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袁崇焕杀毛文龙造成如下几个恶果：
第一，开官员将领自行其是，破坏国家法制之先河。
无论毛文龙有没有罪，该不该杀，都应该由国家来决定，由中央政府来决定，而并非他袁崇焕一个人来决定。这点是相当重要的。保持中央的权威性，这是必须的。否则势必造成各个地方官员，各个边镇将帅，自行其是，在重大决策上擅自主张。结果是客观上形成割据分裂局面，上下一盘散沙，力量无法协调统一，甚至互相内讧窝里斗。后果不堪设想。由中央来决定一些重大问题，表面上可能暂时带来效率的损失，但从长远来看，却是唯一正确的道路，甚至是决定一个政权，一个国家生死存亡命运前途的问题。
宋朝明朝好不容易解决了唐朝军阀割据，地方分裂的局面，明朝更在宋朝的基础上完善体制，严密化了国家制度。而袁崇焕却利用皇帝对他的信任，从根本上破坏国家制度，这样的行为确实是相当恶劣。一旦这个头一开，这个先例一开，既然袁崇焕可以这么做，那么以后类似级别，类似地位的官员将领是不是也可以这么做？（事实上，后来南明政权确实类似事件不断发生）如果大家都来这么一套，看某个官员某个将领不顺眼了，就自己罗织罪名，把他杀了，那么这个政府还怎么维持下去？
袁崇焕手中是有尚方宝剑，但毛文龙手中也有尚方宝剑，如果袁崇焕认为自己有权力杀毛文龙，但毛文龙是不是也可以同样认为自己可以杀袁崇焕？而且尚方宝剑是派什么用的？尚方宝剑的作用是当军情紧急，需要马上处理，如果上报朝廷，上报皇帝，延误军机，这个时候才是需要用尚方宝剑。而不是在明明有充分的时间奏报朝廷的情况下，为了避开朝廷的管理，而自己去滥杀一个看不顺眼的官员将领。然后再去逼着政府去认可这个既成事实。
设想如果在现代社会，一个军区司令未经政府同意，就擅自罗织罪名把一个高级政府官员或者一支军队高级干部枪毙了，这是什么后果？这样的行为会得到什么处罚？不要说是在中国，就是在任何其他的西方国家，这样的做法导致的结果都是相当恶劣的。
第二，造成了皇帝和大臣们之间彼此的不信任。
要知道崇祯刚开始任命袁崇焕的时候，是给予了他最大限度的信任。几乎到了袁崇焕要什么就给什么，袁崇焕说什么就是什么的地步。袁崇焕说五年可以平辽，那好，就相信五年可以平辽；袁崇焕说要撤销辽东巡抚的建制，那好，就撤销辽东巡抚的建制，说要撤销登莱巡抚的建制，那就撤销登莱巡抚的建制；此外要银子给银子，要粮饷给粮饷，要信任就给信任。公道地说一句，崇祯是尽了最大的努力去给袁崇焕所要求的一切。
然而在袁崇焕方面呢？他是连一个基本的信任都不肯给皇帝。他真要杀毛文龙，那也可以。但既然皇帝这么信任你，你总应该把毛文龙为什么要杀，把非杀不可的理由开诚布公地告诉崇祯吧，如果说得合理，崇祯未必没有同意他的可能。然而袁崇焕不，他似乎认为信任只是单方面，只要皇帝信任他就可以了，他用不着去信任皇帝。他大概知道，如果他告诉崇祯，崇祯是不会让他去杀毛文龙的，于是一切都是瞒着崇祯进行的。等到把人都杀了，然后再来告诉皇帝，逼皇帝承认已经发生的事实。
这样的做法实在令人齿冷。即便是平常普通的朋友之间，信任也从来不可能是单方面的，都是必须是双向的，否则这种信任关系是根本无法建立起来，纵然建立起来，也根本无法维持下去。然而到了袁崇焕那里，却成了只有崇祯信任他，而他却对崇祯基本没有的信任，自己想要做什么事情都要瞒着崇祯。再看看他信誓旦旦地要崇祯对他如何如何信任的话，那不是成了笑话，成了愚弄人吗？你自己都不信任崇祯，又让崇祯怎么来信任你？疑忌一开，万事皆去。袁崇焕连这种基本的道理都不明白，还有何话可说？
由此造成的恶果是，崇祯很难再保持对大臣的信任了。如果连袁崇焕这样一向以品德高尚著称的人，都这么口是心非，说一套做一套，都这么喜欢欺瞒他，那他等而下之的，又谈什么信任呢？在国家危急的关头，皇帝和大臣之间缺乏基本的信任，就很难同舟共济，很难把事情办好了。
这个问题崇祯是没有责任的，他只是一个十七岁的忧国爱民的少年，把国家兴亡的重担挑在了自己肩上，现在十七岁的还是孩子呢，可能还在打游戏吧。崇祯付出了自己的信任，得到的却是愚弄和欺骗，心情可想而知。这个责任显然应该是袁崇焕来负担。
将领与将领之间，将领与官员之间，以及底层武将士兵和上层官员之间的不信任。过去明朝的文官之间也内斗，但无论内斗激烈到什么样的程度，最后矛盾解决还是依靠中央朝廷的法令，杀谁贬谁都是通过政府来决定的。可是袁崇焕倒好，自说自话就把一个于国家有功，镇守要害位置的将帅不动声色给杀掉了。他让那些不隶属于他的将领怎么想，让那些原本在毛文龙手下镇守皮岛的将领们怎么想？让底下的士兵怎么想？知道的说袁崇焕本心是为了国家，不知道的就只能认为他是在诛杀异己了。如果明朝内部官员和将领之间相处，都要这么提心吊胆，都要随时提防以免一不小心就被自己同僚或上司给杀掉，那还怎么抵御外敌，还怎么齐心协力？
以后南明好几次功败垂成，实际上都是自己人和自己人在互相内讧。本来集中在中央层面的争斗就直接向地方上，向军队扩散，造成各地方，各支军队之间互相勾心斗角，争斗势力，争夺地盘，甚至自相残杀。大部分的力量都消耗在内斗中，反而让清朝渔翁得利，火中取栗。可以说袁崇焕开的这个极为恶劣的头，难辞其咎。不把主要精力放在对付外敌，反倒一上任就急着杀自己人毛文龙，只能说是恶劣到无以复加的做法。
我们常说团结一切可以团结的力量，而袁崇焕的做法则是把本来就是自己一边的力量也要打击瓦解，推向对立面，真是愚之至极。
第三，不惜人才，赏罚不明。
毛文龙无论从什么角度上说都是个不可多得的人才。不要说他未必有袁崇焕给他罗织的那些罪名，即便这些罪名真的落实，在当时的非常情况下，这样的人才也绝对是不能杀的。不要说毛文龙本身就是一支打击后金的重要力量，就算他本来是站在后金那边的，只要有机会有可能，这样的人才也绝对应该争取过来。当年如曹操如刘邦等是怎么用人的？千军易得，一将难求。不要以为人才多得很，杀了一个，就可以有第二个。有些人就是无法替代的，杀了一个，就绝对找不出第二个来。而毛文龙正是这样一个无法替代的人。袁崇焕昏聩就昏聩在，他似乎认为毛文龙这样的人没有多大的本事，之所以占据皮岛，不过是出于侥幸，杀了就杀了，随便找个人代替就行了。按照这样的想法去杀人，用人，只能是自取其祸。
其次抛开这点不说。毛文龙于明朝绝对是有大功的。可以说皮岛之所以能有当时的局面，完全是毛文龙一手开发出来的。当初毛文龙仅仅率领着二百人，几乎完全凭借自己的谋略和胆识才在后金分裂分子的后方开辟出这样一个战略要害的据点。这样的大功劳，任凭用什么理由都无法抹杀。就算毛文龙真有袁崇焕给罗织的那些罪名，仅仅凭着这样的功劳，将功抵罪也是足够了。然而袁崇焕说把他杀就把他杀了。那些和毛文龙一起在辽东浴血拼杀，开拓出这样局面的将士怎么想，那些被毛文龙救到岛上的辽东百姓究竟怎么想？能不寒心么？尽管袁崇焕在杀了毛文龙之后，还举行了祭礼，还惺惺作态地说“昨斩尔，朝廷大法；今祭尔，僚友私情。”。但这样的把戏只能骗骗小孩而已。效果只是适得其反，因为虚伪做作，更增加毛文龙部下的厌恶反感的程度。所谓的朝廷大法，是哪个朝廷大法？难道是朝廷让你袁崇焕来杀毛文龙的吗？至于说“僚友私情”，他和毛文龙之间又有什么“僚友私情”可言？祭奠出于真情，或者还能感人，如果全然虚伪，那无疑是让那些原先隶属毛文龙的部下心中更加愤怒。后来叛乱的原毛文龙部下孔有德等人写信给明军将领黄龙的时候就表达了他们对毛文龙有功反被杀害的真实看法“南朝君昏臣奸残害忠良毛帅既忠且勇尚遭屠戮”。这里的孔有德所谓的君昏实在是冤枉了崇祯，而这个奸奸恐怕就要落实在袁崇焕头上了。
事实上在清朝初期三个封王的大汉奸孔有德、耿仲明，尚可喜都是原先属于毛文龙的部下。他们在充当清朝的忠实走狗，侵略中国的过程中都起到独当一面作用的。虽然这三个大汉奸，坏事做尽，狗彘不若，但他们统兵打仗的能力是不容否认的，在后来清朝侵占中国南方的战争，这三个人起的作用是相当巨大的。仅仅是毛文龙的三个部下，仅仅是区区的几个小岛上，就出了清朝的三个王，毛文龙本人的才干能力就更可想而知。汉奸也不是天生的，如果毛文龙不死，这些人都没有理由去投靠清朝（事实上他们当中不少人的亲人都死于后金的屠刀之下）。仅仅从这点袁崇焕杀毛文龙造成的后果之恶劣就可见一斑。有种观点认为，如果袁崇焕不死的话，这些原毛文龙部下是不会投降清朝的。但这种说法恐怕令人难以置信，袁崇焕本人是杀掉毛文龙的罪魁祸首，而毛文龙部下集体投清的一个重要原因就是毛文龙无辜被杀，如果袁崇焕不死，他真能节制住这些人吗？恐怕连袁崇焕自己都没有这个信心。
第四，开了滥杀官员将领的风气。
如果袁崇焕真的认为毛文龙有罪过，于国家有害，非杀不可。至少也不应如此草率行事，毕竟是一条人命，当慎重。首先应奏明皇帝，诉说自己认为毛文龙当杀的理由，其次应该给予毛文龙机会。如果在以后和后金分裂分子的作战中，毛文龙确实妨害战局，大家有目共睹，皇帝也认识到这点，这时候处置毛文龙可谓名正言顺。
然而袁崇焕却似乎一点等不得，似乎已经把毛文龙等同于敌人对待，非要心狠手辣，眼疾手快除掉才称心如意。结果他是害人害己。他如此心狠手辣地处置毛文龙，是开了一个恶劣的头，最后反噬自己。皇帝此时不过是个十八岁的少年，各方面都还不成熟，心性未定。袁崇焕的做法若说在潜意识里没有造成对皇帝的影响，那几乎是不太可能的。以后的情形就往往是将领官员一有过错，就有生命危险，这样的风气下，人人自危，不敢任事，事情就难办了。
拿袁崇焕的做法和万历皇帝比起来，就可以看出差距。万历的做法是，第一，决不轻易听信人言。一切靠实践来检验。万历三大征好几次一开始神宗起用的那些人都受到诟病非议，弹劾不断，但他并不因此就轻易调换，而是仍旧给这些人机会。当实战表明，这些人确实不行，导致情势被动，甚至战败，万历仍旧不调换，而是做两件事情，一是指出这些人所犯的错误，进行严厉谴责，第二继续给这些人改正的机会，并且设法提供支持，帮助他们扭转形势。如果给了这些人机会，这些人还是不行，那就雷厉风行，毫不犹豫地果断换人。
万历做法，表面看，似乎效率不够高。明明已经有许多人说这个人不好了，不能用了，你为什么还坚持用他？明明这个人已经犯了错误了，为什么还不马上惩罚他，撤换他？但实际上只有按照万历的做法，才能实现不冤枉浪费一个有用人才，也不放过一个无能庸劣之辈，最大限度给每个人以表现和施展的机会，调动所有人的积极性，也决不会因为滥杀而造成人人自危，不敢任事的局面。这才是万历三大征胜利的关键。
光就用人而言，袁崇焕等一大批明朝官员需要向这个被他们鄙视唾骂的皇帝学习的地方还多得很。而按照袁崇焕的做法，仅仅凭借流言，不经过审讯就轻易把一个有大功劳的前方大帅咔嚓点了。即便是他加在毛文龙头上的罪名全部真实，这种做法也是极端恶劣愚蠢的。这无疑打开了滥杀的大门，这个门一开，形成习惯，那最后他自己也只能被卷进去。