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在市场机制的最优状态下，不同要素的边际产出价值相等。而在现实经济环境下，要素之间边际产出价值存在差异，即资源存在错配。资源错配是抑制生产率提升和产出增长的重要原因之一，由于要素无法按照市场规律进行有效配置，导致经济系统运行效率低和社会产出受损。我国资源错配的关键成因在于渐进改革模式下的金融市场扭曲、劳动力市场分割、所有制歧视和偏向性产业政策等。
资本是企业生产中最为重要的投入要素之一，金融市场是否有效运作对企业获取资本的成本存在显著影响，并进一步影响企业的资源配置效率，金融市场改革滞后对于资源错配的影响主要来自两个方面。
第一，金融体系发育不健全。我国金融市场改革滞后于商品市场，阻碍了市场调节和促进资源有效配置功能的发挥。金融体系发育尚不健全，导致利率和资产价格难以反映资金真实成本，使金融要素难以按照效率原则进行分配，从而带来金融资源错配。在市场化改革的推动下，我国银行业逐步完成了向现代银行体系的过渡，四大国有商业银行实行股份制改革，使银行业整体实力大幅提升、治理结构更加稳健、抗风险能力明显增加。但是，国有商业银行由于体制、历史等原因具有较强的垄断势力，使其在信贷资金的分配上拥有更强的主导权与主动性。因此，对国有企业的偏向性会加剧实体企业之间的金融资源错配。
另外，在直接融资市场，由于信息不对称、市场监管不足等也会导致资源错配。韩汉君、燕麟（2017）认为股票市场由噪声交易者主导，一级、二级市场存在信息不透明和信息不对称问题，上市公司通过频繁的盈余管理或具有偏向性的分析报告，投资者无法获取真实信息，导致股票定价效率降低，影响资本有效流动和配置。高开娟（2017）认为存在无效投资的可能性，在信息不透明的环境下，资本流动以及较高的委托代理成本可能诱使无效投资的发生。此外，二级市场中个人投资者的噪声交易对一级市场投资者的投资理念带来负面影响，同时证券监管机构对于虚假信息披露的监管不力，进一步导致股票市场价格扭曲。资金配置低效且股价与内在价值发生偏离，使得部分业绩不佳的企业有机会优先获取市场资金支撑，从而导致金融资源错配。
第二，金融市场的摩擦。实现资本要素有效配置是金融市场的重要功能，完善的市场中交易成本非常低，而金融市场的摩擦会对资金的需求方增加成本，同时降低供给者的利得。因此，金融摩擦会提高市场中企业的外部融资成本，也提高了潜在企业的进入门槛，对潜在进入企业以及企业新技术采用、企业家的投资运营决策产生影响，带来效率损失。Song et al.（2011）研究发现，所有制歧视会通过金融摩擦影响资金配置效率。相比国有企业，私有企业尤其是中小企业在外部融资上存在明显的劣势，从而导致资本在企业间错配。金融摩擦也会通过异质性借贷成本、借贷约束等多种途径影响资源在企业间的配置效率，微观层面信息不对称与不完全契约下的受限执行导致市场不完全，企业间竞争和部门间的资源再分配加剧资源错配（李欣泽、陈言，2018）。借贷市场普遍存在着信息不对称问题，致使借贷成本增加或借贷规模受限，导致信贷资源错配。同时，契约通常具有不完全性特征，限制金融契约执行的有效性，为降低损失风险，投资者存在“王朝式管理”的倾向（Caselli and Gennaioli，2013），阻碍资金流向更高效的部门而引起资源错配。张佩和马弘（2012）通过研究发现，利率非市场化和借贷约束对信贷错配存在直接影响，尤其在发展中国家更为显著。
劳动力市场分割的结果就是二元劳动力市场，它会限制劳动力向高效部门的流动，造成劳动力配置扭曲，效率降低。根据新古典经济理论，假设工资具有充分的弹性，在完全竞争的统一劳动力市场中，劳动力可以自由流动，达到有效配置。但是现实中劳动力市场因制度、空间等原因被分割，从而形成劳动力资源错配。
我国户籍制度长期以来阻碍了劳动力，尤其是高技术人才的自由流动和高效统一的全国性劳动力市场的形成。经济发展的空间差异导致东部地区发展水平和生产效率均高于中西部地区，而长期以来户籍制度的壁垒阻碍高素质劳动力的转移，导致城市层级体系偏离帕累托最优状态（梁琦等，2013）。近10年来，我国户籍制度的改革取得了重大突破，很多城市纷纷降低了落户门槛，促进了人口的迁徙，然而特大城市的高准入门槛依然对人口流动存在极大的限制。制度环境的束缚使农村劳动力大量转移，导致城市内部出现二元结构，即劳动力市场的多重分割问题。另外，杨昕（2015）提出，农村转移劳动力会降低我国劳动份额占GDP的比重，这一问题可以归因于受户籍制度限制的人群收入低于边际生产率，即劳动力市场中的“户籍歧视”。户籍政策导致非户籍人口在劳动力市场中存在被歧视的不公平待遇，无法获得均等的工资待遇、社会保障，从而阻碍人力资本的自由流动，导致劳动力错配。
地方政府保护等因素也阻碍了劳动力在不同部门或地区间有效流动，形成市场分割，导致劳动力资源的空间错配。王熙麟（2017）研究发现，我国人力资本长期存在省际错配，且错配水平的收敛不能导致资源配置效率的提高。同时，地方政府为GDP政绩而采取以邻为壑的政策，这一竞争关系会造成市场分割。改革开放强化了原本的地域性优势，使东部地区与中西部地区的差距愈发突出。阳晓伟（2013）指出，中西部地区经济发展相对落后是限制劳动力自由流动的原因之一。此外，地区间不平等的工资待遇以及不均衡的教育水平会对劳动力市场造成影响，加剧市场分割，抑制了统一的劳动力市场形成（陈勇、柏喆，2020）。不公平的教育体系也会导致劳动力的科学文化素质分化，受教育程度较低的劳动者难以胜任较高级别或技术型工作岗位，这一问题在农村地区尤为突出，严重制约了农村劳动力向城市的迁移。市场的分割也阻碍了其他生产性要素的合理畅通流动，导致整体的资源配置效率降低。此外，市场的不完全竞争会放缓行业的发展，导致行业间无法达成竞争机制下的优胜劣汰模式，以及“外延型错配”（Yang，2011）。
一些行业政策或市场准入对国有企业存在倾斜与偏向性保护，即所有制歧视现象。政府通过对部分行业准入设限并对生产要素等资源配置进行干预，赋予部分国有企业在行业中的垄断性权利，例如石油、电网、铁路等行业，阻碍了市场化竞争。政策干预导致国有企业与私有制企业面临生产要素价格差异化以及不同的边际产出水平。研究证明，我国不同所有制的企业之间，长期存在要素价格的差异和资源错配问题（Zhao，2002；Allen et al.，2005；韩剑、郑秋玲，2014；周睿，2016）。我国长期以来实行的计划经济与高度国有化，政府职能部门与一些国有企业之间存在盘根错节的关联（靳来群等，2015），地方政府为了达到税收和财政的目标，通常会在行政管理中对国有企业存在偏向性保护，使其免于市场公平竞争下的价格压制，对其他所有制企业施加进入市场的壁垒，形成垄断行业。同时，在进行土地、能源等国有生产要素分配时，相对其他所有制企业通过市场获取生产要素，政府趋向于利用其支配权为国有企业提供成本较低的生产要素。
另外，在市场结构方面也存在所有制的差异，李系等（2014）从企业上下游“垂直结构”的角度研究发现，上游产业主要被国有制企业所垄断，而私有制企业基本在下游产业市场进行自由竞争。国有企业的垄断与所有制歧视导致经济发展结构不平衡，使要素的相对价格产生严重扭曲，经济产出增长与产业结构转型受限。在产品市场不完全竞争的条件下，国有企业的行政性垄断势力对资源有效配置产生冲击。行政垄断进一步加深产品市场的不完全竞争，阻碍了市场竞争机制对资源的有效配置，造成资源错配。当垄断企业的要素价格与边际产出不相等且存在着较大的差距时，资源没有遵循效率原则进行有效分配，同时企业产出水平下降，会进一步引发行业间的结构失衡。
我国的金融资源配置也具有明显的“所有制偏好”特征，由于政府的行政权力与国有银行的垄断地位，以及它们所具有的“所有制偏好”特征，造成信贷资源配置中存在着对民营企业的所有制歧视，从而导致金融资源在企业间的错配。例如银行业由于受到国有银行的主导，影响了银行信贷资源的流向，造成不同所有制企业之间存在差异化的融资机会和融资成本。研究表明，我国的国有企业受惠于金融业资本管制政策，在市场中私有制企业和新兴产业相对处于劣势地位，存在着资本从低效率部门流向高效率部门的障碍，导致资本价格扭曲与资源错配（王林辉、袁礼，2012）。政策对国有企业的倾斜与保护最终会造成行业全要素生产率的下降，长此以往不利于经济的健康发展。
靳来群（2015）认为，不同所有制部门之间产生资源错配，最重要的原因是政府干预，由于政府的产业政策往往存在倾斜性和偏向性，从而导致资源配置的不平衡。政府影响资源配置的政策工具主要是税收及补贴。税收方面主要通过改变税率、税收总量和调整税收结构来实现政策目标，对于目标产业而言，税收金额涵盖在生产要素的价格中，税率的改变会直接影响要素成本，而成本结构的变动使资源配置方式产生变化。补贴则是政府直接干预经济部门的另一种重要方式。政府为了支持某些政策性企业的生产和经营，通常会发放特定的企业补贴，包括直接支付的明补政策，以及出口退税、财政贴息等暗补政策，导致生产要素的相对价格扭曲，同时保护被补贴的低效率企业免受淘汰，造成企业及其所在行业更严重的资源错配。竞争机制是通过优胜劣汰的方式对资源配置进行优化，在完全竞争的市场中，依据效率原则使资源能够在部门间自由流动，最终集中在高效率部门，同时竞争又能促进企业的生产部门进行效率改进，从而达到不断提升资源的配置。王文等（2014）通过研究企业层面的微观数据发现，产业政策对行业竞争的影响程度与资源错配问题存在关联性，促进行业竞争的政策对于降低资源错配程度、提升资源配置效率有积极作用。钟廷勇和安烨（2014）研究发现，我国存在多方面产业政策引起的错配问题，如财政补贴等政策导致地区资源错配。Peek和Rosengren（2005）指出，东亚经济体中凸显的“僵尸企业”现象可以归因于“债务延期”政策而导致的资源错配问题，这些政策带来全要素生产率的降低和产出损失。