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1360年4月，朱棣出生于当时称作应天府的南京。那时正是元末的战乱时期，群雄并起，互相征伐。应天，是顺应天命的意思。4年前（1356），朱元璋攻下集庆（南京），将集庆改名为应天。他要顺应天命，推翻元朝，削平群雄，自己当皇帝。现在他又有了第四个儿子，照理应该好好庆祝一下。但几乎与朱棣呱呱坠地的同时，前线传来了陈友谅进攻太平（今安徽涂县）的告急文书。陈友谅如果攻陷了太平，并要接着进攻应天。但军情紧急，他甚至对自己的这个儿子都来不及看上一眼，便又到前线指挥打仗去了。至于怎么样为这个孩子取个吉祥名字，他就更没有工夫去琢磨了。
1367年旧历年底，朱元璋准备转过年头就要正式登基做皇帝了，看到自己已经有了7个儿子，自然是满心高兴。这时形势已经粗安，他决心要为儿子们正式取名了。十二月二十四日。他祭告太庙，把自己渡江后生了7个儿子归因于祖上的阴德：仰承先德，自举兵以来，渡江生子七人。今长子命名目标，……曰棣。这时朱棣已经7周岁，他这才和众兄弟一样有了自己的名字。
朱棣的生母是谁，居然还是个谜，这在常人看来似乎不可思议。但这个谜确实存在，数百年来一直扑朔迷离。因为朱棣的生母问题，不只是关系到他的身世，而且深刻地影响到他一生的行为。古代正妻生的儿子称嫡子，非正妻生的儿子称庶子。正妻被称为嫡母，其他的妾被称为庶母。对帝王家来说，嫡子和庶子在名分上有重大差别。按照封建宗法制度，皇帝死了，皇位要由嫡长子继承。即使嫡长子死得早，如果嫡长子有儿子，也要由嫡长子的嫡长子来继承，其他庶子则不得觊觎。
朱棣自称是马皇后所生，自然也就是所谓嫡子了。其实，经历代学者考证，朱棣的生母不是马皇后，实际上他的生母是个贵妃，为此演绎出许多的野史和传说。有人说贵妃是高丽人，也有人称她是元顺帝的妃子，抑或高丽人而成了元顺帝妃子。还有人说，朱棣生母是蒙古人洪吉喇氏。洪吉喇氏是元顺帝的第三福晋，是太师洪吉喇特托克托的女儿。元顺帝败，朱元璋入都见洪吉喇氏貌美，就留在身边。然而她入明宫时就已经怀孕，所生的就是明成祖朱棣，所以朱棣即元顺帝的遗腹子。其实这只是民间的传说而已。
明朝建立时，朱棣已是一个八九岁的儿童。那时全国仍很凋敝，满目疮痍。这一切都在朱棣的心灵上留下了深深的印记。朱棣在宫廷度过了他的青少年时期。
朱元璋一生都为自己文化水平低而遗憾。因此，他十分重视对孩子们的教育。朱元璋称帝的第一年，就在宫修建了本堂。作为太子和诸弟学习的场所。堂藏有大量历代图籍，供他弟兄们观览。征聘各地名儒，轮班授课，教育太子和诸王。师傅都是满腹经纶的儒，其如宋濂等。他前后十几年，向太子和诸王讲四书五经，讲封建礼法，一举一动都要合封建礼仪。
朱棣从他父皇那里接受的完全是封建正统教育。对此，朱元璋曾有一段明确的自白：朕于诸子常切谕之：一、举动戒其轻；二、言笑厌其妄；三、饮食教之节；四、服用教之俭。怨其不知民之饥寒也，尝使之少忍饥寒；怨其不知民之勤劳也，尝使之少服务事。
可以看出，朱棣弟兄们不只是要学书本，而且平时一言一行都要合乎封建规范。这对一个天真烂漫的少年来说，并不是一件惬意的事。
朱元璋不希望他的儿子们成为文弱书生，就让他们经常做些强健筋骨的活动。他当吴王不久，看到7个儿子渐渐长了，宜习劳，令内侍制麻履行滕。凡诸子出城稍远，马行十七，步行十三。所谓麻履，就是麻鞋，行縢是指缠腿。这里是说，让朱棣兄弟7人都穿着麻鞋，裹上缠腿，像士兵那样到城外远足，十分之七的路骑马，十分之三的路要步行。这对长期住在深宫院的皇子们来说，虽说劳累点，但还是饶有兴味的。随着年龄的增长，他们还要不时地在演武场上练习武备，以健体强志。
他11岁的时候被封为燕王。洪武九年（1376），朱棣已是17岁的英俊青年，他的父皇准备让他们到外地去当藩王了，感到有必要让皇子们体验一下民间的生活。就在这一年，朱棣兄弟们一起来到安徽凤阳老家，那时被称为都。这里埋葬着他们的祖父母，也是他们的父皇时候为户人们放牛放羊的地方。这里也是十年倒有九年荒的穷乡，老百姓的生活都很困苦。在这里，朱棣仿佛看到，他的父皇时候是怎么样受苦受难，创业是多么的艰难。他在这里住了三四年，民间生活对他的思想意识产生了深刻的影响。朱棣是个有心人，民间细事，无不究知。他当皇帝以后，还经常对儿子们说起他这段生活。认为自己能南北征战，不畏塞外风寒，就得益于这段经历。朱棣在凤阳的这段生活可看作是宫廷教育的实习阶段，他回去就要准备到外地去当藩王了。
朱棣的长兄朱标，即南京一带所习称的头太子，在朱元璋称吴王时就被立为世子。洪武元年（1368）正月初四日，朱元璋祭天地于南郊，在郊坛南边正式登基称帝。他连赠祖上四代，册封马氏为皇后，立朱标为皇太子。
在朱元璋看来，元朝之所以经常发生宫廷政变，主要原因就在于没有早立太子，因此他一称帝就要解决这个问题。他还看到当元末农民起义四处爆发的时候，元王朝在各地缺少强有力的藩卫。有鉴于此，洪武三年（1370）他就做了封藩的安排，即把各个儿子封到各地当藩王。他为了不使天下人感到他私心太重，在封藩前还特意做了一番表白：
天下之，必建藩屏，上卫国家，下安生民。今诸子既长。宜各有爵封，分镇诸国。朕非私其亲，乃遵古先哲王之制，为久安长治之计。
封诸子为王的这件事也就定下来了。按照明制，皇子封为亲王都授予金册金宝，年食禄米万石。其护卫少者三千人，多者至万九千人。但这只是就一般情况而言，像北边防御蒙古的几个藩王，所统兵上都超过此数。例如在宁的宁王带甲八万，革车六千。这些藩王的府第、服饰和车旗等，下天子一等，公侯臣见了他们都要伏而拜谒。
藩王的嫡长子立为世子，即藩王的未来接班人，10岁时就授予金册金宝。其他诸子则授予涂金的银册银宝，封为郡王。以后各世子孙都有封爵，自六世孙以下都封为奉国尉。他们生的时候要向宗人府请名，年龄了要请婚。但他们不能从事士农工商之类的行当，只是坐糜俸禄。时期以后，皇室成员的俸禄成了国家沉重的包袱。
本来朱元璋把自己的子侄分到各处，称作亲王，目的是监视各地带兵将军的动静，以防他们叛乱。藩王虽没有行政权，但有军事权。朝廷调地方军队，地方守镇官还要得到当地藩王令旨后才能调动。遇有战事，即使元勋宿将也要听藩王节制。当燕王朱棣率军征讨乃儿不花时，像傅友德那样的将也要受他调遣。这样，许多藩王就拥有了重兵。朱元璋感到他这套制度比以往历代都严密，明江山可以长治久安了。但他万万没有想到，他刚死，就爆发了朱棣与建文皇帝争夺皇位的靖难之役。
对这种分封的弊端，一些有远见的臣早就看出来了，只是很少有人敢公开说。著名的文士解缙率直敢言，他数上封事，所言分封势重，万一不幸，必有厉长、吴潞濞之虞。说得最直率的大概就是那个平遥县的训导叶伯巨了。洪武九年（137），叶伯巨上书言事，说明太祖太过者三，第一条就是分封太侈：诸王各有分地，盖惩宋、元孤立，宗室不竞之弊。而秦、晋、燕、齐、梁、楚、吴、蜀诸国，无不连邑数十，城郭宫室亚于天子之都，优之以甲兵卫士之盛。臣恐数世之后，尾不掉，然则削其地而夺之权，则必生觖望，甚者缘间而起，防之无及矣。议者曰，诸王皆天子骨肉，分地虽广，立法虽侈，岂有抗衡之理？臣窃以为不然。何不现于汉、晋之事乎？孝景，高帝之孙也，七国诸王，皆景帝之同祖父兄弟子孙也，一削基地，则遽构兵西向。晋之诸王，皆武帝亲子孙也，易世之后，互相攻伐，遂成刘、石之患。由此言之，分封逾制，祸患立生，援古证今，昭昭然矣。
朱元璋见疏怒，认为这是离间他们一家骨肉，要亲手射杀他。叶伯巨终于为此事死在狱。不幸的是，叶伯巨所言果然成了事实。
洪武十三年（1380）春天，朱棣从凤阳回到南京，受命就藩北平。这时的燕王已是21岁的英俊青年。他没有留恋风光旖旎的南国春色，而毅然甘冒雪花如席的北国风寒。他出发了，率领着数千护卫，浩浩荡荡地奔赴北平，满怀着信心和对未来生活的憧憬。他知道，这是他一生道路上的一个新的起点。
他的府邸就是元朝的旧宫，其规制如同天子。按照规定，藩王的府邸亚天子一等，其他诸王都是如此。为了这件事，朱元璋还曾特地告谕诸王，要他们不要与燕王攀比，因燕王府邸是元朝旧宫，不需要新建，他们新建的府邸则都要按规定办事。不难看出，朱元璋对燕王寄望殊深。
北平是元朝都城，位置险要，燕王的二哥和三哥分别就藩西安和太原，就藩时间还早于燕王两年，都没让他们去北平，而是把北平留给了燕王，其似乎有深意存焉。本来在朱元璋的众多儿子，只有朱棣为人沉鸷老辣，很像朱元璋。他身材魁梧，天资聪颖，武艺高强，智勇有略，能推诚任人，在镇守边关、打击残元势力方面立了功。朱元璋将朱棣分封在北京，就是希望自己的儿子能代替功臣宿将掌握兵权，从而使明朝的政权更加稳固。
不过，朱棣也是朱元璋最担心的人。据说，朱元璋曾和众多王公臣一起登上南京城外的紫金山俯瞰皇宫，在一片赞誉声，朱元璋龙颜悦。这时年少的朱棣却口无遮拦，一语道破天机：紫金山上架个炮，就能炮轰紫禁城！朱元璋惊，心里顿时后悔不已，以致后来他又命令修建更广的外城，把包括紫金山在内的一些重要地方围起来以加强防御。从这件事上，朱元璋看出朱棣将来很有可能是皇太子的威胁。
太子朱标从就受到了良好的教育，为人好学勤政，宽厚仁慈，非常适合做个宽仁皇帝。可惜，洪武二十五年四月，朱标不幸英年早逝，年仅38岁。朱元璋伤心之余，竟一时找不到合适的继承人选。这时有人推荐朱元璋最倚重的朱棣作为皇储。朱元璋同意了，但许多臣表示反对，理由有二：一是如立朱棣为太子，对朱棣的兄弟则无法交代，一是不合正统习惯。朱元璋经过再三考虑，终于决定立朱标之子－－皇孙朱允炆为继承人，为此，朱棣耿耿于怀。
朱棣在就藩燕京以前，朱元璋还为他完了婚，妻子就是明王朝第一功臣山王徐达的长女。朱元璋听说她贞静，好读书，被人称为女诸生，就把徐达找来说：你我是布衣之交。古代君臣相契的常结为婚姻，你的长女就嫁给我的四子朱棣吧。徐达自然是满口答应。徐氏于洪武九年（1376）被册封为燕王妃，第二年就成了亲。这时朱棣18岁，徐妃16岁。就是这位看来贤淑贞静的徐妃，后来成了朱棣夺天下、治天下的得力内助。这种婚姻实质上是一种政治行为，在这点上其他诸子也是比不上的。这对朱棣以后的发展都是很重要的因素。