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嬴政继承秦国王位后，相国吕不韦的权势随之进一步扩大，并且取得作为国君长者的“仲父”尊号，家仆上万，财力雄厚，成为秦国首屈一指的大富翁和权臣。同时，为了扩大自己的影响，吕不韦召集门客三千，让他们著书，最后编写成了著名的《吕氏春秋》，内容包罗天地万物、古今之事，目的是压倒诸子百家之说。
赵太后在嫁给子楚之前与吕不韦就有一段不可告人的情缘，现在虽然地位尊贵，但子楚已死，所以两人便旧情复发，时常私通。此时，嬴政已经长大，渐知人事。吕不韦因害怕隐私暴露，引来杀身之祸，就为自己找了替身嫪毐假充宦官，进入太后宫中，侍奉太后，深得太后宠爱，朝中政务悉由其决断。嫪毐拥有门客1000余人，家仆上千人。另外，他与朝中官员互相结交，把不少重要官员网罗其下，成为秦国仅次于吕不韦的又一股政治势力。这样，嬴政的身边有了两个对他政权构成威胁的人，一个是吕不韦，一个就是嫪毐。少年嬴政虽然年幼，但聪颖过人，对吕党、后党的所作所为也有耳闻，但他颇有城府，喜怒不形于色。表面上看来，嬴政对吕党、后党置若罔闻，其实时刻在关注他们的活动并伺机铲除他们。
公元前238年，嬴政年满21岁。按秦国制度，国君满22岁就要加冠亲政。可吕不韦、嫪毐两人分别向嬴政弄权示威。严峻的考验第一次摆在了嬴政面前。面对吕党和后党两大集团的嚣张气焰，胸怀大志的嬴政在挑衅面前不动声色，在加强对吕党、后党监视的同时积极准备应对异常事件。成竹在胸的嬴政佯装若无其事地按计划举行了加冠礼。然而嫪毐早已蓄谋暴乱，要杀掉嬴政，结果被早有防备的嬴政活捉，处以车裂酷刑，诛灭三族。他的同党被诛杀的有20多人，牵连的多达4000多家。赵太后和嫪毐生的两个私生子也被杀，赵太后被软禁。后来，经过齐人茅焦的劝说，嬴政才亲自把母亲赵太后接回咸阳。
同时，嬴政早已深感吕氏集团对秦国君权的巨大威胁，打算乘嫪毐案件诛杀吕不韦，一并清除吕氏集团。但是吕不韦辅佐先王继位的卓著功勋众所周知，并在秦国已经培养了一股强硬的势力，如果操之过急，可能坏事，因而秦王暂时没有动吕不韦。
除掉嫪毐的第二年，嬴政就免掉了吕不韦的相国之职，将其赶出咸阳。吕不韦被迫回到自己的封地洛阳。两年后，嬴政为了避免吕不韦和其他六国串通作乱，派人给吕不韦送去绝命书，信曰：“汝对秦有何之功，却能封土洛阳，食邑十万？汝与秦有何亲缘，却得到仲父之称？汝快滚至西蜀！”吕不韦知道自己难免一死，干脆服毒自尽了。
在铲除吕党、后党之后，嬴政在继承王位的第八年，即公元前238年开始亲政。
在彻底铲除对自己权力的威胁之后，嬴政开始了统一六国的事业。在嬴政手下，有一批很有才干的文臣武将，文臣有谋士李斯和尉缭，武将则有蒙恬、蒙武、王翦和王贲。
在战国七雄中，秦国军力较强。到嬴政继承王位时，秦国无论在经济力量上，军事力量上还是地理形势上，都具备了统一六国的条件。为了加快统一步伐，他在清除国内敌对势力的同时，发扬先王雄风，礼贤下士，网罗人才，重新收纳文武骨干20余人。嬴政继承了自秦孝公以来变法革新、奖励耕战的一系列政策。在战略上，他继续奉行先王远交近攻的战略，同时又采用了新的策略，即间谍活动。嬴政采纳李斯等人的策略，重金收买关东六国权臣，离间其君臣关系。
秦王嬴政统一六国的战略步骤可以概括为三个方面：一是笼络燕齐；二是稳住楚魏；三是先消灭韩赵，再统一全国。在这种战略方针的指导下，一场统一战争开始了。
公元前236年，秦王嬴政乘赵攻燕、国内空虚之际，分兵两路大举攻赵，拉开了统一战争的帷幕。虽然秦国经过数年连续攻赵，极大地削弱了赵国实力，但仍然一时无力灭亡赵国。于是秦国转攻韩国，公元前231年，攻下韩国南阳，次年，秦内史滕率军北上，攻占韩国都城阳翟（今河南禹州市），俘虏韩王安，在韩地设置颍川郡，韩国灭亡。
公元前229年，秦王嬴政起兵大举攻赵，名将王翦率军由上党（今山西长治市）出井陉（今河北井陉县），端和由河内进攻赵都邯郸。赵国派大将李牧迎战，双方屡有胜负，陷入僵局，相持一年之久。后来，秦军使用反间计，让多疑的赵王撤换了统帅李牧。由于临阵易将，赵军士气受挫，失去了相持能力。公元前228年，王翦向赵国发起总攻，秦军很快攻占了邯郸，俘虏赵王迁，赵国灭亡。
在攻赵的同时，秦兵临燕境。燕国无力抵抗，太子丹企图以刺杀秦王的办法挽回败局。公元前227年，燕丹派荆轲以进献燕国地图为名，谋刺秦王嬴政，结果阴谋暴露，被秦国处死。秦王嬴政以此为借口，派王翦率兵攻打燕国，秦军在易水（今河北易县境内）大败燕军。次年10月，王翦攻陷燕国都蓟（今北京市），燕王喜与太子丹率残部逃到辽东（今辽宁辽阳市），苟延残喘，燕国名存实亡。
秦王嬴政的大军灭掉韩赵、重创燕国以后，北方大部分地区已为秦有，只有地处中原的魏国，孤立无援。公元前225年，秦将王贲率军出关中，东进攻魏，迅速包围魏都大梁（今河南开封市）。秦军引黄河、鸿沟水灌城，攻陷大梁，魏王假投降，魏国灭亡。
在秦军攻取燕都之后，秦国就把进攻目标转向楚国。公元前226年，秦王嬴政问诸将攻楚需要多少兵力，老将王翦认为楚国地广兵强，必须有60万军队才能伐楚，而李信则说只用20万军队就能攻下楚国。秦王以为王翦因年老怯战，没有听取他的意见，派李信和蒙武率军20万攻打楚国。公元前225年秦军南下攻楚，楚将项燕率军抵抗。秦军开始进军顺利，在平舆（今河南汝南县东南）和寝（今河南沈丘县东南）击败楚军，进兵到城父（今河南宝丰县东）。项燕率军反击，大败秦军李信部，李信败逃回国。公元前224年，秦王嬴政亲自向王翦赔礼，命他率60万大军再次伐楚，双方在陈（今河南淮阳县）相遇。王翦按兵不动，以逸待劳，楚军屡次挑战，秦军不与交战，项燕只好率兵东归。王翦趁楚军退兵之机，挥师追击，在蕲（今安徽宿州市）大败楚军，杀死楚将项燕。次年，秦军乘胜进兵，俘虏楚王负刍，攻占楚都郢（今湖北荆州市），设置郢郡，楚国灭亡。
五国灭亡后，只剩下东方的齐国和燕、赵的一些残余势力。公元前222年，秦将王贲率军歼灭了辽东燕军，俘虏燕王喜，回师途中又在代北（今山西代县）俘获赵国余部，然后由燕地乘虚直逼齐国。齐王建慌忙在西线集结军队，准备抵抗。公元前221年，秦军避开两线齐军主力，从北面直插齐国都城临淄（今山东淄博市）。在秦国大兵压境的形势下，齐王建不战而降，齐国灭亡。至此，秦王嬴政用了10年时间消灭了战国六雄，从此华夏重归一统。
在统一六国的战争中，秦国在战争中的战略、战术运用得恰到好处。在战略方面，秦王嬴政在位时期，继承历代秦王发展农业和军队的政策，国力富强，有足够的人力、物力供应战争，在战略上处于进攻态势，势如破竹，摧枯拉朽，相继灭掉诸国。在战术上，秦国执行了由近及远、先弱后强的方针，首先灭掉了毗邻的弱国韩、赵，然后从中央突破，攻燕灭魏，解除了北方的后顾之忧，最后消灭两翼的强敌齐、楚。这种战术运用是符合实际情况的。在具体战役中，秦国运用策略正确，如在灭韩、赵的战争中，根据具体情况，而不是完全机械地按先取韩以恐他国的既定方针，而是机动灵活——赵有机可乘则先攻赵，韩可攻则灭韩，灭楚战役是在检讨了攻楚失策后，根据秦国实力集中优势兵力攻楚而取胜的；攻打齐国则是避实就虚，出奇制胜。