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天启也好，崇祯也好，都不是傻瓜，纵然他们做不到对毛文龙的全力支持，但要他们满足某些文官弹劾的要求，真的破坏长城除掉毛文龙，这样的事情，他们也是绝不会做的。
而对那些对毛文龙早存偏见的人来说，通过皇帝许可，通过官方合法途径来除掉毛文龙是行不通了。明的不行，那就来暗的，总而言之他们已经把毛文龙看成了必欲除之后快的对象，仿佛只要把毛文龙除掉，天下就可以太平了，后金叛乱分子就可以自动被消灭了。正是在这样的情形下，袁崇焕就应运而生，他成了所有这些要杀掉毛文龙的人当中最积极最活跃的一个人，成了一个急先锋。
毛文龙对当时的险恶情形并非懵懂无觉，茫然不知，事实上他看得很清楚。在他对崇祯皇帝的上疏中有这么一段感慨系之的话“诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私愤，操戈矛于同室”。这段话似乎就是对将要发生的情形的真实刻画，“将江山而快私愤，操戈矛于同室”这句话包含了多少悲愤又有多少无奈呢？
毛文龙又说“一介末弁，孤处天涯，曲直生死唯命是从，岂敢哓哓取憎？实是文臣误国非臣误国”。
然而对袁崇焕而言则是已经非杀毛文龙不可，似乎不杀毛文龙就不足以实现他的平辽大计了（事实证明，他杀了毛文龙，实现的只是后金政权的平辽大计，杀了毛文龙等于把他自己也一并杀了，从此清朝在辽东再无后顾之忧。）。
根据《晚明史》记载，早在崇祯元年，袁崇焕刚进京的时候，就已经下定决心要杀毛文龙了。“袁督师要杀毛帅，此事计议已久。据他日后说，崇祯元年进京时，与朝中大臣谈及毛文龙，他明确表示要‘徐图之’——慢慢收拾他，内阁辅臣钱龙锡为此事再三斟酌，亲自到袁崇焕寓所商议。钱龙锡问及辽东事宜，袁崇焕回答：‘当先从东江坐起。’钱龙锡不解地问：‘舍实地而问海道，何也？且毛帅未必可得力。’袁崇焕解释道：‘可用则用之，不可用则杀之。’他还对钱龙锡说‘入其军，斩其帅，如古人着手，臣饶为也。’把他还未出关就要置毛文龙于死地的决心流露无遗。毛文龙的命运就这样决定了。”
意味深长的是袁崇焕在见崇祯皇帝的时候，以及后来他在给崇祯皇帝的上疏中说过这样的话“以臣之力，制全辽有余，调众口不足。一出国门，便成万里，忌能妒功，夫岂无人。即不以权力掣臣肘，亦能以意见乱臣谋。”，还有“驭边臣与廷臣异，军中可惊可疑者殊多，但当论成败之大局，不必摘一言一行之微瑕。事任既重，为怨实多，诸有利于封疆者，皆不利于此身者也。况图敌之急，敌亦从而间之，是以为边臣甚难。陛下爱臣知臣，臣何必过疑惧，但中有所危，不敢不告。”
袁崇焕说这些话是要求崇祯信任自己，不要为流言所动，不要中了敌人的反间计。然而他似乎没有想过，毛文龙也正是一个不折不扣的边臣。他说的这些话也完全可以适用在毛文龙身上。“驭边臣与廷臣异，军中可惊可疑者殊多，但当论成败之大局，不必摘一言一行之微瑕。事任既重，为怨实多，诸有利于封疆者，皆不利于此身者也。况图敌之急，敌亦从而间之，是以为边臣甚难。”这些话似乎完完全全就是对毛文龙说的。袁崇焕从一进京就认为毛文龙该杀，不知道他所认为的那些毛文龙当杀的罪状究竟是哪里来的？是他自己目睹的吗？显然不可能。也不过是他道听途说，从别人那里听来的而已。仅仅凭借这些道听途说的流言，他就认定毛文龙当杀，可谓昏聩已极。
道理袁崇焕都是知道了，然而到了要他具体实践这些道理去对待别人的时候，他就做不到了，结果反而陷自己于死地，真可谓作法自毙。其实袁崇焕之所以不能把他自己向崇祯说的这些道理落实到毛文龙身上（而崇祯皇帝自己倒不用袁崇焕说就能落实这些道理），关键一点是毛文龙的出身本身就受到他的歧视。
熊廷弼也好，孙承宗也好，袁崇焕也好，孙传廷也好，明末四位最杰出的军事统帅人才都是进士出身（这也充分说明所谓的八股文禁锢人的智慧不过是一派胡言。事实上明朝的八股文从来就没有妨碍过个人聪明才智的发挥），然而毛文龙成为辽东独当一面的将帅，却仅仅是从军队底层升迁上来的，仅仅这一点就足够让袁崇焕看不顺眼了。既然心里早存偏见，那么对所有那些关于毛文龙坏的信息相信不疑，好的信息置之不理，也就是顺理成章。
有一些资料说袁崇焕是因为一心同后金方面达成和议，而后金方面和议中的一个条件就是要袁崇焕杀掉毛文龙，所以才有袁崇焕杀毛文龙事件的发生，这种说法当不可信，袁崇焕绝对不至于愚到这个地步。
另一种更有说服力的观点是袁崇焕之所以杀毛文龙是因为收到皮岛内部后金奸细的告密，诬陷毛文龙要投降后金，这才导致袁崇焕起了杀心。这种观点有文献支持，根据一篇网上文章的陈述“毛文龙生前即与皇太极有过多封书信来往，其中有一部分至今仍有残档留存，另一部分也被记录在当时的满文档案中，即今天的《满文老档》。从这些信件看来，前面几封是单纯的谈和，后面几封言语暧昧，有投降的嫌疑，许多人至今为止争论不休。不过在满文老档中最后有一封信件，一直被误归于毛文龙名下，但其中有‘毛总兵官在彼欲降之心，半真半假……以我观之，汗心犹豫而狐疑，又谓毛总兵官放恣，初无定心，后被牵累，事不易结等语。遂以毛总兵官蓄意叛逆，即密告袁都司杀之。我以平叛有功，升为副将职。’的句子，明显可以看出写信之人并不是毛文龙。相反，他是在毛文龙被袁崇焕杀死之后写这封信的，并自称毛被杀是因为他密告的结果。”
写信人觉得要让毛文龙真心投降后金基本没有指望，所以“干脆以毛文龙蓄意叛逆密告袁崇焕，从而杀了毛文龙。而告发者，即写信人以告叛有功，升为副将。若此信是毛文龙所写，他又怎会向袁崇焕告发自己叛逆？又怎会在自己被杀之后还因为‘告叛有功，升为副将’？”
从这个事实来看袁崇焕之所以杀毛文龙是中了后金叛乱分子的反间计的结果。但我以为这种看法也只能作为参考，并不能认为是袁崇焕杀毛文龙的主要理由，充其量只能算作一个催化因素，而非决定因素。杀毛文龙最主要的原因还是在袁崇焕自己那里，事实也正如前面所说，他是早在崇祯元年，刚进京的时候就已经有了除掉毛文龙的打算，这显然是不能用中反间计来解释的。更何况袁崇焕自己一再要皇帝提防放间计，他自己又怎么会愚蠢到收到一封告密信就当真？
无论原因是什么，总而言之袁崇焕是下定了杀毛文龙的决心。就这样到了崇祯二年六月五日，袁崇焕乘在双岛与毛文龙会见的时候，罗织了毛文龙十二条所谓的大罪，将其处斩。这十二条罪状大部分都是刻意罗织构陷，有许多属于“军中可惊可疑者殊多，但当论成败之大局，不必摘一言一行之微瑕”性质，完全没有理由加以谴责的。而且也谈不上核实，几乎全是凭袁崇焕一人说了算。
可笑的是他给毛文龙安上的罪名中，一条是饷银索取过多，侵盗军粮。而实际上他杀了毛文龙，要的饷银比毛文龙在时还要多，“崇焕虽诛文龙，虑其部下为变，增饷银至十八万。然岛弁失主帅，心渐携，益不可用，其后致有叛去者。崇焕言：‘东江一镇，牵制所必资。今定两协，马军十营，步军五，岁饷银四十二万，米十三万六千。’帝颇以兵减饷增为疑，以崇焕故，特如其请。”
至于其他按在毛文龙头上的那些罪名，什么开马市，窃人参都可以当笑话来看。还有一些则根本属于凭空捏造的不经之词。
可以说袁崇焕杀毛文龙，是他无法洗脱的一个污点，是头脑昏聩已极的表现，是自毁长城，同室操戈，自相残杀的恶劣行径，无论用什么样的理由，都无法为他的这个行为开脱，从杀毛文龙的这一刻起，他自己的命运就已经注定了。明代遗名历史学者谈迁在《国榷》中说“袁氏杀岛帅适所以自杀也。”另一位明末大学者张岱也讥讽袁崇焕“大言不惭，而终日梦梦，堕幕士云雾中，而不知其着魅着魇也。五年灭寇，寇不能灭而自灭之。”