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三藩之乱后期，康熙皇帝稳操胜券，渐渐将注意力转向台湾。康熙十九年（1680年）八月，他问到进征台湾事，因时机未到，同意大学士明珠所奏，“闽疆新定，逋逃残寇姑徐俟其归命，再若梗化，进剿未晚”
。但君臣这一问答，已显示出用战争解决两岸重新统一问题的意向。“三藩之乱”平定后，在调整治国政策、采取措施化解一度颇为尖锐的民族矛盾的同时，康熙皇帝又把眼光转向了东南边疆，开始了统一台湾的事业。
台湾自古以来就是中国的领土，与大陆隔海峡相望。海峡两岸一直存在着密切的联系。顺治末年，郑成功为坚持抗清斗争，率师渡台，驱逐了盘踞台湾达三十年之久的荷兰殖民者，并致力于台湾的开发，使台湾社会经济迅速进步。明朝灭亡之后，清政府逐渐地掌握了大陆的统治权。但是，郑氏父子祖孙相继割据台湾，打着反清复明的旗号，对清政府统治的稳定构成了严重威胁。这样，在平定“三藩之乱”后，康熙皇帝首先规划了统一台湾的军事行动，采取攻心为上的策略，分化和瓦解郑氏集团，彻底解决台湾的统一问题。
早在顺治年间，清政府为了孤立和瓦解郑氏集团，即采取了严禁出海与内迁沿海百姓的政策，称之为海禁。康熙初年，四大臣辅政，继续奉行此策。次年，清政府将沿海百姓的船只全部烧毁，并派官员到江、浙、闽、粤、鲁等省进行大规模迁界禁海，将各省沿海百姓迁入内地三五十里，设界防守，严禁逾越。清政府本想以此举割断台湾与大陆的联系，使其得不到大陆的物资接济，坐而待毙。没想到空出的地方更加有利于郑军的自由出入，他们将守界的官兵收买，照常可以从大陆得到物资接济。而迁界禁海的政策却使沿海百姓流离失所，土地大片荒芜，对外贸易停止，国家税收锐减。
与禁海迁界的政策相配合，清政府也致力于遣使招抚。康熙元年（1662年），清政府就在江、浙、闽、粤等地设置招抚官员，专门负责招降之事。就在这一年，郑成功去世，郑袭、郑经叔侄为争夺延平王王位，兵戎相见。福建总督李率泰、靖南王耿继茂想利用这个机会招抚在厦门的郑经。郑经想平定郑袭集团作乱，但又担心陷入与清军和台湾郑袭集团两面作战的境地，因此，对清政府的招抚大为欢迎，派人假意与清政府谈判，并上缴明朝所赐敕命、印信和“海上军民土地清册”，表示接受招抚，借以拖延时间，而同时又亲率大军赴台湾，凭借郑成功之子的身份，迅速瓦解郑袭集团，勘平内乱。随后郑经返回厦门，拒绝履行招抚条件。清政府的招抚计划彻底失败。
康熙三年（1664年）六月，郑氏集团内部又起纷争。六月初七日，郑经设计囚其伯父郑泰，并勒令自杀。郑泰的弟弟郑鸣骏及其儿子郑缵绪被逼无奈，率领水陆官员四百余人、兵马万余众、船三百余号入泉州港，投降清政府。经此变故，郑氏集团力量大为削弱。当年九月，被郑成功驱逐出台湾的荷兰殖民者揆一，请求投靠清政府，合兵进击台湾。耿继茂、李率泰也欲乘郑经力量削弱之机收复金、厦、台，遂调全体投诚官兵和荷兰夹板船，收复沿海诸小岛。十月，分三路猛扑金、厦。其中，荷兰殖民者与提督马得功从泉州出发，担任主攻。郑经重点攻击此路兵。十月十九日，两军相遇金门乌沙港，郑经大败清军，马得功投海而死。但郑经的另外两路兵却败于清军，郑经被迫退守铜山（今福建东山岛），金、厦遂为清军收复。李率泰希望郑经在穷困之时能归降清政府，没有乘胜追击郑军，而是派人四处招降，借以扰乱军心，使其不战自散。郑经坚持像朝鲜那样，不剃发、不登岸才肯投降，否则，宁死不屈。招抚郑经的计划虽然失败，但扰乱郑经军心之举却大获成效。在清政府的高官厚禄的引诱之下，康熙三年（1664年）一月，郑经将领林顺统全镇之兵自镇海投诚。二月，守护南澳的护卫左镇杜辉勾通镇海将军王国化从揭阳港投降清政府。郑经见诸将纷纷叛降，自知铜山必难坚守，遂退居台湾，令周全斌、黄廷断后。周、黄两人不想远离故土，也归附了清政府。自此，金、厦及沿海诸岛尽归清政府所有。
康熙十二年（1673年）底，三藩之乱爆发。清政府把主要精力放在剿灭三藩之乱上，对郑经采取招抚政策。三藩之乱平定后，统一台湾的条件日益成熟。就在清政府厉兵秣马，捕捉战机之时，郑氏集团内部却日益腐朽，走入穷途末路。郑经败回台湾之后，不思进取，萎靡不振，自以为自己远处海岛，可高枕无忧，遂于康熙二十年（1681年）纵欲而死。这时，执掌郑氏集团大权的冯锡范、刘国轩，又背信弃义，刺杀郑经长子郑克臧，拥立年仅十二岁的郑克塽继位。因其年幼不能任事，诸事皆取决于冯锡范。郑氏集团内部因此更加混乱不堪，上下互相猜疑，离心离德，处于一盘散沙的状态。
康熙二十年（1681年）四月，姚启圣接到来自台湾的情报，知郑经已死后，郑氏集团内部发生内乱，认为收复台湾的机会已到。遂上疏康熙皇帝，请调水陆官兵，乘机直捣台湾。康熙皇帝当即决定，由总督姚启圣、巡抚吴兴祚，提督诺迈、万正色等，会同将军喇哈达、侍郎吴努春，同心合力，采取剿抚并用的策略，彻底安定海疆。为了确保平定海疆战役的顺利进行，姚启圣、吴兴祚联名上疏，保举施琅为水师提督，康熙皇帝准奏。康熙二十二年（1683年）六月，施琅督率舟师收复澎湖。澎湖大捷，郑军主力尽失，台湾郑氏政权投降，台湾与大陆重新统一。
台湾统一后，康熙二十三年（1684年）四月，康熙皇帝下诏设置台湾府，下设一府三县，隶属福建省，于其南路设置凤山县，北路设置诸罗县，府治设置台湾县，澎湖归台湾府管辖。军事上，在台湾设总兵一员，副将两员，驻兵八千；在澎湖设副将一员，驻兵两千；每营设游击、守备、千总、把总等官，与内地编制相同。对于台湾地方官员的选拔和任命，康熙皇帝也极为重视。经过督抚商议推荐，康熙皇帝任命原泉州知府、汉军镶白旗人蒋毓英为第一任台湾知府。康熙皇帝还亲自选任正黄旗参领杨文魁为第一任福建台湾总兵官，并亲加叮嘱：务要勤于政务，努力使台湾保持安定；台湾商贩较多，不得对他们盘剥，以致挑起不稳定的事端。从此，台湾的历史又揭开了新的一页。