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与此相类似的制度是防止母后引用家人干政。后妃选自良家，但多非出自有声望的巨家大族。以万历的外祖家族为例，李伟家境贫寒，直到女儿被封为皇妃，他才得到了伯爵的封号。但所谓伯爵，不过是军队中的一个名誉军官，除了朝廷举行各项礼仪时位居前列以外，并没有任何特殊的权利，而且俸给甚低，甚至不敷家用。李伟在京城中大做揽纳物资于仓库的经纪，原因之一即在于此。他还有一个儿子，即慈圣太后的弟弟，身份却是宦官。
本朝在开国之初曾经设立过丞相的职位，但前后三人都为太祖洪武皇帝所杀，并下令从此不再设置，以后有敢于建议复设丞相者，全家处死。经过一个时期，内阁大学士在某种程度上就行使了丞相的职权。但从制度上来说，这种做法实有暧昧不明之处。
大学士原来属于文学侍从之臣。由于殿试时文理出众，名列前茅，就可以进入翰林院，给予博览群书的深造机会。翰林几经升转，其中最突出的人物就可以被任命为大学士，供职于文渊阁，其职责为替皇帝撰拟诏诰，润色御批公文的词句。由于文渊阁是皇帝的文书机构，和皇帝最为接近，在不设丞相的情况下，这个机构的职权就由于处理政事的需要而越来越大，大学士一职也变成了皇帝的秘书而兼顾问，虽然他们并不负有名义上的行政责任。
在万历的祖父嘉靖皇帝以前，内阁大学士为三至六人，皇帝可能对其中的一人咨询较为频繁，但从名义上说，他和另外的几位大学士仍然处于平等的地位。这以后情况发生了变化，张居正名为首辅，或称元辅，其他大学士的任命则出于他的推荐，皇帝在圣旨中也明确规定他们的职责是辅助元辅办事。大学士之中有了主次之分，造成了今后朝臣之间的更加复杂的纠纷局面。
本朝这种以阁臣代行相职的制度，来源于开国之君为了巩固政权而做出的苦心设计，目的是使皇权不被分割，也不致为旁人取代。这种皇帝个人高度集权的制度在有明一代贯彻始终。从理论上讲，皇帝的大权不应旁落，但这种理论并不总是能和实际相一致的。万历皇帝九岁临朝，又如何能指望他干纲独断，对国家大事亲自来做出决定多年之后，万历皇帝回顾当时的情形，也会清楚地记得他不过是把大伴冯保的指示告诉元辅张先生，又把元辅张先生的票拟按照大伴冯保的建议写成朱批。
对于年幼的万历皇帝，张、冯两人都不可或缺。但在他冲龄之际，自然也绝不可能预见到内阁大学士和司礼太监的密切合作，会给今后的朝政带来多么严重的后果。
一般人往往以为明代的宦官不过是宫中的普通贱役，干预政治只是由于后期皇帝的昏庸造成的反常现象，这是一种误解。诚然，有不少宦官出自贫家，因为生活困难或秉性无赖而自宫，进入内廷。但如果把所有的宦官统统看成无能之辈，不过以阿谀见宠，因宠弄权，则不符事实。从创业之君洪武皇帝开始，就让宦官参与政治，经常派遣他们作为自己的代表到外国诏谕其国王，派遣宦官到国内各地考察税收的事情也屡见不鲜。中叶以后，宦官作为皇帝的私人秘书已经是不可避免的趋势。皇帝每天需要阅读几十件奏章，这些奏章文字冗长，其中所谈的问题又总是使用儒家的传统观念和语言来加以表达，很不容易弄清其中问题的主次和它的真正含义，更不用说还夹杂了极多的专门名词和人名地名。所以皇帝必须委派五六名司礼监中的太监作为“秉笔太监”，由他们仔细研究各种题本奏本，向自己作扼要的口头汇报。秉笔太监阅读研究这些奏章需要付出很大的耐心和花费很多的时间，他们轮流值班，有时要看到夜半，才能第二天在御前对奏章的内容作出准确的解释。经过他们的解释，皇帝对大多数的奏章就只需抽看其中的重要段落、注意人名地名就足够了。皇帝阅读过的奏章，通常都要送到文渊阁由内阁大学士票拟批答。从道理上说，皇帝可以把大学士的票拟全部推翻而自拟批答。但这并不是常见的现象，因为这种做法表示了他对大学士的不信任，后者在众目睽睽之下会被迫辞职。按本朝的传统原则，为了保持政局的稳定，如果没有特殊事故，大学士决不轻易撤调，所以上述情况是必须尽量加以避免的。一个精明的皇帝能够做到让大学士的票拟永远体现自己的意图而不发生争执，这种微妙的关系又少不了秉笔太监的从中协调。