税人零售的烟、酒、食品、服装、鞋帽（不包括劳保专用部分）、化妆品等消费品；
②销售免税货物；
③向消费者个人提供应税服务；
④适用免征增值税的应税服务。
（2）增值税小规模纳税人（其他个人除外）发生增值税应税销售行为需要开具增值税专用发票的，可以自愿使用增值税发票管理系统自行开具。小规模纳税人发生一般纳税人不得开具发票的情形，同样不得开具增值税专用发票。
（1）项目齐全，与实际交易相符；
（2）字迹清楚，不得压线、错格；
（3）发票联和抵扣联加盖发票专用章；
（4）按照增值税纳税义务的发生时间开具。
对不符合上述要求的增值税专用发票，购买方有权拒收。
纳税人在开具增值税专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。
增值税专用发票开具后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止以及发票抵扣联、发票联均无法认证等情形但不符合作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，根据不同情形由购买方或销售方在增值税发票管理系统中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》，经主管税务机关系统自动校验通过后，可开具增值税红字专用发票。
纳税人开具电子专用发票后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止、销售折让等情形，可以开具红字电子专用发票。在开具红字电子专用发票时，无须追回已经开具的蓝字电子专用发票。
1.一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（以下简称《证明单》），可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
2.一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
3.一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
4.受票方如丢失或损毁已开具的电子专用发票，可以根据发票代码、发票号码、开票日期、开具金额（不含税）等信息，在全国增值税发票查验平台查验通过后，下载电子专用发票。如不掌握相关信息，也可以向开票方重新索取原电子专用发票。
增值税小规模纳税人需要开具增值税专用发票时，可到主管税务机关按专用发票上注明的税额全额申报缴纳税款，由税务机关代开。
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