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甲骨从被确认为商代遗物到被国家文物机构列为重点保护文物这一过程，竟历时数十年。甲骨的发掘工作也经历了几个不同阶段，大体是：早期的乱采滥挖、中期的研究、新中国成立后的新时期发掘。
早在人们意识到甲骨的真正价值之前，其私自滥挖现象已很严重，不计其数的甲骨被填枯井或充作龙骨、龟板以作中药。1899年，甲骨文为世人所知后，其身价陡增，当地地主、农民、古董商等为牟取暴利聚众挖掘。
1904年冬，小屯村地主朱坤率先聚众在小屯村北地、洹河南岸的农田中建起了挖掘工地，大肆挖掘甲骨达数车。同村人霍文元、刘金声等人见有利可图，也聚众挖掘，双方为了争夺甲骨还发生了群体械斗。最后，安阳知县下令禁止私掘，但禁令并未维持多久，私掘现象依然严重。
当地人和古董商都只顾得到给他们带来利益的甲骨，而破坏了殷墟遗址的结构，使殷墟这一宝贵的历史文化遗址遭到极大的破坏，并造成大量包括甲骨在内的古代文物的散失。
后来，中央研究院历史研究所成立之后，便派董作宾于1928年8月到安阳小屯村调查甲骨出土及保存情况。董作宾在小屯村一带多处调查走访，了解到近几年在小屯村仍有甲骨出土，便从村民手中收购了部分甲骨。经过这次调查，中央研究院认为小屯村的地下还有甲骨出土的可能，遂从1928年10月至1937年先后进行了15次考古发掘。参加发掘的主要工作人员有李济、梁思永、董作宾、郭宝钧、石璋如等。这15次发掘中，第一至第九次以小屯村为重点，得甲骨6500余片；第十至第十二次以距小屯村3千米远的洹河北岸的侯家庄为重点，挖掘了王陵墓葬，但没有甲骨出土；第十三至第十五次仍以小屯村为重点，得甲骨多达1．84万余片。其中收获最大的一次为1936年春开始的第十三次发掘，出土甲骨1．7万片，并有完整和较完整的龟腹甲200多个。
通过这15次科学系统的发掘，他们不但发现了很多商代晚期的遗址、墓葬，同时还获得有字甲骨2．4918万片。后来，中央研究院从中选出近1．3万片辑成《殷墟文字甲编》和《殷墟文字乙编》。这10年的殷墟发掘是以考古学作指导的，出土的甲骨等文物也收归国有，因此这是甲骨学史上的极大收获。特别是后5次发掘，对殷墟建筑基础的遗留及墓葬的排列情况都做了详细研讨，为中国考古学的形成奠定了基础。
新中国成立之后，文化部设立文物局。从1950年春到1977年，文物局对殷墟进行了十几次有组织、有计划的科学发掘工作，得有字甲骨5000多片及商代青铜器等珍贵文物，并使商代殷都的面貌整体呈现在世人面前，获得了甲骨学史上的空前收获。