下载掌阅APP，畅读海量书库
立即打开
徐阶升任内阁首辅，在直庐朝房 （内阁办公室） 的墙壁上挂了条幅，写了三句话：
以威福还主上
以政务还诸司
以用舍刑赏还公论
这是他的施政纲领，宣示拨乱反正的决心，竭力把紊乱的朝政引入正轨。把威权和福祉归还皇帝，把政务归还政府各部门，把官员的任免和奖惩归还公众舆论。意图是很明显的，向朝廷上下表明，决不成为严嵩第二，一定要反其道而行之，改变严氏父子专擅朝政的局面。同时代人唐鹤徵对此给予高度评价：“ （徐） 阶尽反 （严） 嵩政，务收人心，用物望严杜筐篚，天下翕然想望风采。”唐鹤徵从几个方面来论证他的观点。
其一，徐阶与严嵩共事，下级官员馈赠贿赂，虽然没有严嵩那么多，数量也不少，他都照单全收。他向别人解释其中原委：如果拒绝，恐怕以自己的高洁反衬出严嵩的污秽。日子一长，人们也就不再非议了。
其二，当他成为内阁首辅以后，改变严嵩的专断独裁，邀请内阁次辅袁炜一起办公，共同为皇帝票拟谕旨。皇帝知道了，以为不妥，只须首辅一人票拟即可。徐阶解释道：事情出于众人合议比较公正，而公正是所有美德的基础；独断专行就是自私，而自私会导致百弊丛生。
其三，言官极力抨击勾结严氏父子的大臣，皇帝对此很反感。徐阶委婉地讲明道理，缓解了他的怨气，保护了言官。
其四，皇帝和徐阶谈起人才难得，徐阶侃侃而谈：自古以来常言道，“大奸似忠，大诈似信” （最大的奸佞貌似忠诚，最大的欺诈貌似诚信） ，能够知人善任，便是哲人。因此当皇帝最困难，要想把困难转化为容易，只有广泛听取意见一个途径。广泛听取意见，就等于有人为我化解穷凶极恶，为我揭发隐匿的实情。
可见徐阶对于治国、用人，是很有想法的。但是皇帝依然痴迷于玄修，局面难以改变。正如黄仁宇《万历十五年》所说：“严嵩去职虽已三年，但人们对嘉靖的批评依然是‘心惑’‘苛断’和‘情偏’。然而他对这些意见置若罔闻，明明是为谀臣所蒙蔽，他还自以为圣明如同尧舜。”
嘉靖四十五年 （1566） ，刚直不阿的海瑞，向皇帝上《治安疏》，以无所顾忌的姿态，锋芒毕露的文字，批评皇帝清虚学道，潜心修醮，以至于二十多年不上朝理政，导致纲纪废弛，吏治败坏，民不聊生。“天下因陛下改元之号，而臆之曰：‘嘉靖者，言家家皆尽而无财用也。’”他指出：臣民不对陛下讲真话已经很久了，官员们“愧心馁气以从陛下”，“昧没本心以歌颂陛下”。陛下一意玄修导致“心惑”，过于苛断导致“情偏”。大臣为了俸禄而阿谀奉承，小臣由于畏罪而唯唯诺诺。为此，冒死进谏，希望陛下“幡然悔悟”，洗刷“君道之误”。
如此不留情面的批评，自视甚高的皇帝无法接受，此公自比尧舜，书斋也以“尧”命名。海瑞却说他连汉文帝都不如，气得他浑身发抖，狠狠地把奏疏摔到地上。过了一会儿，又把它捡起来，要看看后面还写些什么。阅毕，勃然震怒，命令身边的太监黄锦：把他抓起来，不要让他跑了！黄锦告诉他：海瑞自知触怒皇上必死无疑，诀别妻子，抬了棺材来上朝，不会逃跑的。还说：看他的为人，刚直有声，为官不取一丝一粟。听了这话，皇帝平静下来，再三阅读奏疏，叹息道：真是忠臣，可以和比干相媲美，但朕并非殷纣王。随即给内阁首辅徐阶写了密谕：“今人心恨不新其政，此物可见也，他说的都是。”一向听不得批评的此公，居然破例承认海瑞“说的都是”。这不过是私底下的坦言，只有一个人知道，为了维护皇帝的威望，他不能承认错误，一定要处死海瑞。
徐阶赞成海瑞对皇帝的批评，这从他不久以后代替皇帝起草的遗诏，可以看得很清楚。如果直白地说出来，局面反而不好收拾。摸透皇帝脾性的徐阶劝解说：海瑞这样的草野小臣，无非是沽名钓誉，陛下如果杀了他，恰恰成就了他，在青史上留下英名。不如留他一命，使他无法沽名钓誉，也显得皇恩浩荡。但是皇帝依然要徐阶拟旨，处死海瑞。徐阶再次直言劝谏：“臣岂敢成陛下杀谏臣之名。”终于打消了皇帝欲杀海瑞的念头。吴履震《五茸志逸》记载此事，有一段生动的文字：“海忠介 （海瑞） 之批鳞也，世庙震怒，绕殿行竟夕，拔面上肉刺都尽。照华亭 （徐阶） 议斩之。华亭请其疏下，迟数日不拟。上督促至再，华亭俯伏泣曰：‘臣岂敢成陛下杀谏臣之名。’上怒始解。”这是徐阶可敬之处，他有“保全善类”的秉性，是一个方面；另一方面是由于他赞成海瑞的政见。
嘉靖四十五年 （1566） 十二月十四日，皇帝朱厚熜逝世，他的遗诏，并非生前口授的，而是徐阶和张居正起草的，反映了徐阶的政见，也反映了海瑞批评皇帝清虚学道的意见。遗诏的基调是让已故皇帝做自我检讨，对痴迷道教的错误有深刻的反省，为那些反对清虚学道而遭到惩处的官员恢复名誉和官职，严厉惩处帮助皇帝玄修的道士，停止一切斋醮活动。这些话，一看便知不是朱厚熜愿意讲的话，而是徐阶假借“遗诏”的名义发布自己的政见。
十二月二十六日，隆庆皇帝朱载垕即位，他的登极诏书，也是由徐阶与张居正起草的，基调和遗诏完全一致，主要倾向依然是拨乱反正：起用反对玄修而遭到惩处的官员，严惩参与玄修的道士，停止斋醮，破格提拔人才，裁减冗员。
嘉靖、隆庆之际的政治交接，徐阶处理得巧妙、妥帖，既拨乱反正，又避免了“改祖宗之法”的非难。徐阶确实配得上“杨廷和再世”的美誉。