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登记应当在登记机构办理，登记机构是指在一定的辖区内依法接受申请人递交的材料，办理所有权和其他物权登记的机构。关于登记机构的设定，许多国家和地区将法院作为登记机构。例如在德国，不动产登记统一适用《土地登记法》，登记机构是地方法院的土地登记局。在日本，统一适用《不动产登记法》，登记机构是不动产所在地的司法行政机关法务局、地方法务局或其支局、派出所。在我国台湾地区，统一适用“土地登记规则”，土地登记由土地所在地之市县地政机关办理。
按照《民法典》第210条第1款的规定，“不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理”。所谓不动产所在地，就是指房屋土地所处的地点。确立由不动产所在地的登记机构来办理登记，既有利于确定不动产归属，也方便登记申请人和进行查阅的利害关系人。
《不动产登记暂行条例》第7条第1款规定：“不动产登记由不动产所在地的县级人民政府不动产登记机构办理；直辖市、设区的市人民政府可以确定本级不动产登记机构统一办理所属各区的不动产登记。”据此，在我国，不动产登记的事务主要由县级人民政府负责。依据该条第2款规定：“跨县级行政区域的不动产登记，由所跨县级行政区域的不动产登记机构分别办理。不能分别办理的，由所跨县级行政区域的不动产登记机构协商办理；协商不成的，由共同的上一级人民政府不动产登记主管部门指定办理。”从该规定来看，不动产登记采取属地登记方式。所谓属地登记，是指不动产所在地的登记机构进行登记。不动产，是指土地、海域以及房屋、林木等定着物。采取属地登记的原因在于：一方面，这是由不动产的属性决定的。由于不动产具有固定性、不可移动性、坐落位置固定性等特点，因此决定了不动产登记采取属地管理是合理的。另一方面，按照物的编成主义，现在我国对不动产登记采取属地主义，这也是按照物的编成主义来进行的。《不动产登记暂行条例》第7条就规定：“不动产登记由不动产所在地的县级人民政府不动产登记机构办理；直辖市、设区的市人民政府可以确定本级不动产登记机构统一办理所属各区的不动产登记。”因为不动产必须坐落于某一个具体位置，故采取属地登记，也适合进行属地管辖。
根据《民法典》第222条的规定，因为登记错误给他人造成损害的，登记机构应当承担赔偿责任。这就意味着，登记并不是一种最终的确权方式。如果登记发生错误，当事人是可以获得司法救济的。而且由法院进行登记也存在着问题：一方面，如果法院登记错误，就难以获得法院的救济。另一方面，行政机关进行登记，可以通过法院进行司法救济。确权之诉本身就包括了登记机构因为登记错误而进行的重新确权，所以，登记本身应当作为司法审查的对象。
所谓审查义务就是指登记机构在审查有关的登记申请中，承担何种审查职责。从各国物权法的规定来看，关于登记机构的审查义务，主要有两种模式：一种是形式审查，另一种是实质审查。所谓形式审查是指登记机构仅仅对当事人所提交的材料进行形式审查。如果确定这些申请登记的材料符合形式要件，就应当认为是合格的。
所谓实质审查，是指登记机构不仅应当对当事人提交的申请材料进行形式要件的审查，而且应当负责对申请材料内容的真伪进行核实，甚至在特殊情况下对法律关系的真实性也要进行审查。
二者的主要区别在于，是否应当对登记申请人的真实身份、不动产的实际状况、作为物权变动依据的交易的真实性和合法性进行审查。有人认为，实质审查要对交易的真实性、合法性等进行调查了解，进行全面的审查。例如，在有关不动产登记中，需要审查买卖合同当事人的意思表示是否真实、内容是否合法。笔者认为，此种观点对于实质审查的范围理解得过于宽泛。一般来说，登记机构无权审查交易本身的效力，因为有关合同本身的合法性问题应当由司法机关负责审查，如果赋予登记机构享有合同效力的审查权力，则显然超出了登记机构所享有的权力范围，将导致行政机关不正当地干预了民事关系。
《民法典》第212条既没有采纳形式审查说，也没有采纳实质审查说，而采折中的办法，具体列举了登记机构的职责，使登记机构在其职责范围内，充分履行职责，尽可能保持登记的准确、真实，避免发生登记错误。
其中既包括了形式审查内容（如查验申请人提供的权属证明和其他必要材料），也包括了实质审查的内容（如必要时实地查看）。换言之《民法典》物权编的上述规定，实际上采纳了以形式审查为主、以实质审查为辅的审查制度。
依据《民法典》第212条规定：登记机构应当履行下列职责。
第一，查验申请人提供的权属证明和其他必要材料。“查验”顾名思义是“检查、验收”的意思，查验并不是说对所有登记申请材料必须查验无误，因为要求登记机构对所有材料都查验无误是非常困难的。《不动产登记暂行条例》第18条规定，“不动产登记机构受理不动产登记申请的，应当按照下列要求进行查验：（一）不动产界址、空间界限、面积等材料与申请登记的不动产状况是否一致；（二）有关证明材料、文件与申请登记的内容是否一致；（三）登记申请是否违反法律、行政法规规定”。在实践中，对有些证件也应当查证属实，比如查验房产证的真伪。因为房产证是由登记机构发出的，审查房产证的真伪对于登记机构没有什么困难。查验是否包括对法律行为的真实性和合法性的审查？笔者认为，应区别真实性和合法性，从而予以分别对待。对于真实性问题，如果能够审查的，应当予以审查，从而尽量避免登记的错误。但对于合法性问题，如作为物权变动依据的合同、遗嘱是否有效的问题，本身不应属于登记机构审查的职权范围，而应当属于人民法院的职权范围。
《民法典》第212条第2款规定：“申请登记的不动产的有关情况需要进一步证明的，登记机构可以要求申请人补充材料”。这就是说，法律对于何种情形下需要进一步证明没有明确规定，它需要登记机构结合具体情形予以判断。如果根据申请人提供的材料，不足以证明其是不动产权利人的，登记机构可以根据具体情况要求其补充材料。
第二，就有关登记事项询问申请人。所谓询问，是指由登记机构就与登记事项有关的问题，向申请人询问。询问的目的主要在于核对登记申请人提交的材料，以确定其是否真实。
询问的内容是登记事项，登记机构没必要就超出登记以外的事项进行询问。而只要是与登记事项有关的问题，登记机构都有权向登记申请人询问。询问既是一种权力，也是一种义务。因而，登记机构询问时，申请人就应该如实回答；登记机构也应履行询问的义务，如果不询问而发生了错误的登记，登记机构就没有尽到责任。
第三，如实、及时登记有关事项。所谓如实登记，就是指依法将登记事项记载在登记簿或登记系统中，将登记信息真实地予以记载。所谓及时登记，是指在登记机构受理登记申请以后，应当及时办理登记，不得无故拖延；否则，也会给登记申请人造成损害。例如，因为抵押权登记不及时，导致抵押权顺位置后，使抵押权人不能优先受偿。
第四，必要时实地查看。《民法典》第212条第2款规定：“申请登记的不动产的有关情况需要进一步证明的，登记机构可以要求申请人补充材料，必要时可以实地查看。”所谓实地查看，是指登记机构对不动产进行实地查验，以确定其权利状况是否与当事人所提交的申请材料相符合。《不动产登记暂行条例》第19条对需要实地查看的情形也作了具体规定。
例如，某栋房屋已经被拆除，但登记簿上仍然予以记载，此时就只有实地查看才能够了解详情。
《民法典》第212条将是否进行现场查看的权力交由登记机构，由其决定是否进行现场查看。但笔者认为这也是赋予了登记机构一种义务，即在确实有必要进行现场查看时，应当进行现场查看。
没有尽到此种义务而使有关利害关系人受损失的，登记机构应当负责。例如，某房屋已经拆迁，而仍然在登记簿上予以记载，并为该房屋设定抵押登记，就会造成有关利害关系人的损失。《不动产登记实施条例实施细则》第16条对不动产登记机构的实际查看作出了更加详细的规定。
第五，法律、行政法规规定的其他职责。例如，对可能存在权属争议，或者可能涉及他人利害关系的登记申请，不动产登记机构可以向申请人、利害关系人或者有关单位进行调查。《不动产登记暂行条例》赋予了登记机构调查不动产权利状况的权力
，不动产登记机构进行实地查看或者调查时，申请人、被调查人应当予以配合。
我国《民法典》不仅从正面规定了登记机构的职责，而且为了保障登记机构充分履行其义务，也从反面规定了登记机构不得实施的行为。依据《民法典》第213条的规定，这些行为包括：其一，登记机构不能对不动产进行评估。因为登记是对物权变动的一种公示，而评估是对价值的确定，其与公示没有关系。登记机构从事的是将权利记载下来并予以公示的行为。在实践中，某些登记机构以要求确定抵押物的价值为理由，强制性地要求由其进行评估，从而多收取费用，这也给登记申请人增加了沉重的负担。其二，不能以年检的名义要求进行重复登记。登记是一种公示，如果没有发生物权变动，就没有必要进行重新登记。有些物权有期限，如抵押权，期限届满权利消灭，需要设立新的物权的话，要进行新的登记，而不是重新登记。其三，不得超出登记职责的范围进行登记。此处所谓登记机构超出登记职责范围的情形：一方面，是指依据不动产登记法中的登记同意原则，登记申请人的申请决定了登记机构的活动范围，登记机构不得超出这一范围从事活动。例如，当事人申请办理抵押登记，就不能为当事人办理其他登记。另一方面，如果登记机构的登记是依据法律的规定，则不能超过这一规定。例如，法律未承认动产让与担保，则登记机构不得为当事人办理此种登记。其四，不得违反规定进行收费。我国《民法典》第223条规定：“不动产登记费按件收取，不得按照不动产的面积、体积或者价款的比例收取。”该条规定的主要理由在于：一方面，它明确了登记机构的性质，它应当是非营利性的。登记机构从事登记事务确实需要一定的行政成本，但它不是营利性机构，它不能从登记事务中获取利益。如果允许登记机构将登记与不动产面积、体积、价值等挂钩，就实际上使登记机构具有营利性，从而与其性质不符。另一方面，从实践来看，一些登记机构由于受到利益驱动，抬高收费标准，增加了登记成本，使得登记申请人不愿意办理登记，这不利于登记制度的推行，也不利于交易安全的维护。在《民法典》规定了登记制度之后，如果不规定收费办法，当事人仍然不愿意办理登记，将使登记制度形同虚设，从而危及交易的安全和秩序。另外，这也与统一登记制度密切相关。如果我们要统一登记制度，就应当减少登记机构的利益驱动。基于这些理由，《民法典》规定收费标准是十分必要的。这种规定，对于国务院有关部门制定收费办法起到了指导和规范作用。
按照《民法典》第223条的规定，关于登记费用的计算：一方面，不动产登记费应按件收取。但是，就如何理解“件”的含义，存在不同的看法。有的人认为，所谓“件”就是指申请书的件数，一份不动产登记申请就是一件。而有些人认为，所谓“件”应当是按照登记的不动产的个数来确定，即一个不动产就是一件。也就是说，每登记一栋房屋，不管其面积大小或价值高低，都只能是每登记一栋房屋就收取相应的费用。另一方面，不得按照不动产的面积、体积或者价款的比例收取。这就是说，在收取费用的时候，不能够根据不动产的面积、体积、价款等分别收费，更不得要求登记申请人进行不动产的评估，从而按照不动产的价值来收费。
所谓登记机构的责任是指登记机构没有尽到法律规定的职责，造成登记错误，给权利人造成损害时所应承担的责任。关于登记机构的责任性质，在物权法制定中，就存在不同观点：一种观点认为属于民事责任，另一种观点认为属于国家赔偿责任，因登记错误导致当事人或利害关系人遭受损害的，登记机构应依据国家赔偿的法律规定予以赔偿；还有一种观点认为，应建立不动产登记赔偿基金，专门处理有关登记机构的赔偿问题。
在《民法典》编纂过程中，立法机关认为，关于登记机构责任的性质目前难以规定，留待以后专门性法律作出规定，对此仅作了原则性规定。
如前所述，登记的内容正确有利于保护交易当事人的利益，维护交易的安全和秩序，但登记发生错误也可能会给真正的权利人和交易当事人造成损失。一方面，如果对登记审查不严，导致因故意或过失而将有关财产登记在他人名下，就会使真正的权利人蒙受损失。另一方面，如果对登记审查不严而发生登记错误，使善意相对人与登记权利人发生了交易，也会造成善意相对人的损失。在因登记错误而使真正权利人和善意相对人遭受损失时，真正权利人有权请求有关登记申请人和登记机构赔偿该损失。由此可见，登记机构的责任在性质上主要是一种民事责任，而非行政责任。
登记机构的责任既可能是过错责任，也可能是严格责任。登记机构因各种原因造成登记错误，给当事人造成重大损失的，登记机构应当依法承担赔偿责任。因为一方面，登记机构不能仅仅只享有收费的权利，而不对错误登记的后果负任何责任。必须要使登记机构在享受一定利益的同时承担一定的责任。另一方面，登记机构对登记内容不承担任何责任，不利于强化登记机构的职责，促使其认真审查登记的内容，从而力求使登记的内容真实可靠。尤其是如果实行登记的实质审查制度，也必须要使登记机构承担一定的义务和责任，否则负责登记的机构很难有压力和动力来履行实质审查的义务。
还要看到，如果因为登记机构的工作人员的严重过错甚至与他人相互勾结、恶意串通，造成交易当事人损害，登记机构和有关工作人员不承担任何责任，对受害人也是极不公平的。我国台湾地区土地相关制度规定，因登记错误遗漏或虚伪受损害者，由该地政机关负损害赔偿责任。但该地政机关证明其原因应归责于受害人时，不在此限。笔者认为这一经验是值得借鉴的。
根据《民法典》第222条，可以认为登记机构的责任在性质上分为两类：一是《民法典》第222条第1款所规定的过错责任。即当事人提供虚假申请材料，如果发生登记错误，登记申请人首先应当承担责任，同时并不免除登记机构的责任。但登记机构的责任只限于其未能按照《民法典》第212条等规定依法履行审查义务，造成登记错误所应当承担的责任。所以，此种责任严格地说是过错责任。二是严格责任。这就是说，只要出现了《民法典》第222条第1款以外的情况，造成登记错误，并给他人造成损害的，登记机构都应当承担责任。《民法典》第222条所说的“登记错误”是一个范围比较宽泛的概念，它首先是指登记的状况与实际状况不一致、不符合，但造成这种现象的原因很多，除了登记申请人弄虚作假、登记机构没有尽到审查职责以外，对其他的原因造成的各种登记错误，登记机构都要负责。例如，因为登记机构的工作人员严重失职，或者与登记申请人相互勾结，造成登记错误，等等，给有关利害关系人造成了损害，侵害了真正权利人的权利，这些情况都属于登记错误的范围。但由于这些情况比较复杂，不容易全部列举，故使用了“登记错误”一词。对此种登记错误，登记机构所承担的责任是严格责任，而不是过错责任。
登记机构的责任不是补充责任而是单独责任。所谓补充责任是指先由造成登记错误的人承担责任，再由登记机构承担责任。所谓单独责任是指由登记机构直接对因登记错误而遭受损害的当事人负责。对受害人而言，其索赔没有先后顺序的要求，即其可以直接起诉登记机构。《民法典》第222条规定，“登记机构赔偿后，可以向造成登记错误的人追偿”，由此表明登记机构的责任，不是在提供虚假材料的申请人赔偿损失之后承担补充责任，而是要依据受害人的请求承担单独赔偿责任。
一般而言，登记机构的责任，以发生实际损害为前提。发生登记错误必须要造成实际损害，例如，房屋因登记错误而被抵押或者转让，造成真正权利人丧失权利或者承受负担的实际损害后果。如果没有造成实际损害后果，登记机构应该履行更正登记的义务，但不应当承担赔偿责任。
《民法典》第222条规定：“当事人提供虚假材料申请登记，造成他人损害的，应当承担赔偿责任。因登记错误，造成他人损害的，登记机构应当承担赔偿责任。登记机构赔偿后，可以向造成登记错误的人追偿。”这就规定了登记机构因为登记错误所承担的责任。《民法典》物权编实际上区分了两种情况而分别确立责任。
第一，当事人提供虚假的权属证书等证明材料申请登记，给他人造成损害，登记机构没有尽到审查职责。此种责任实际上是一种未履行审核义务而产生的责任。这就是说，登记申请人提供虚假材料在登记机构办理登记，登记机构未尽到审查职责，从而导致损害的发生。当然，在此应该区分两种情况：一是因为登记申请人自己弄虚作假而登记机构已经尽到了自己的职责；二是登记机构具有过错。例如，某人将单位委托其保管的房产，登记在自己的名下，其提供的有关文件残缺不全，但登记机构未予审查，便为其办理了登记手续，并将该项产权记载在该人的名下。如果登记机构已尽到审查责任，登记机构不应承担责任，而应由弄虚作假的申请人承担责任。例如，行为人伪造他人的身份证、产权证或授权委托书等材料，将他人的财产设定抵押并进行登记，但登记机构未尽到审查义务并造成损害。对此，登记机构应当承担赔偿责任。
第二，因登记机构的过错造成真正权利人损害的，登记机构应当承担责任。《民法典》第222条规定：“因登记错误，造成他人损害的，登记机构应当承担赔偿责任。”该条规定针对的是，完全是因登记机构的错误造成的损害。例如，登记机构应当实地查看而未查看造成登记错误的，或无正当理由拖延登记时间造成权利人损害的。错误包括登记机构工作人员的故意以及疏忽大意等过失。
《有关担保的司法解释》第48条规定：“当事人申请办理抵押登记手续时，因登记机构的过错致使其不能办理抵押登记，当事人请求登记机构承担赔偿责任的，人民法院依法予以支持。”如果是因为登记机构的过错导致当事人不能办理不动产抵押登记，并因此遭受损害，当事人可以请求登记机构按照过错承担赔偿责任。此种责任与前一种责任的不同之处在于，前一种责任是由当事人提供虚假材料，且登记机构未尽审查义务造成；而此种责任，主要是由于登记机构自身的过错造成。
需要指出的是，登记机构的责任是一种与其过错相适应的民事赔偿责任，而不是行政责任。虽然在登记之时，行政机关和当事人之间的地位不平等，但是，在登记错误发生之后，其赔偿责任的承担属于平等主体之间的关系，因此，应当纳入民事责任的范畴。主要理由在于：其一，登记在性质上不是纯粹的行政行为，登记不过是物权的公示方法，登记机构并没有通过登记创设物权，登记机构的登记行为是民事法律行为中的事件，因登记行为产生的民法上的法律后果，登记机构登记行为错误也会产生民法上的法律后果。其二，登记机构的登记行为属于执行国家公务行为，因而因登记错误而给当事人造成损害的，登记机构应当向当事人承担民事赔偿责任，此种责任的性质属于民法上的侵权损害责任。其三，在《民法典》物权编中规定登记错误的赔偿责任，本身就表明了其属于民事责任。立法者是从民事责任的角度出发，确立相关规范的。其四，在登记错误的情况下，给受害人造成了损害，仅仅承担行政责任不能有效弥补受害人的损害，因此有必要通过承担民事责任来尽量弥补受害人的损害。当然，依据《民法典》第222条第2款的规定，登记机构在赔偿之后，享有向造成登记错误的人进行追偿的权利。