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秦始皇凭借武力征服六国，国家虽然统一了，但是还存在着许多阻碍国家发展的因素，所以秦始皇着手进行了一系列的改革。这些强有力的改革措施对于中国政治、经济和文化的统一和发展起到了巨大的作用。
秦始皇接受李斯的建议，首先对中央政治体制进行了改革。改革后的中央行政机构以皇帝为首，皇帝之下设三公、九卿，即三公九卿制。
三公是丞相、太尉和御史大夫。制度规定中央行政机构的首长是丞相，丞相统领百官，并协助皇帝处理国家政务。国家行政事务由丞相总领朝廷大臣集议和上奏。秦朝规定有左、右丞相，以右为尊。
太尉是中央军事机构的最高军事首长，协助皇帝处理全国军事。如果需要发兵、调兵，必须得到皇帝的虎符，才能有权指挥军队。
御史大夫是皇帝的秘书长，皇帝的命令、国家的法令，由他转交丞相颁布。管理全国的书籍、律令和文书等事项，监察各级官吏也由御史大夫掌管。
三公之下还设九卿，九卿是具体掌管全国各领域事务的官吏，九卿分别为奉常、郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典客、宗正、治粟内史、少府。奉常具体掌管宗庙祭祀礼仪，兼任皇帝侍从，其属官有太乐、太宰、太祝、太史、太卜、太医等；郎中令具体掌管皇帝的安全保卫工作，其属官有大夫、郎中、谒者；卫尉具体掌管宫门的警卫，是宫殿的警卫队长；太仆具体负责皇帝使用的车马，是皇帝仆从的最高长官；廷尉具体负责司法，是全国的最高司法长官；典客具体负责接待宾客的礼仪和少数民族事务；宗正具体负责皇室宗族名籍；治粟内史具体负责全国财税收入和财政支出，是全国最高财务长官；少府具体负责山海池泽的税收以及皇帝的生活供应，兼管宫廷手工制造业。
三公九卿，各自设有自己的一套机构，处理日常工作。大事总汇于丞相，最后上报皇帝裁决。
地方实行郡县制。西周以来的分封制在秦国得到了彻底地改变。丞相李斯强烈反对分封制，他认为周朝就是因为实行分封制，将王分到各地当诸侯王，他们的权力才进一步扩大，逐渐与中央疏远，皇帝越来越难管这些诸侯王，最后导致周朝分崩离析。他认为秦朝应汲取周朝的失败教训，要设置郡县，由皇帝亲自任命官吏进行治理，秦国的安定也就牢牢抓在皇帝手中。秦始皇采纳了李斯的建议，在全国设立了36郡，郡下设县。郡的长官是郡守，县的长官有两个名称，一是县令，一是县长。县以下依次是乡、亭、里、什、伍，这是一种准军事化的管理体制。基层老百姓们以5家为一个基层单位，由伍长负责；什则由10家组成，由什长负责。
为了使国家更快、更稳地发展，秦朝首先严格管理官吏，秦始皇制定了一套严明的法令，专门治理官吏。法令极其严厉，使得所有官员都遵纪守法，办事效率极高。同时，秦朝也给这些官吏很高的权力、地位，以束为师。
秦始皇在全国范围内设置的这套帝制机构，好像一张庞大的权力之网，从中央到地方，从郡到县，到乡、亭、里、什、伍，层层控制，整个权力集中到中央，再通过中央集中到皇帝一人手中。所有的大臣和郡县长官，都由皇帝一人任免。秦朝的这套政治制度，在我国古代政治制度中是空前专制的。在中国秦朝以后两千多年的封建社会中，基本上都沿用了这一套制度。这一制度对巩固中华民族的统一，促进社会经济的发展和文化事业的繁荣，都起到了十分重要的作用。
因秦朝刚刚建立，各方面的发展都还不够完善。国家要统一，经济要繁荣，民族要团结，除了有一套帝制机构之外，还必须建立各种统一的制度。长达几百年的封建割据使得全国混乱不堪，要在全国各地建立起一套完整的政治、经济、文化等制度，就显得更为重要了。
在制定完整而统一的规章制度之前，秦朝政局非常混乱。为此，秦朝首先是颁行统一的法律。商鞅变法时，采用魏国李悝所著的《法经》作为秦国新法律的蓝本。李悝的《法经》共分六篇：盗法、贼法、囚法、捕法、杂法、具法。商鞅在此基础上又增加了什、伍连坐法，又把法改变为律。秦始皇统一六国后，把秦律颁布全国执行，结束了战国时代各国法律条文不一致的状况。秦律具有苛刻严明的特征，对治吏尤为重视，大量律条是针对官吏制定，官吏犯过，刑罚必加，绝不宽恕。李斯当时向秦始皇建议：今天下已定，法令出一。在此之前的各国法律制度，都有很大不同。秦始皇就把秦的法律颁布全国，令全国各个郡县统一执行。所以，秦朝吏治清明，官吏不敢贪污受贿，也不敢玩忽职守，办事效率极高。
秦朝统一之初，各国货币形制基本上都不相同，而且计量单位也不统一。为了统一货币制，秦始皇立即下令废除六国旧货币，制定新的统一货币。新制定的货币分为两种：黄金为上币，以镒为单位；圆钱为下币，以半两为单位。新的货币制度的制定，给当时秦朝的商品交换提供了很大的方便。
度量衡制度也是秦朝需要改革、统一的一项制度。原来各国的度量衡制度不仅大小、长短、轻重不同，单位、进制也不同。以量来说，秦国以升、斗、斛为单位，魏国以半斗、斗、钟为单位，齐国以铆、釜、钟为单位。公元前221年，秦始皇向全国颁行新的、统一的度量衡制度，规定度为寸、尺、丈、引；量为斛、斗、升、合、仑；衡为铢、两、斤、钧、石。
车轨大小、交通要道的宽窄也需要统一。秦始皇下令，全国统一车轨，大车的两轮之间皆宽六尺，所有不符合这些规定的车辆一律禁止使用，史称车同轨。这一措施对交通运输业起到了积极的促进作用。
语言是一个国家发展的交流工具。由于秦朝统一之前，各国各自为政，都有自己的语言、文字，《说文解字·叙》中记载：言语异声、文字异形。这种文字不统一的局面严重影响了秦朝的发展。为此，秦始皇命丞相主持文字改革工作，下令须书同文字。李斯废除了各国的异体字，统一了偏旁的形态，固定了偏旁的位置，规定了字体的笔数，全国一律使用笔画简单、书写方便、易于读认的小篆，又叫秦篆，就这样第一次规范了汉字。
为了推广统一的文字，李斯写了《仓颉篇》，赵高写了《爰历篇》，胡毋敬写了《博学篇》，都用小篆字体，共有3300个字，作为范本，向全国推行。
秦始皇开创的帝制机构和建立的各种统一制度，使得中国在两千多年前成为世界上疆域最大、文化最发达的统一的多民族国家。在此之后的相当长一段时期，中国封建社会的经济、科学、文化迅速发展，并居于世界前列。