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由于教义、组织、历史的不同，天主教在华采取了与新教不同的传播方式。天主教走的是底层路线，深入中国内地，在广阔的农村地区向底层民众传教。天主教在华传教，很少依赖于来自欧洲的财力支持，主要靠中国地方上的教民捐助。
这样就使天主教传教士不可避免地卷入了地方上的各种利益之争。所有在华天主教传教士，不论任何国籍，均可向法国申请保护。故而在华的天主教传教士，依赖法国的支持，干涉地方事务，帮助教徒获得利益，由此赢得了很多信徒。天主教的这种传播方式，使得很多地痞无赖入教，并倚仗宗教背景胡作非为，激起平民与官府痛恨，致各地教案不断。传教士所带来的冲击，从德国传教士薛田资在山东的冒险经历即可看出。
100多年前，一批年轻的德国天主教传教士，越过大洋，来到中国这块陌生的土地。这些天主教传教士自称“斗士”，将传教视为至高无上的事业。到了中国后，等待他们的是未知的命运，他们有的病死，有的被杀，有的则多年在华从事传教、教育、医疗事业。
来自德国南部的乡村地区，留了一把大胡子的薛田资（1869—1928），来华时20多岁，却有着与他年龄不相吻合的成熟。从19世纪开始，德国天主教圣言会放弃了以往从中产阶级中招募神职人员的做法，开始从贫困农村地区招募传教士。教会学校不收学费，对农村贫穷家庭颇具吸引力。这些被招收的孩童，在教会学校中接受长期教育，教育的重点不再是传授丰富的世俗知识和神学知识，而是强调严格遵守宗教律令，频繁参与教会祈祷，以培养他们无畏的献身精神。
1894年，薛田资来到山东巨野磨盘张庄（现属山东省菏泽市巨野县夏宫屯乡），并在此安定下来。磨盘张庄是个普通的华北村庄，如同传教士在游记中所指出的，当地普遍是灰暗的房屋，少有砖房。教堂也不过是个中式小院，比其他人家好点儿的是，它是砖瓦结构，有前后两进。
其实早在1883年，巨野磨盘张庄教民张守銮、李学文就将德国传教士福若瑟从山东嘉祥县请来，建立了巨野第一个宗教传播点。
张守銮、李学文二人在济宁贩卖粮食，被当地官吏刁难，没收了粮食，几经周折，托人帮忙也未能取回粮食。后来有个济宁人指点，让他们去入教，这样便不致再被官吏刁难。二人遂入了教，然后凭借教民身份将粮食索回。尝到甜头后，二人觉得如果在巨野本地弄个教堂，可以带来更大好处。
合计之后，二人将在嘉祥县马村的德国传教士福若瑟请到巨野县开设教堂。张守銮趁村民赵心贵外出之机，将其名下的一块土地转卖给教民赵黑燕。赵黑燕又将此块地赠给德国传教士，以备建造教堂。
德国人正准备建造教堂时，赵心贵回来拿着地契告官，说这块土地是他的财产。巨野县令将土地判给赵心贵。德国传教士不服，通过法国公使（法国自认为是一切在华天主教人士利益的保护者），找到总理衙门发回重审。最后，巨野地方官又将土地判给了传教士，但传教士需要支付一笔钱给赵心贵，案件就此了结。磨盘张庄教堂建立后不久，附近六七个村庄相继也建了教堂。天主教在巨野得到快速发展，仅磨盘张庄一处就有2/3的人入了教。
入教后，教民觉得身份地位提升了：“磨盘张庄虽然很小，可是很有势力，这全仗着教会。磨盘张庄人到外地去，不仅在县内，就是在府城，一说是磨盘张庄人，别人就得怕三分。教会发给教民的‘十字架’，教民将它贴胸戴着，遇到事时将它一亮，就管事。”
教会的出现，对磨盘张庄，乃至巨野周边地区产生了冲击，同时也带来了冲突。
在婚姻、丧葬等中国人最为重视的活动上，教民与非教民纠纷不断。因为传教士主张基督徒只和基督徒结婚，一些加入天主教的村民要求取消他们入教前所订下的婚姻。教徒被禁止参加各种丧葬、祭祖等活动，这又被非教徒视为大逆不道。
一些公共性事务如迎神赛会、祈雨演戏等，多由民间分担费用。教民则以不拜偶像为由，拒绝缴纳费用。清廷对此也予以袒护，曾在1862年特意规定，“迎神演戏、赛会烧香等项，习教者不得摊派”。在民间看来，教民不出钱却能分享各种好处。祈雨，教民的田也能被灌溉；演戏，教民也可以观看，这激起了非教民的不满。更重要的是，越来越多的教民开始拒绝纳税，这让官方大为不满，却又无可奈何。
借助于教会势力的支持，加上清廷官方的懦弱无能，教民常能在地方争执中胜出。而传教士所介入的争执，所涉及的常是鲁西地区生存资源——土地、水源，这更导致了非教民的愤恨。如1882年沂水县牛辛庄全村接受了基督教，入教后不久，该村就请传教士福若瑟出面，帮他们解决了一场与邻村的土地纠纷，取得了这块土地的控制权。不久，福若瑟发现该村是在利用他，因为这块土地的控制权根本不属于牛辛庄。
教民也借助传教士来敲诈勒索非教民。当教民与非教民发生口角、斗殴等纠纷之后，教民让西方传教士出面找官府干涉。对于此类事件，清廷的指导方针是“一则曰持平办理，再则曰妥为保护”。但在实际操作中，根本不可能持平办理，而是偏袒保护教民。为了平息争端，官府常让非教民摆酒席赔罪。久而久之，就形成了“勒罚”的陋习。如苏家庄教民田守中被邻居王重嘲笑不祭祀祖先，发生口角。王重怕把事情闹大，就摆了一桌酒席请田守中和解。
对西方传教士与教民的不满与怨恨，也导致了各类传言的蔓延。各种谣言认为，传教士创办育婴堂的目的是挖食人眼、人心，以此来修炼法术。江苏清江浦（今江苏省淮安市清江浦区）是入京要道。传教士来传教后，至1870年已有近300人入教，各种谣言也随之四起。有说入教者要被挖掉脑髓，或剖取心肝的，又云有毒药涂抹在书中（圣经），拿回家中必家破人亡的。
到了1897年，关于洋人偷盗孩子的谣言席卷整个北方，各地无不人心惶惶。家长们将孩子关在家中，并时刻监视，以防小孩被神通广大的洋人偷走。教会在收养幼婴的过程中，因为各种原因，不可避免地有一些婴儿死去。于是，关于育婴堂屠杀婴儿的谣言不但在当时被民众所传播，在后世也被一些研究者轻信。
薛田资必须面对纷扰的流言、文化的冲突，乃至教民对他的利用。而他所处的鲁西地区，过于稠密的人口、不稳定的环境、迅速恶化的经济状况及士绅阶层的稀少，使得该地区民众具有极强的反叛性，这也为各类民间反抗组织提供了滋生土壤。
巨野有个以打拳卖艺、卖膏药为生的中年男人刘德润，其身材魁梧，性格豪爽，交际颇广，和一些秘密组织的头领来往密切。鲁西地区大量的赤贫者，经常聚集起来抢劫，将抢钱叫作“请财神爷”，将绑票富人家小孩叫作“抱凤凰雏”。刘德润也参与了这类行动，他有个同伙叫魏培喜，给他打下手。后来魏培喜向巨野县官许廷瑞告密，揭发了刘德润。许廷瑞暗中布置，准备擒拿刘德润。
刘德润得知消息后，让全家搬回老家郓城，投奔自己的族人。他本人则外出流浪，在流浪途中碰到了老朋友奚老五（原名奚际田）。奚老五平时也好舞刀弄棍，身上负有人命官司，二人遂结伴到安徽投奔奚老五当兵的族叔奚效方。奚效方与秘密组织有着联系，此时正在安徽清军中担任营帮带（相当于副营长），就将二人收留并加以庇护。
许廷瑞没能抓到刘德润，就越界去郓城将刘德润17岁的女儿抓回，关在巨野监狱中。在当时中国，妇女吃官司被视为奇耻大辱，更何况是一名未曾出嫁的少女。郓城的刘氏族人对此极为愤怒，一方面联名向郓城知县申诉，另一方面则请出在当地颇有影响力的、曾在北京当过御前侍卫的孙道隆去巨野县要人。许廷瑞没有任何理由扣留刘德润的女儿，只好放人。
远在安徽的刘德润得悉女儿被捕的消息后，愤懑至极，决定潜回巨野刺杀许廷瑞。刘德润得到了奚效方、奚老五的支持，奚效方以省亲的名义请了假，三人一起返回巨野。刘德润秘密返回巨野之后，联系自己的江湖朋友，有嘉祥县大刀会首领曹言学、巨野光棍（在鲁西南方言中，光棍除了单身汉这个通行的意思，还有一层意思，指的是体面、讲排场、爱张罗事的人）头目奚金兰等人。商量行动计划时，众人觉得刺杀县官的可能性不大，因为县衙戒备森严。且这些地方上的帮派头目，也没有那份胆量直接杀入衙门。为了平息刘德润的怒气，同时间接报复许廷瑞，他们决定杀掉在磨盘张庄的薛田资，以让许廷瑞丢官去职——按照此前惯例，在清廷地方官员管辖区域内，如果出现西方传教士被杀案件，地方官员必然要被革职严惩。
1897年11月1日，薛田资在磨盘张庄招待了两个客人。在邻县传教的德国传教士能方济、韩理迦略，路过巨野时，因天色已晚，就过来投宿。异国他乡，朋友相聚，自然格外亲热。在这凄冷的夜晚，三人聊到深夜，并唱了几首歌抚慰自己的心。薛田资将自己的卧室让给二人，自己搬去门房过夜。
就在此夜，一群身着黑衣、手执各色武器的人闯入磨盘张庄天主教堂。在砸薛田资卧室门时，房内连开数枪，但没人被击中。随后房门被砸开，房内二人被杀。刘德润、奚老五点灯查看，发现被杀的虽是西方人，但不是薛田资。
大群黑衣人闯入时，在门房内的薛田资还未入梦。听到枪响后，他紧张地跳到门边，这时才发现自己竟然没有将门上栓。屋外枪声接连响起，火把将小小的教堂照得通明，喊杀之声不断。先是砸门声，然后传来扭打声、凄厉的叫喊声。薛田资拿着一根铁棍躲藏在屋内，因为紧张而浑身颤抖不已。外面的嘈杂声渐渐地平息下来，这伙人从卧室中走了出来，嚷嚷着：“这两个人没胡子，找大胡子，剥他的皮。”
薛田资的卧室连着更衣室，更衣室大门当时敞开着，这伙人以为薛田资已经逃走，就外出搜寻。此时磨盘张庄的教徒已被惊醒，纷纷涌过来救援，这群黑衣人这才各自散去。待这伙人走光后，薛田资走进自己的卧室，发现室内一片血迹，能方济已死，韩理迦略还有一口气，但已双目无神。在薛田资给他做了圣礼之后，韩理迦略方才死去，室内一片沉寂。次日验尸时发现，能方济受了13处伤，头颅被打开了花，胸膛被刺穿。韩理迦略受了9处伤，腹部被捅烂，手指因为夺刀而被全部截断。
刘德润、奚老五杀死两名西方人后，发现室内地上有一支枪及一个手提箱，手提箱中还有本金皮的外文书。奚老五将这本外文书带走，事后藏在了自家屋檐下，并用泥土封起来。直到1930年，奚老五的后人修缮房屋时，翻出这本书，请懂德文的人看后才发现是德文译本的《圣经》。
事后，众人意识到事态严重，纷纷远离躲藏。第二天奚效方远走江南，从此不知所终。刘德润也逃到梁山附近一个偏僻村庄躲了起来，再未敢出来行走江湖，从此低调过完一生。奚老五远避北京，后来在保定聚众抢劫钱庄时被捕，处以斩首示众。
两名德国传教士被杀，让清廷震惊，也知晓这必将生出无数外交纠纷。山东高官齐聚巨野，一名官员指着许廷瑞的鼻子咆哮：“在你任内，出此巨案，若不破案，要你驴头。”
在巨大压力下，许廷瑞几近疯狂，四处捕人，大约有50人被抓。其中，有一部分人被释放，一部分人被严刑拷打致死，其他一些人则在监狱中死于传染病。其中7人被指控有罪，惠二哑巴、雷协身二人被指控为主犯，判斩立决；另外5人被判永远监禁。
被杀者的头被涂黑，在城门上挂了几个星期。
薛田资在回忆录中指出：“中国官僚将人命看得一文不值，抓了无罪的人严刑拷打。杀害两个神父的真正凶手尽人皆知，却一直逍遥法外。抓了七个所谓证据确凿的人，也砍了两个人的头，但他们都是无罪的。”
为此，薛田资向知县提出抗议，请他公正处理，并表示如果牵累到无辜者的话，宁可一人不抓。但地方官的答复都是一番敷衍的恭维话。
当年，环游世界的旅行家沃尔夫来到巨野，薛田资和他一起去拜访知县，双方曾进行了一番对话。
知县：“你从哪里来？路上走了多少天？”
沃尔夫：“从北京那里来，路上走了好几个星期。”
县官：“一路上你可是不辞辛劳！你特意来一趟有何贵干？”
沃尔夫：“有重要事件！”
县官：“你有多大年纪？”
沃尔夫：“五十多了。”
县官：“你会说几种语言？”
沃尔夫：“十个国家的语言。”
沃尔夫随后向知县提出，根据他的了解，5名被囚禁在狱中的所谓“凶手”是无辜的。
知县道：“他们都已经招供了，不管有罪无罪，现在都得他们来抵偿了。”
沃尔夫：“如果他们是无罪的，就必须加以释放。”
知县则答道：“他们是经皇上定过罪的，除了皇上，谁也不能释放他们。”
薛田资、沃尔夫坚持要见一下这5人。无奈之下，知县将这5人从监狱中提了出来。5人手脚都被铁索铐住，浑身肮脏，长满虱子，一人已得了伤寒。这些囚犯向薛田资、沃尔夫诉说了被严刑拷打，生不如死，不得不承认所谓罪行的经过，并坚称自己是无辜的。尽管薛田资、沃尔夫进行了交涉，但这些人还是被继续关押，最终惨死在狱中。
借助巨野教案，德国在山东攫取了巨大利益。巨野教案之后，经过西方传教士点名，被处分、撤职的各级官员有9人，巨野知县许廷瑞也被革职，山东地方官员因教案而“体面”地自行辞职的有22名，已调任四川总督的原山东巡抚李秉衡也被革职，且“永不叙用”。这些去职事件说明，教会对地方官员的任免有举足轻重的影响，也让地方官日益畏惧天主教传教士。教会势力开始频繁干涉地方行政事务，“教堂日增，教民日众，教焰日炽”
。李秉衡因为巨野教案被革职后，在河南安阳逍遥隐居。1899年，军机大臣刚毅向慈禧推荐李秉衡，认为他“果决有为，当世不可多得”，李秉衡方才再次出仕。
巨野教案后，1898年11月7日，薛田资被调到日照，但刚到日照就再生是非。日照是山东传教最为困难的地区，该地区有很多出名的秀才，在民间有着极大影响力，成为传教的阻碍。日照县的街头村由前街头和后街头组成，村中有百余户人家，传教士在该村首先取得了突破其原因与当地复杂的社会生态有关。街头村李姓家族的一个人，被发现死在了杜姓家族的山林里。在告官不能得到解决的情况下，为了复仇，李姓人开始寻找靠山，最终20余户李姓村民加入了教会。
薛田资从前任处得悉街头村教民与非教民的矛盾，自告奋勇去调解矛盾。但薛田资没有意识到，不管他本意如何，他的出现所产生的实际效果就是给教民撑腰，这必然会激起非教民的强烈反感。
此外，当地教民想勒索日照富户许言种，曾唆使传教士去官府控告许言种，招致士绅阶层的不满。德国传教士在街头村站住脚跟之后，很多人要求入教，这也让地方上的秀才惊骇。于是士绅们决定联合当地的江湖力量，共同打击教会。
11月8日，薛田资骑马从日照到街头村去看望教民。那天正好是当地赶集的日子，在4名手无寸铁的士兵和1名衙役护送下，在无数仇恨的目光注视下，薛田资穿过热闹的集市，到了街头村。
街头村一带的江湖领袖是厉用九，他从事贩卖花生、帮油坊运油等业务，为人颇有梁山好汉的气质。在秀才们的支持下，厉用九发动当地村民2000余人，准备抓住薛田资。
9日清晨，有教民跑来告诉薛田资，附近集合了几千人，准备捣毁这个村子。街头村外的枪声也越来越响，不甘坐以待毙的教民翻出了抬枪、长矛和土炮，并在街上修筑了工事，准备进行抵抗。薛田资劝教民放弃抵抗，因为教民人数太少，如果硬要抵抗，会被全部消灭。
薛田资请护送他的衙役去沟通。衙役回来之后告诉他，对方要求交出薛田资和6名教民，并答应不捆绑、不虐待他们。经过商量后，6名中国教民走出村庄，薛田资则找了个隐蔽角落躲藏起来，因为他觉得自己出去必死无疑。6名教民出去后立即被捆绑起来，周围旋即爆发出疯狂的叫喊声：“打死洋鬼子，宰了他！”人们涌入村中搜索主要目标薛田资。
没过多久，薛田资就被搜了出来，有个人一把揪住他的大胡子，将他拖到院子里。一群人围住薛田资，痛殴了他一顿，他身上的衣服被剥光，胡子和头发也被撕扯掉不少。随后薛田资被捆绑起来，用一根麻绳被牵着游街，有大约50个人在两旁执长矛、棍棒随行。在游街的过程中，赤身裸体的薛田资遭到了各种羞辱和恐吓。无数人围着他痛骂，每一次有人跳过来拿着刀摆出砍头状时，都激起围观民众的热烈欢呼。
随后，薛田资被人用绳子牵着，跋山涉水，穿过村庄，所到之处迎接他的都是人们的辱骂，一些妇女则盯着他这个赤身裸体的“洋鬼子”掩嘴而笑。中午时分，被捆住的薛田资只能像牲口一样趴下来吃喝。晚上，抓捕他的人拿着从教徒家里抢来的酒寻欢作乐，一个年轻人被派来看押薛田资。这个年轻人很善良，拿了一条破旧不堪的被子给他盖，并偷偷地给他解开了绳索。当日夜间，薛田资因为寒冷而瑟瑟发抖，当他索要衣服或者被子时，这群人就点起火堆，威胁说要把他烧死。
10日清晨，薛田资被押上驼儿山顶峰，被吊起来囚禁在小庙之中。经日照县知县与反教者谈判，并写下“保证不追究”的字据后，薛田资被释放。当知县派出的衙役与一个相熟的秀才剪开捆绑他的绳索，将他放到地上时，薛田资大哭了好久。11日，县令派出轿子，将薛田资接回县城。坐在轿子里的薛田资，看着路两边围观他的人群，仍感万分惶恐。在县城休养了十几天之后，薛田资被德国人的小汽船接到青岛，检查后发现全身有伤15处。事后薛田资也查明，此次事件“实系教民向许言种讹借起衅”，与许言种等人并无关系，遂将参与敲诈的教徒革除教籍。
1900年，巨野大刀会四五百人聚集围攻磨盘张庄教堂。当时，“大胡子”薛田资已返回德国，因此逃过一劫。1904年，薛田资再次返回中国。此后，直至1925年，薛田资一直指导济宁的中西中学，其间写过一系列关于山东民俗、农业、自然环境、传教情况的文章，并著有《在孔夫子的故乡》《鲁南民间故事集》等德文作品，以及《华德词典》《小说总集》《古新经切要篇图》等汉语作品。
至19世纪末，天主教在山东境内“共有教堂大小一千三百余处，传教士一百五十余人，各洋人文牍、函电几于无日无之”。在华天主教传教士约有800人，教徒从1860年的40万人发展到70万人。
晚清时期，从巨野到山东，乃至整个中国，总体上仍是封闭、保守、传统的社会。中国广袤的农村，无数割裂的村庄组成了稳定的熟人社会。在这个熟人社会之中，生老病死婚嫁等一切事务，都遵循着祖宗们的成法。但这个熟人社会、这潭平静的死水，突然被一粒粒石子搅动，这些石子就是传教士。这些大门内的陌生人，从方方面面挑战中国的传统秩序，他们从头到脚都透露出不一样，让恪守传统的非教民们难以看透，双方的冲突势必难免。
据统计，在山东，1895年发生教案2起，1896年2起，1897年10起，1898年9起，1899年则激增至41起。
也就是说，1899年，山东每月至少有3起教案发生，甚至在一个月内在同一州县重复发生教案。
前文提到的卜克斯一案就发生在此背景下，发生在1899年的最后一天。
要言之，教会的出现，在打破中国传统社会秩序的同时，也在重新构造着中国底层社会的权力结构，并随之带来了生存资源的争夺，这必然带来冲突。冲突从偶然、零散开始，渐渐走向必然、频发。而这时，如果得到清廷内部政治力量的纵容、扶持，仇视教会的民众也将从无组织的散沙状态，走向有组织的联合状态。原本零星的教案，也将演变成一场广泛的社会运动，从仇视传教士发展到敌视西方。