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曹操迁天子都许，使汉献帝完全摆脱了其他军事力量的控制，而完全置于自己的掌控之中。对于随驾的诸多文武大臣，曹操两手兼用，或罢杀之，或封赏之，总之在剪除异己上面颇费了一番心思。
曹操首先向最有影响力的三公发难。
建安元年（公元196年）九月，罢太尉杨彪、司空张喜。杨彪，四世太尉，德业相继，与袁氏俱为东汉名族，自董卓乱起，尽节卫主，从洛阳到长安，又从长安回到洛阳，继而从东都许，“崎岖危难之间，几不免于害”。既有如此之位，又有如此之功的人，对于曹操无疑是一种权力威胁。史载，天子新迁，大会公卿，曹操上殿，见杨彪脸色不悦，怕被暗算，未等摆好宴席，便借口腹痛上厕所，回营去了。曹操未及宴设而出，对天子和朝臣都是很大震动，杨彪自知危险，主动请求“以疾罢”。但曹操并不以此为满足。据说，杨彪与袁术有姻亲之干系，“时袁术僭乱，操托彪与术婚姻，诬以欲图废置，奏收下狱，劾以大逆。”大逆，属于杀无赦之罪。杨彪获罪，惧者甚众。“惧众”，才是曹操的真正目的，或说是重要目的之一。将作大匠孔融得知杨彪下狱，来不及穿好朝服，即往见曹操，说：“杨公四世清德，海内所瞻。《周书》父子兄弟罪不相及，况以袁氏归罪杨公。《易》称‘积善余庆’，徒欺人耳。”操回答说：“此国家之意。”融说：“假使成王杀邵公，周公可得言不知邪？今天下缨纟委缙绅，所以瞻仰明公者，以公聪明仁智，辅相汉朝，举直厝枉，致之雍熙也。今横杀无辜，则海内观听，谁不解体！孔融鲁国男子，明日便当拂衣而去，不复朝矣。”
曹操大概觉得孔融的话有点道理，现在既已把杨彪的威风打下去了，留下也无妨，于是便把杨彪放了。四年后还给了杨彪一个掌管宗庙礼仪的官——太常卿。孔融谏阻杀杨彪虽然成功了，但也埋下不容于操的危机。
司空张喜是以什么理由罢免的，史无可证。但总会有个不成理由的理由，因为官居公卿是不能随便罢黜或杀的。
至于非公卿之一般官吏，虽然也不能随便滥杀，但就当时来说，根本无需通过什么程式，曹操如果觉得是异己即可杀掉。议郎赵彦，曾向皇帝陈言时策，曹操知道后很不高兴，就把赵彦杀了。
《后汉书·伏皇后纪》说：“自帝都许，守位而已，宿卫兵侍，莫非曹氏党旧姻戚。议郎赵彦尝为帝陈言时策，曹操恶而杀之。其余内外，多见诛戮。”
在诛戮朝中异己的同时，曹操为了许都的安宁和便于行使权力，立即着手对近许之敌对势力用兵。当时兵马最强、离许最近的是杨奉。杨奉曾相信董昭以曹操名义写的信，以为操能与自己“死生契阔，相与共之”，因而表举曹操为镇东将军，袭爵费亭侯。及至曹操“移驾”，杨奉始知上当，曾想发兵截击，但没有来得及。杨奉驻梁（今河南商丘境）是直接影响朝廷稳定的一股势力，因而曹操把杨奉视为心腹大患，确定为第一个用兵目标。冬十月，曹操发兵征杨奉，杨奉、韩暹南奔袁术，从而解除了近兵之忧。
赶走杨奉之后，曹操开始想法对付最大的一个妨碍自己的对手袁绍。曹操深知，靠武力是不行的，但太软也不行，于是便采用了硬软兼施的两手政策，先是以皇帝诏书的名义责绍“地广兵多而专自树党，不闻勤王之师，而但擅相讨伐”
。因为是天子诏书，袁绍不能不认真对待，否则更授曹操以柄，因而写了很长的一封信进行辩解。这一招，无疑是曹操初试奉天子以令不臣的成功之举。袁绍果然诚惶诚恐，反复表白。诏责袁绍，沉重地打击了袁绍的气焰。继而，曹操使出第二手，以皇帝名义拜袁绍为太尉，封邺侯。
当时，曹操已自为大将军，袁绍耻为操下（东汉时三公是荣职而无多大实权，因而实际上大将军位在三公之上），怒曰：“曹操当死数矣，我辄救存之，今乃背恩，挟天子以令我乎？”
于是上表不受。袁绍表辞太尉实是装装样子，并非真心，但因为袁绍的势力太大，曹操尚不能与之抗拒，所以“大惧”。曹操权衡形势，为了稳住袁绍，即以大将军让绍。随后，“使将作大匠孔融持节拜绍为大将军，锡弓矢节钺，虎贲百人，兼督冀、青、幽、并四州”
。
异己势力清除了、打击了；党旧姻戚把持要津、实权在握了；近敌打跑了；袁绍稳住了；许都自然也就相对平静了。至此，进一步控制权力的条件更加具备。“冬十一月丙戌，曹操自为司空，行车骑将军事，百官总己以听。”
当然，名义上还是由皇帝拜授的。所以，曹操还得写一份《让还司空印授表》。
明明是自拜自受，却要走一下辞让的程式，明明把权力拿在手里，而反说自己不堪其任，看来滑稽，但其意义是重大的，因为曹操要在这不断折腾中塑造自己的正面形象，巩固自己的权力。这份辞让表是这样写的：
臣文非师尹之佐，武非折冲之任，遭天之幸，干窃重授。内踵伯禽司空之职，外承吕尚鹰扬之事，斗筲处之，民其瞻观。水土不平，奸宄未静，臣常愧辱，忧为国累。臣无智勇，以助万一，夙夜惭惧，若集水火，未知何地，可以殒越。
曹操在这份辞让表中表达出了三层意思：第一，自谦自抑，蒙皇帝之赐，忝辱重位；第二，司空、车骑将军都是很重要的位置，由他担任更将引起众人注目；第三，常怀忧国之心，做好了不惜为国捐躯的思想准备。
这时的曹操已经走上最高权力的政治舞台，所以对于这份奏章不宜与其他一般辞让同等看待，应该撇开其形式，挖掘其思想内涵。从形式上看表章是写给皇上的，而实际上则是自说自话，所以它反映了曹操一定的真实思想。
无疑，曹操对当时的整个形势有着清醒的分析，他深知如要把天下平定下来，进而成其大业并非易事；他已认识到民心思定，民众对于自己的所作所为将极为关注；他必须做好失败的思想准备，以甚至牺牲自己的性命。事实证明，他的疑虑不是没有道理。他的急遽的集权行动，很快引起汉献帝和一些大臣的不满。他们试图削弱曹操的权力，以至除掉他。本来曹操已经“行车骑将军事”，建安四年（公元199年），汉献帝又“以董承为车骑将军，开府”。“开府”就是为其置僚属，设机构，赋予了实际的权力。这当然是曹操所不能容忍的。两股势力展开了明争暗斗，史载：“自都许之后，权归曹氏，天子总己，百官备员而已。帝忌操专逼，乃密诏董承，使结天下义士共诛之。承遂与刘备同谋，未发，会备出征，承更与偏将军王服、长水校尉种辑、议郎吴硕结谋。事泄，承、服、辑、硕皆为操所诛。”
建安五年（公元200年）正月，董承等人被夷三族，“董承女为贵人，操诛承而求贵人杀之。”当时，贵人已经怀孕，汉献帝恳求免贵人一死，“累为请，不能得”。董承以及皇帝的贵嫔被杀产生了极大的威慑力量，汉宫内外无不惊骇。曹操进一步巩固和发展了自己权力。自此，汉史再无汉献帝自主封拜重要文武官员的记载，汉献帝和他的近臣虽曾继续谋划除掉曹操，但始终不能或不敢走出这一步。史载，皇后伏寿“自是怀惧，乃与父完书，言曹操残逼之状，令密图之。完不敢发”。
曹操既总百官，权力日隆。他为了权力可以不择手段，但又并非那种单纯的权力欲者，而是要利用权力谋划大事，为将来的更大发展做准备。他表现出一个政治家的气度。他要考虑军事，不失时机地征伐不臣，实现统一；他要考虑政治，以期存利除弊，取得天下大治；他要考虑经济，以期扭转田地荒芜、“白骨露于野，千里无鸡鸣”悲惨局面，走上富国强兵之路；同时，他还要考虑如何准备条件、收拢人才、积蓄力量以实现上述政治、经济、军事上等诸多目标。而这一切，都毫无疑问与他能够挟汉献帝以令诸侯有着重要的关系。