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四五年前，曾有人这样批评马云说：“我看不懂你的商业模式，你到底是怎么挣钱，阿里巴巴到底是怎么挣钱？”在人们看来，阿里巴巴的商业模式犹如雾里看花、水中望月般的模糊不清。
与早期的互联网企业不同，阿里巴巴实际在创建之初，就有明确的商业模式——“让天下不再有难做的生意”。处于转型期的中国，中国社会的商业环境存在诸多不如人意之处，帮助在现实环境中受限的中小企业，找到走出困境的途径，成为阿里巴巴肩负的使命。
在第四届网商大会，马云宣称未来阿里巴巴将投入100亿元巨资打造电子商务产业链，“阿里巴巴的目标就是转变为一个综合交易平台，凡是中小企业需要的，我们都会设法满足。我们最终设想阿里巴巴要做到一个‘生态系统’的概念，从金融、技术、物流、信息资源等各方面为网商提供完整的交易环境，而非做到简单的供应链概念。”这个宣言在阿里巴巴上市前夕发出，简洁却说服力十足，也对人们的疑问给出了答案。
出色的赢利模式必须符合三个特点，即赢利的强有力，可持续和可拓展。而阿里巴巴秉承“良好的定位，稳固的结构，优秀的服务”，首先在运营模式上抓基础，然后在实施过程中不断捕捉新出现的机会，包括最基础的替企业架设站点，随后的网站推广，以及对在线贸易资信的辅助服务，交易本身的订单管理，循序渐进，不断延伸。
由于架设企业站点的高度离散性，很少企业把它理解为一项重要业务。而作为一个商业社区站点，阿里巴巴有与许多潜在顾客频繁接触的机会，更重要的是它能顺利地把潜在机会转化为现实收入。每年类似广交会之类的展销会议召开时，阿里巴巴工作人员就会适时进行低成本的推广活动，而实践证明此举能有效收集商业机会。
中小企业极具伸缩性，业务流程和业务规模时刻发生变化，创建之初，或许找软件公司帮助设计一个主页就已足够。但很快有更高的要求，软件公司的能力已远远不能应付，而阿里巴巴则有能力提供从低端到高端所有的站点解决方案，不仅如此，它更大的优势还在于制作商品交易市场型的站点，制作一个外观主页，然后将其链接在自己的分类目录之下，无疑，会极大提高被搜索机会。对企业来说，诱惑力和兴趣可想而知。
企业网站一旦建立，推广就是自然需求。网上推广项目，由邮件广告、旗帜广告、文字链接和模块广告组成。邮件广告是网站每天向企业发送的最新商情特快邮件中插播的广告，而文字链接则直接将广告置于文字链接之中。一直以来，中小企业就存在强烈的营销愿望，但囿于营销费用超过可承受的范围，这一愿望没有很好地转化为现实。
而网站也是一种意义上的媒体，站点推广的收入占阿里巴巴收入的一半有余，也为中小企业带来了希望，所以“中国供应商”和“网上有名”一直为阿里巴巴所推崇，也是它赢利的主要来源之一。中国供应商针对的是出口型的企业，通过阿里巴巴的交易信息平台，为中国企业提供来自国际企业的特别询盘。客户可以委托阿里巴巴做一次性的投资建设公司网站，阿里巴巴帮助企业建立拥有独立域名网站，并且与阿里巴巴链接。截至2003年5月底加盟企业达到近3000家。目前已经有70%的被推荐企业已在网上成交，众多类别市场名额已满。而“网上有名”则针对内销或工厂的出口，主要以买断形式进行。
对企业来说，推广、宣传固然重要，但贸易仍是其安身立命之所在。需要就是市场，阿里巴巴及时推出一项重磅级服务——贸易通，界面与常用的聊天工具QQ相似，使用起来简单方便。贸易通，顾名思义，主要有以下几项功能：和百万商人安全、可靠地进行即时在线沟通、互动；结识、管理自己的商业伙伴，开展一对一的在线营销；强大的商务搜索引擎，将天下商机尽“搜”眼底，服务热线为诚信通会员即时解答网络贸易疑问，方便享受高质量的在线客户服务。
贸易通可以理解为一种订单管理软件，它对阿里巴巴未来的潜在影响最大。众所周知，企业通过表单来管理，表单在企业内部的统一性毋庸置疑，但在企业之间却形式各异，这不但造成了表单理解的难度，也不利于企业做后期的管理。贸易通延伸了企业软件托管的思路，它的出现，解决了所有的问题，企业把表单放置在阿里巴巴这个第三方的服务器上，由它来统一格式、统一管理，无疑可以把企业之间的“误解”消除。而操作中很强的可行性，且可以通过短消息捆绑按次数计费，让这一服务面临的价格敏感性很小，让它倍添对企业的吸引力。
但网络毕竟是虚拟的，而贸易本身必须是真实的。信用分析是企业的日常工作，事实表明，网友们在拍卖网站上的交易并不是每一次都称心如意。根据易趣统计表明，在同通过身份认证但只有少数交易经历的所谓一星级顾客交易中，有6%最终受到投诉。
电子商务提倡的在线贸易，一方面体现了采购行为更充分的竞争性，另一方面企业对网络信息本身也充满质疑。“中国的信用体系比起美国至少有5年的差距，美国的金融体系发展于19世纪中期，然后才是铁路的发展，而中国的整个金融体系与之相比差了几十年，这种差距导致了中国信用体系的缺失。”对此，马云有深刻的认识。
正因为这种信用的缺失，阿里巴巴开始发展诚信通。诚信通是阿里巴巴首创的交互式网上信用管理体系，是一个行之有效的电子商务活档案，它结合传统认证服务与网络实时互动的特点，将建立信用与展示产品相结合，从传统的第三方认证、合作商的反馈与评价、企业在阿里巴巴的活动记录等多方面、多角度、不间断地展现企业在电子商务中的实践和活动。企业在阿里巴巴上任何的一个动作，都会在诚信通留下如实的档案记录，2002年3月阿里巴巴就开始为全球注册会员提供进入诚信商务社区的通行证——“诚信通”服务，并与邓白氏、ACP、华夏、新华信等国际国内著名的企业资信调查机构合作推出电子商务信用服务，帮助企业建立网上诚信档案，通过认证、评价、记录、检索、反馈等信用体系，提高网上交易的效率和成功的机会。诚信通价格便宜，对阿里巴巴而言几乎不存在成本，2007年5月，阿里巴巴又与招商银行合作，用诚信通的记录作为考核企业资质的标准，这一切表明它的运营业绩将异常成功。
如果说诚信通解决了电子商务的信息流问题，那么阿里巴巴基于诚信体系的“在线融资”则意味着另一道网络困局——资金流的破解。2007年，阿里巴巴分别与建设银行、工商银行合作，以中小企业的信用和诚信记录为参考依据，为中小企业提供系列授信评价、信贷服务，共有4家阿里巴巴网商依靠网络诚信记录获得建设银行“e贷通”共计120万元的贷款。而工商银行还将与阿里巴巴共同开发集在线支付和多种信用支持、贸易融资、咨询服务于一体的B2B网上信用支付平台。
不仅如此，“我们在物流方面跟中国邮政、民营运输公司的发展合作也是非常地快速。”马云对现状颇为满意，对前景也颇为乐观。
同时，阿里巴巴越来越多地涉足大型企业的产业链，很多企业的整个运营链开始逐渐迁徙到阿里巴巴的平台上。海尔、格兰仕、NIKE、美特斯邦威、隆鑫等不同行业的龙头企业，都开始与阿里巴巴开展更多的合作。调查资料显示，浙江永康地区70%的当地企业通过阿里巴巴采购和出口，现在已经成为全球最大的滑板车供应地。2007年11月1日，阿里巴巴又宣布与思科集团结成全球战略联盟，共同对中小企业的通讯、网络、软件服务平台进行整合，为此思科承诺在未来三至五年内在中国投入160亿美元。
2007年11月阿里巴巴成功登陆香港股市，手握超过20亿美元的现金储备，阿里巴巴执行总裁卫哲表示，其中60%将被用于收购和发展B2B业务，充沛的现金流将使阿里巴巴将产业链一步步向诚信体系、信息流、资金流、物流方面延伸。