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南书房位于大内乾清宫西南处，是康熙皇帝决策军国大事的地方。“康熙中……时尚未有军机处，凡撰述谕旨多属南书房诸臣……权势日益崇”
，有人竟因此将之比为后来的军机处。“康熙中……撰拟谕旨则关南书房，南书房之选，与雍正以来军机房等”
。南书房可说无政府之名，却部分地取代了中枢之职，是一个颇为特殊的权利场所。
康熙皇帝建立南书房，大概是在他清除鳌拜势力，掌握政柄以后。其实在清代，统治者利用书房作为从事政治活动场所的例子，早在入关前已有。据有学者研究，太祖努尔哈赤时期，不但大汗本身，连诸贝勒亦皆有书房，内设秀才若干，助其读书。后来皇太极又创设“文馆”。“文馆”二字，便是汉文对书房的雅致翻译。它直领于皇太极，名义上是做些文书翻译工作，实际上含有给大汗咨询政事以抗衡诸王分权的意义。
入关后，福临“于景运门内建直房，令翰林官入宿备顾问”
，亦具有同样的含义。
康熙皇帝之所以看中南书房，并着力培植其势力，既受到以往父祖们行事的影响，亦与当时上层各政治势力的消长争斗有着重要的关系。诚如前面所述，顺、康之际，是议政王大臣会议权力重新扩展的时期。议政王大臣会议不但参与重大的军政决策，严重地干扰和侵犯内阁处理日常政事的职权，甚至连皇帝的权力也时受掣肘。康熙皇帝继位之初，因鳌拜擅权，又使皇权不同程度地受到损害。所以，自康熙皇帝清除鳌拜势力后，便运用手段，一方面缩小议政的范围，削弱、限制议政王大臣会议的权力；另一方面通过御门听政、议政等途径，使内阁能较为正常地发挥效能，达到树立皇帝权威，适应处理各种不断扩大政务的要求。在此过程中，康熙皇帝也深深地感到，要提高决策的准确度，使办事得心应手，还需建立一个时刻追随身旁可备顾问决策的班底。这样，南书房便成了康熙皇帝的议政之地。
康熙十六年（1677年）十月二十日，康熙皇帝以“观书写字”，需“博学善书者”为名，要求在翰林内选择人才，“常侍左右，讲究文义”。为了能做到一经“宣召”，便能“即至”，还规定给入选人员“于城内拨给房屋”，安顿居住。他们在书房“饮膳给于大官，执书使中涓，纸笔之属出自御府，珍果之属撤自御馔者日数至焉”
，特遇十分优厚。一时间，很多文学之士如张英、高士奇、陈廷敬、叶方霭、励杜讷、王士祯、查慎行、徐乾学、王鸿绪、戴梓、梅文鼎、励廷仪、张廷玉、魏廷珍等，都先后在南书房当过班。被康熙皇帝称为“天下莫不闻”其“学问”的方苞，还以白衣入直南书房”
。
这些被选入值南书房的顾问，平时除侍奉皇帝观书作画，谈论学问外，兼有撰拟制诰，以及“代拟谕旨”“咨询庶政”“访问民隐”等任务
。查慎行在《乙酉日记》中谈到奉命入值南书房时，黎明踏雪入朝，当皇帝御门完毕，便临幸南书房。又说，当时顺天乡试录及各省题名录，也都由入值人员勘对，然后再交内阁收贮。康熙皇帝命王鸿绪将外面所见所闻，随时写成密折向他报告。有时皇帝外出巡视，这些密折就通过南书房交与宫监首领“慎密收发”。据说这些入值官员曾秉承皇帝旨意，在参与平定三藩、倾劾权臣明珠等重大政务中，都出了不少气力。皇帝的某些政治设想和行动，不便立即传知外朝，亦通过南书房间接透出风声，或予完成。
为了确保内廷的机密，加强专制集权，按规定，凡入值南书房后，均不得预外事。但实际上很难做到，以致发生徐乾学、高士奇、王鸿绪结党纳贿的丑闻。于是，康熙皇帝乃于康熙三十五年（1696年）五月，谕令翰林院、詹事府和国子监等三机构，要他们“每日轮四员入值南书房”，以便皇帝“不时谘询，可以知其人之能否，以备擢用”
。这样做，既削弱了常值人员的权势，能够防微杜渐，又借机考察官员，起到精政廉政的作用，这是康熙皇帝对南书房建设的又一重要步骤。
由于南韦房不属于正式权力机构，被选者只称入直南书房，或南书房行走，其官衔各依原来任职，最多不过四品。但因为他们朝夕侍奉皇帝，“非崇班贵傈、上所亲信者不得入”，一旦外任，差不多都能得到重用，所以颇为官场所看重。
自康熙中期以后，参与中枢决策重任的有内阁、议政王大臣会议和南书房。章疏票拟，主之内阁；军国机要，主之议政处；若特颁诏旨，由南书房翰林院视草。康熙皇帝把中枢权力一分为三，它们间既各有分工，又相互牵掣，最后决策均集中于皇帝之手，使之能更方便地加以控制和使用。这也是清朝统治者在运用和平衡中枢权力时最费心思的事情。