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收复台湾之后，清政府稳定了东南沿海，统治秩序更加巩固。恰在此时，厄鲁特蒙古在噶尔丹的统治下崛起于西北，形成了一个与中央政府相对峙的强大的地方政权。为了进一步巩固统一，从康熙二十九年（1690年）至三十六年（1697年），康熙皇帝前后三次亲征，经乌兰布通战役、昭莫多战役，大败噶尔丹军，最终平定了噶尔丹的叛乱。平定噶尔丹分裂战争后，清政府先后设置阿拉善厄鲁特旗和额济纳土尔扈特旗；在哈密编置旗队，实行了札萨克制度，有效地保障了西北边疆地区的稳定与安全。康熙五十六年（1717年）以后，继噶尔丹之后割据准噶尔地区的策旺阿拉布坦乘西藏政局混乱之际派兵侵入西藏，置西藏于自己控制之下。面对这一严峻形势，已经进入迟暮之年的康熙皇帝又两次出兵西藏打败叛军，捍卫了国家的统一。