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1912年1月26日，袁世凯利用革命形势，一面威胁南京临时政府，夺取总统职位，一面指使以段祺瑞为首的47名北洋军将领通电要求清廷“立定共和政体”。2月12日，清帝下诏退位。接着孙中山在同盟会右翼和立宪派压力下，于2月13日辞去临时大总统。2月15日，南京临时参议院应孙中山的咨请，选举袁世凯为临时大总统，并请他到南京就职。
国民党人的最初算盘是请袁世凯到南京就职，实行责任内阁制，以便监督袁世凯按临时约法行事。袁世凯指使其亲信曹锟在北京发动兵变，并以此为借口，拒绝南下就职。国民党人在袁世凯威迫下，只得同意袁于3月10日在北京宣誓就职。4月1日，孙中山在南京宣布解除临时大总统职务。为了编遣革命军队，在南京成立“留守府”，由黄兴出任留守。袁世凯窃取辛亥革命成果，骗得总统大权后，即积极扩编北洋军，由清朝末年的新军9个师11万人，巡防营旧军4万人，扩大为新式陆军12个师零16个混成旅，约计22万人，再加上旧巡防营军和张作霖等军，共计30余万人。当时袁控制了除云南、贵州、广西和新疆在外的所有省区，并准备时机成熟时，以武力消灭革命势力。与此同时，同盟会方面却在袁世凯的分化瓦解下，陷于四分五裂。光复会章太炎等多数成员首先分裂出去，联合立宪派成立“统一党”；又捧出黎元洪为党魁，成立“共和党”，后来又合并为进步党，给袁世凯抬轿子，专门与国民党作对。以宋教仁为代表的革命党人为了争夺议会席位和政府名额，也放弃节制资本、平均地权的纲领，将同盟会与统一共和党、国民共进会、共和实进会、国民公党等合并，改组为国民党，吸收了大批官僚政客入党，完全丧失了原有的革命精神。特别是在袁世凯大肆扩编北洋军，准备用武力消灭革命势力之时，担任南京留守的黄兴竟大刀阔斧地遣散各省的民军。东南四省在辛亥革命时成立的25个师，就裁遣了近20个师。黄兴为了防止湖南民军“糜烂”他的家乡，特由驻南京的第八师中抽出赵恒惕旅开回湖南弹压，将湘省民军五个师全部编遣。黎元洪为了逢迎袁世凯，更是裁减革命军的急先锋，除了通电鼓吹裁军外，还身体力行，将湖北民军八个师零两个混成旅裁编为三个师零两个旅。故癸丑战役爆发，国民党人已无可用之兵，不到一个月就失败了。
正当国民党人大批遣散自己的军队，醉心于议会斗争之际，1913年3月20日夜晚10时发生了宋教仁被刺事件。1913年春孙中山去日本后，国民党推选宋教仁代理该党理事长。宋教仁企图以责任内阁制来削弱袁世凯的权力，并为此而到处奔走，积极活动，此时，国民党已在国会中取得多数，成为第一大党，这就更引起了袁世凯的嫉恨。他便授意内阁总理赵秉钧收买共进会会长应夔丞将宋刺杀于上海车站。
宋教仁被刺后，全国舆论大哗。孙中山由日本返回上海，召集党内主要领导人讨论对策。这时袁世凯正向五国银行团大借款，孙中山主张乘袁借款未到手，即对袁进行讨伐。黄兴则认为当前民军和袁军的力量对比已发生变化，辛亥参加革命的力量，很多已倒向袁世凯一方，而国民党控制的苏、皖、赣、湘、闽、粤等省内部都不统一，如用武力解决，连这点力量也将难以保住，因此主张法律解决。但是狡猾的袁世凯连法律解决也不接受，4月26日，2510万英镑借款到手后，就决定对国民党下手了。
5月6日，袁政府下了一道“除暴安良”的命令。接着辫帅张勋通电捏造“黄兴派人到兖州运动军队”的谣言，诬蔑黄兴是“好乱成性”的捣乱派；冯国璋、姜桂题、段芝贵、张勋等北洋将领随即发表“枕戈待命”的通电。战争虽已不可避免，但国民党人还抱有幻想，派岑春煊、王芝祥、章士钊、汪精卫为和平专使与袁世凯谈判。袁世凯回电拒绝。6月9日，袁世凯发表命令罢免江西都督李烈钧，以黎元洪兼领江西都督事。7月12日，李烈钧在江西湖口宣布独立，组织讨袁军。黄兴在南京宣言讨袁，孙中山也发表讨袁宣言。7月23日，袁世凯通缉孙中山。至此，二次革命正式开始了。
袁世凯对国民党用兵分为两路：第一军军长段芝贵率王占元、李纯两师出湖北攻江西；第二路军司令冯国璋率张勋、雷震春等部攻南京。孙中山任命李烈钧为江西讨袁军总司令，黄兴为江苏讨袁军总司令。7月12日，南京留守府团长林虎在江西湖口首先向李纯师打响了第一枪，接着，李烈钧指挥欧阳武、方声涛等部对北洋军展开了激烈的战斗。战至8月18日，由于内部叛变，李烈钧放弃南昌，率残部退往湖南。江苏方面，守卫徐州的冷遹第三师，在张勋进攻下，7月22日放弃徐州，后派柏文蔚率第八师刘建藩团守临淮关也未守住。冯国璋率部队很快渡江。29日，黄兴不得不一走了事。上海方面，陈其美于7月22日率领蒋介石、刘福彪等部攻打盘踞制造局的北洋军，久攻不下。居正、钮永建防守的吴淞炮台，在李鼎新海军攻击下，坚持到8月13日，亦告失陷。
至于广东、安徽、四川、福建虽宣告独立，有所发动，亦迅告失败；而湖南、浙江只是通电表态，旋即投降袁世凯。国民党人于辛亥革命获得的地盘和实力，在这场“二次革命”中，不过一个多月，就被袁世凯摧毁殆尽。
袁世凯摧毁国民党的势力后，于1913年10月当选为中华民国第一任大总统，接着即强制国会，于1914年2月修改约法，取消内阁制。5月，任命其亲信徐世昌为国务卿，改国务院为总统府的政事堂。12月又修改大总统选举法，改总统任期为10年。至此，袁世凯已完成了其个人独裁体制。
当时袁世凯已经55岁，将总统任期改为10年，差不多等于终身制了，但他仍不满足，竟敢冒天下之大不韪，承认日本帝国主义提出的旨在灭亡我国的“二十一条”，以换取日本支持他登上皇帝宝座。这样，孙中山领导全国人民推倒大清皇帝五年后，又在中国大地上出现了洪宪皇帝。
袁世凯竟敢改变国体，帝制自为，引起了全国各政治派系和各阶层人士的反对。在梁启超的策划下，进步党杰出的军事家蔡锷于11月初逃出北京，12月21日与戴勘等回到昆明。国民党右翼也看中云南是发动讨袁的基地，早已派与云南军人有关系的李烈钧、熊克武、方声涛等来滇活动。蔡锷回滇，又带来北洋军阀内部分裂和各地准备响应的情报，这样就迅速结成反袁联合战线，于12月25日由蔡锷、唐继尧、李烈钧、戴勘、任可澄等通电宣布独立，组织护国军，讨伐袁世凯。
云南为边防重地。民国后，蔡锷任都督期间，将云南新军整编为两个师，另有边防军万余人。蔡锷、李烈钧等举起反袁大旗后，即将云南部队整编为三个军，由蔡锷任第一军总司令，李烈钧为第二军总司令，唐继尧为第三军总司令。
1916年1月初，蔡锷的第一军分三路向四川进发。其作战计划是：刘云峰第一梯团出昭通直趋叙州，这是进攻四川的主要一路；赵又新第二梯团，向贵州进发，到达毕节后再斟酌情况，或者向北进攻泸州，或者东下贵阳向湘西发展；顾品珍第三梯团为后续部队。
袁世凯对此早有戒备，在搞垮“二次革命”后，立即排兵布阵。
蔡锷高举护国大旗，全军官兵为保卫民国而战，故士气极为高昂。1月17日晨，刘云峰第一梯团到达川、滇接壤的新场，与伍祥祯旅前卫甫经接触，即将其击溃，接着攻其左右翼。伍旅望风披靡，护国军旗开得胜，获得北洋军大量装备。20日，护国军横渡长江，占领叙州。
护国军初战获胜，全军振奋，蔡锷遂于2月初，组织泸州战役。川军第二师旅长雷飘和蔡锷系湖南同乡，又经蔡锷介绍到陈宧处任旅长，而且雷本人亦拥护共和，反对帝制，经蔡锷派人联系，决定起义。师长刘存厚经熊克武策动，亦同意反正，就任四川护国军总司令。唯该师另一旅长熊祥生坚持拥袁，刘遂于2月1日率雷旅进攻熊旅，经过数日激战，泸州几被攻克。后因袁军张敬尧第七师和川军周骏第一师陆续开到，刘军遂撤围。张敬尧自恃其北洋军耐战，向刘军猛追，与护国军主力战于棉花山。滇军据险固守，因山势陡峻，袁军仰攻火器不能发挥威力，而护国军居高临下，予进攻敌人以极大杀伤，又加连日大雨，道路泥泞，袁军攻势顿挫。2月下旬，护国军开始转入反攻。这时，赵又新、顾品珍两个梯团在蔡锷亲自指挥下，对北洋军展开猛烈攻击，连续突破敌军三道防线。但泸州守城袁军，在其大刀队监督下拼命死守，久攻不下。2月24日起，蔡锷集中全军对袁军大举进攻，蔡亲率3000人突击敌军阵地。在围城军炮火轰击下，袁军工事尽毁，死伤累累，遂弃城逃走。3月5日，蔡锷进入泸州。
当蔡锷率护国军路过贵州时，贵州护军使刘显世宣布独立，将黔军12000余人编入护国军。刘显世的外甥王文华率13个营出镇远，挺进湘西，牵制两湖的北洋军。由于湘督汤芗铭杀人如麻，湘人恨之入骨，纷纷揭竿而起，响应护国军。1月31日，王文华军对晃县袁军发起进攻，守军退入固守。2月2日，汤芗铭派一个混成团溯沅江前来增援，又被王文华军击败。3日，黔军占领晃县。王文华虽系书生，颇有指挥才能，初战获胜，提高了全军胜利信心，稍事休整即分兵追击敌人，很快即攻占洪江、黔阳、凤凰、乾县，然后合兵围攻芷江，于13日攻占芷江，16日又夺取了麻阳。王文华黔军在湘西一连串的胜利，又加上袁军前线司令官马继曾的暴死，使袁军统帅部恐慌万状，急忙抽调援军反扑，麻阳、绥宁不幸失守。
叙泸战场方面，因冯玉祥督军死战，叙州易手。后张敬尧和冯玉祥、吴佩孚、王汝贤等合力夺回泸州、江安、纳溪等城。
由广西出动抄护国军后路的龙巍光军，也于3月9日夺取了剥隘，滇南土司准备响应。袁对这些胜利甚为兴奋，急忙颁布勋位，奖励出力的旅长冯玉祥、吴佩孚、吴新田、熊祥生和团长刘湘等。袁党的帝制活动，跟着又活跃起来。不料正在这时，广西巡按使王祖同向袁世凯报告：陆荣廷和部下酝酿独立。3月25日陆荣廷发出通电，宣布就任两广护国军总司令，任命梁启超为总参谋长。陆荣廷派兵缴了龙觐光的械，俘虏了其亲家和长婿龙运乾。广西独立，形势急转直下。
蔡锷指挥四川前线滇、黔、川部队转入反攻，势如破竹，几天之内就攻下了江安、南川、纳溪、聂江、彭水等城。张敬尧负伤逃回泸州。北军龟缩在几座孤城里，不敢再次出犯。
陆荣廷解决龙觐光后，即在李烈钧护国第二军配合下，率桂军主力循浔江东下广东，迫使龙济光于4月6日宣布独立。陆荣廷另派师长秦步衔率部由桂林北上出永州，与占领宝庆的王文华黔军会合，进攻衡阳。
护国军控制了滇、黔、桂、粤及川、湘一部分土地，声势甚为壮大。同时，浙江吕公望、童葆暄，陕西陈树藩，湖南程潜、谭延闿，广东陈炯明、朱执信，山东居正、吴大洲等各据一省或割据一部分地区宣布独立。袁军前方各军纷纷来电要求增派援军，袁虽欲调兵，但其北洋军旧部张勋、靳云鹏、倪嗣冲等均拒绝派兵；甚至其小站练兵时的得力助手段祺瑞、冯国璋亦均托病不见。其最亲信的党羽陈宧、汤芗铭和以马弁升旅长的唐天喜也都发出脱离关系的电报。袁世凯终于发觉众叛亲离，大势已去，不得不于3月25日宣布取消帝制，至6月6日，在全国人民唾骂声中死去，护国战争结束。
袁世凯死后，由黎元洪任总统，冯国璋为副总统，段祺瑞任总理。1917年春，黎、段因对德宣战问题发生冲突，导致黎元洪下台，张勋复辟，段驱张后重任国务总理，形成大权独揽的局面。段祺瑞拒绝恢复民元约法和国会，另行炮制安福国会，以致遭到南方各实力派的反对。孙中山由上海回广州成立护法政府，孙中山就任大元帅，唐继尧、陆荣廷为元帅，但唐、陆并非真心护法，他们不想和北洋军阀彻底决裂，且不愿屈居于孙中山之下，因此并未就职。随后孙中山以大元帅的名义下令出兵讨伐段祺瑞，开始了“护法战争”。战争主要在湖南展开。
护法运动开始后，段祺瑞政府决定向南方用兵，以实现其“武力统一”的计划。为了坐收渔翁之利，段祺瑞命令直系的军队入湘与护法军作战。冯国璋希望保存和发展实力，暗中与南方军阀多方联络，于是提出了“和平统一”的口号，公开和段祺瑞对抗。在冯国璋的指使下，进入湖南的直系军队消极怠战，各省直系督军又联名通电，主张与护法军政府和平解决，使得湖南战事一度陷入僵局。段的“武力统一”计划无法推行，不久辞去国务院总理之职。在日本的支持下，段祺瑞派亲信徐树铮去东北，和张作霖联络，企图借奉系军阀之力来威胁冯国璋。奉军乘机入关，进驻直隶。冯国璋被迫于1918年3月重新任命段祺瑞为国务总理。段再次上台后，重弹“武力统一”的老调，逼迫直系军阀加强进攻南方。但是当曹锟、吴佩孚指挥的直系军队连克岳州、长沙后，段祺瑞却任命皖系军阀张敬尧为湖南督军。曹、吴对此大为不满，不久便按兵不动，并利用群众的反战情绪，通电罢战主和，反对段祺瑞的武力政策。
在南方军政府内部，桂、滇两系军阀本来就没有护法的诚意，当与直系军阀接触后，决心排斥坚持护法斗争的孙中山。他们指使非常国会提议将护法军政府加以改组，以削弱孙中山的权力。1918年5月4日，非常国会决定修改军政府组织法，孙中山被迫宣布辞去大元帅一职，终于认识到“顾吾国之大患，莫大于武人之争雄，南与北如一丘之貉”。5月20日，非常国会正式改组军政府，将大元帅制改为政务总裁合议制，选举岑春煊等七人为总裁。孙中山虽为七总裁之一，但已无实权，不能实现自己的护法主张，于是离开广州，前往上海。第一次护法运动以失败告终。西南军阀排斥了孙中山以后，认为可以与北洋军阀妥协了，于是南方护法军政府也通电赞成直系军阀的和平通电。在这种情况下，段祺瑞被迫于8月下旬命令前线各军停止进攻，“武力统一”计划又遭失败。
孙中山领导的护法运动，有着进步意义。但是，由于各路军阀各怀异梦，参加护法的目的是攫取权力和捞取利益，整个军队没有灵魂，根本谈不上什么政治信仰，加上缺乏强有力的组织，所以基本上是以投机的心态各自为政，有好处就上，没有好处就撤，对方给好处就反水。这样，护法失败也就不足为奇了！难怪孙中山发出“一丘之貉”的感慨，这次失败让他痛下决心建立一支有政治信仰和革命理想的革命军队。