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实际上，康熙初期四大臣辅政这种新创的政治体制是很不完善的，其职责和权限既无章程法度，又无成例可循。职权范围没有严格界限，就很难防范其越权行为。大学士入直、票拟以及年幼皇帝朱笔御批，均由辅臣代办。这就给野心家以可乘之机。四大臣人选也是仓促确定的，彼此之间既不同心，也不协力。位居辅政大臣之首的索尼，乃四朝元老，总揽启奏和批红大权。他远谋深算，堪当大任，但年老多病，力不从心，遇事姑息。苏克萨哈位居第二，与索尼不和，常有抵触。遏必隆才智平庸，缺乏主见，以鳌拜之是非为是非。鳌拜权势欲极强，功高资深，不甘居辅臣末位，且自恃功高，专横跋扈，工于心计，党同伐异。控制两黄旗，打击正白旗，在上三旗中占据绝对优势，也就是在宫廷宿卫中占据绝对优势。鳌拜对趋炎附势者委之以高官，畏惧权势者慑之以淫威，很快就以他的家族为中心结成私党，其中有他的弟弟镶黄旗满洲都统穆里玛、他的儿子领侍卫内大臣那摩佛，他的侄子塞本得、讷莫、佛伦，还有内秘书院大学士班布尔善、吏部尚书阿思哈，户部尚书马尔赛、吏部侍郎泰必图、兵部尚书噶褚哈、兵部侍郎迈音达、工部尚书济世、内秘书院学士吴格塞等等。一切政事，先于私家议定，然后施行。又将部院官员启奏带往私门商酌。对不肯依附者，则深文周纳，置之死地。顾命辅政不久，于康熙三年（1664年）四月，以“守陵怨望”定罪，诬杀内大臣费扬古。康熙五年（1666年），他利用黄白两旗之间的不和，挑起早已平息了的由于分拨圈地引起的宿怨，拉拢两黄旗．打击正白旗，在四辅臣中使正白旗大臣苏克萨哈处于孤立地位。鳌拜借此制造纠纷，矫旨冤杀国史院大学士兼户部尚书苏纳海，直隶、山东、河南三省总督朱昌祚、直隶巡抚王登联。
首席辅政大臣索尼，矢忠皇室，在他病重时，眼看鳌拜势力膨胀，遂领衔奏请康熙皇帝亲政，留中未发。康熙六年（1667年）六月二十三日索尼病死，鳌拜更加肆无忌惮。七月初七日康熙帝亲政，年十四岁。鳌拜意气凌轹，视苏克萨哈为擅权障碍，竟罗织罪状二十四条，判以凌迟。康熙帝不允，鳌拜以皇上年少可欺，在御前攘臂力争，累日强奏，判处苏克萨哈绞刑，其子内大臣查克旦凌迟，叔弟侄均处斩决，未成年者亦不能幸免，家产籍没，妻孥入官。这样，四大辅政体制，早已蜕变成鳌拜个人专权。当年力图避免的种种弊病，如今又一一再现了。少年天子，遭到轻蔑；神圣的皇权，面临侵犯。鳌拜欺君专擅，恣意妄为，文武各官，尽出私门。骄横跋扈，皇帝面前也不收敛。稍不如意，呵斥部院大臣，显威慑众，甚至抗旨，拦截章奏。如此擅作威福，专权自恣，是康熙皇帝所不能容忍的。鉴于鳌拜结党已非一日，侍卫中也有亲信，必须不动声色，周密筹划，方保无虞。于是康熙皇帝将鳌拜的重要党羽陆续派往外地，以老臣索尼的次子索额图为一等侍卫，作为心腹，一切都准备得非常秘密，陶醉在权力膨胀中的鳌拜完全没有想到，十六岁的少年皇帝玄烨竟能把他置于死地。康熙八年（1669年）五月十六日，鳌拜入见，康熙皇帝突令羽林士卒将其擒拿，并向议政诸王揭露鳌拜罪行。同时拘捕的还有仰承鳌拜鼻息、知恶不举的另一辅政大臣遏必隆，以及每次进奏时称鳌拜为圣人的阿南达。康亲王杰书等议政诸王，遵旨勘问，条列鳌拜罪行。主要是：在各要害部门安置亲信网结奸党，紊乱国政；陷害忠良，枉杀大臣，排斥异己；轻慢幼帝，抗旨逆命，逼勒皇上依允所请；禁止科道陈言，阻塞言路。根据所议，罪状三十条，“逆恶种种，所犯重大。应将鳌拜革职立斩，其亲子兄弟亦应斩，妻并孙为奴，家产籍没，其族人有官职及在护军者均应革退，各鞭一百，披甲当差”。议遏必隆，“藐视皇上”，追随鳌拜，罪状十二条，“应将遏必隆革职立绞，未分家之子并妻为奴”
。同时议罪的还有班布尔善二十一大罪状，革职立斩，因系宗室改立绞；鳌拜之侄塞本得凌迟处死；吏部尚书阿思哈、户部尚书马尔赛、兵部尚书噶褚哈；吏部侍郎泰必图，鳌拜弟都统穆里玛，均应革职立斩；鳌拜之子那摩佛，侄讷莫、佛伦，及鳌拜其他党羽希福、阿林、刘之源、刘光、插器、阿尚达、布达礼、济世、迈音达、吴格塞、额尔德里、郭尔浑等均应立斩，鳌拜兄赵布大，婿赖虎等立绞。所议上奏皇帝，康熙皇帝召见鳌拜，亲自训问后认为情罪俱实，本应依议处死，但念鳌拜效力年久，虽结党作恶，不忍加诛，著革职、籍没、拘禁。结果除班布尔善、穆里玛、阿思哈、噶褚哈、泰必图、塞本得、讷莫、济世、吴格塞九人处死外，其余党羽，均宽宥免死，从轻治罪。五月二十五日发布给吏、兵二部的谕旨说：“至于内外文武官员，或有畏其权势而倚附者，或有身图幸进而倚附者，本当察处，姑从宽免，自后务须洗心涤虑，痛改前非，遵守法度，恪共职业，以副朕整饬纪纲，爱养百姓至意。”
鳌拜家人供出地方督抚大员有嘱托行贿者，康熙帝均不加追究从宽免罪。随后相继为苏克萨哈、苏纳海平反昭雪，其爵位、世职由其后人承袭。凡在鳌拜擅权时期，蒙冤致死或革职、降级者，一一予以昭雪平反。
清除鳌拜集团是康熙皇帝亲政后处理的第一件国家大事，在极短时间内顺利铲除盘根错节、权倾一时的朋党，成功地将大权集中在自己的手里。在策略上，只处死少数首恶分子，对鳌拜党羽中的绝大多数均予宽宥，避免了广泛株连，错杀无辜。如此迅速而成功地清除鳌拜集团，表明年仅十六岁的康熙皇帝玄烨已具备解决重大难题的政治才能和成熟运用出其不意、打击重点、分化瓦解等为政策略，表现出了康熙皇帝施政的某些特点。
解决鳌拜擅权集团、掌握全部中央政权之后，康熙皇帝又采取一系列措施，对于四大臣辅政时期的一系列错误政策和路线，康熙皇帝也进行了较大程度的纠正与调整，清除了鳌拜多年擅权所造成的各种严重后果。
第一，恢复内阁制度，废除内三院，建立正式的辅助皇帝处理政务的行政机构，班居六部之上，大学士兼殿阁之衔。同时恢复了翰林院的独立地位。
第二，大规模整顿吏治，惩治贪官污吏。康熙皇帝采取措施改变鳌拜专权期间官场腐败，贪官污吏肆行的严重局面，要求各级官吏必须时时注意民间疾苦，务须“纪己洁清，摒绝馈受”，对不思尽职，惟图利己，嘱托行贿，苟图幸进者，从重治罪，决不姑贷。同时下令恢复官吏甄别考察制度，颁布管理官员的相关条例，加强对于官吏的监察。
第三，着手调整民族政策，特别是注意调整满汉关系，诏令永停圈地，采取一系列与民休息的政策。康熙八年（1669年）六月，康熙皇帝诏令：“自后圈占民间房地，永行停止，其今年所已圈者，悉令给还民间。”康熙二十四年（1685年），重申停止圈地的诏令。至此，入关以来这项扰民特甚的弊政终于停止下来，其他各项也都逐渐纳入正轨。