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处理常设机构条款与协定其他相关条款关系时，通常应遵循常设机构条款优先的原则。例如，若据以支付股息、利息或特许权使用费的股权、债权、权利或财产等与常设机构有实际联系的，有关所得应该归属于常设机构的利润征税。
例4-1 新加坡A公司向中国B公司转让专有技术使用权的同时，也委派人员到中国境内为该项技术的使用提供有关支持、指导等服务并收取服务费，无论服务费是单独收取还是包括在技术价款中，该服务费均应视为特许权使用费，适用税收协定特许权使用费条款的规定。但如果上述人员提供的服务是通过新加坡A公司设在中国境内的某固定场所进行的或通过其他场所进行，服务时间达到协定规定构成常设机构的时间标准的，按协定常设机构条款规定，则构成了常设机构，对归属于常设机构部分的服务所得应执行税收协定营业利润条款的规定。
《国家税务总局关于印发〈《中华人民共和国政府和新加坡共和国政府关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的协定》及议定书条文解释〉的通知》（国税发〔2010〕75号）所附条文解释第五条