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清初，为了充分利用汉族降将的力量，统一与统治全国，清政府封了四位汉王：平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿仲明和定南王孔有德。顺治六年（1649年），耿仲明死于江西，其子继茂袭爵。顺治九年（1652年），孔有德卒于桂林，无子爵除。此后，清政府令吴三桂镇守云南，尚可喜镇守广东，耿继茂镇守福建，继茂死，其子精忠继之。史称清初三藩。
清政府建三藩的目的，本为“辑宁疆圉，以宽朝廷南顾之忧”
。然而三王分镇之后，手握重兵，雄踞一方，位尊权重，骄恣无忌，逐渐走上与中央集权政府对立的道路，成为分裂割据的军阀势力。
随着清初国家统一形势的发展和要求，三藩割据势力与清政府中央集权在经济、政治、军事诸方面产生了深刻的矛盾。
经济上，三藩的巨额军费一直是清廷的沉重负担。三藩“糜俸饷巨万”
，近省鞔输不给，一切仰诸江南，岁二千余万。绌则连章入告，既赢不复请稽核。“天下财赋半耗于三藩”
，而其中尤以吴三桂为最。康熙六年（1667年），左都御史王熙疏言：“直省钱粮，大半耗于云贵、闽、广之兵饷。就云贵言，藩下官兵岁需俸饷三百余万。本省赋役不足供什一，势难经久。”
直到康熙十一年（1672年），这一状况仍未改变。“云南则需协银岁常一百七十余万，贵州则需协银岁常五十余万……福建则需协银岁常一百六十余万，广东则需协银岁常一百二十余万。”
政治上，三藩专擅一方，所据之地，形同独立王国。尤其是吴三桂，节制云贵督抚，使中央对云贵的统治权名存实亡。
军事上，三藩久握兵柄，分驻严疆，已成尾大不掉之势。康熙初年，“国家养兵凡五十八万有余”
。三藩兵力，虽只占全国兵力的十分之一左右，但其兵将久受藩王豢养，只知为藩王家丁，不知有朝廷。除了额兵之外，三藩还私自征兵，并给府中成年男子发放兵器，经常操练。因此，三藩的武装力量已经构成了对清政府的潜在威胁，成为当时危害国家统一的最大障碍。
三藩割据势力的恶性发展，使部分清朝官员深感不满。早在顺治年间，御史郝浴、杨素蕴、布政使胡章、给事中杨雍建等便已疏劾三藩的不法行为。康熙初年，庆阳知府傅弘烈也曾奏告吴三桂图谋不轨。浙江巡抚范承谟更在卧榻之侧悬一小牌，上书时事数则，第一条便是“三王宜撤”
。
上述这一切引起了康熙皇帝的高度警觉。他清醒地看出，“吴三桂非宋功臣可比，乃唐藩镇之流耳”
，并“以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜廑念，曾书而悬之宫中柱上”
，寻找适当的时机加以解决。三藩与清政府之间的矛盾不断加深，一场大规模的对抗已经不可避免。
康熙十二年八月初六日（1673年9月16日），康熙皇帝下令三藩并撤。九日，他谕兵部安排撤藩事宜。十五日，差礼部侍郎折尔肯、翰林院学士傅达礼往云南，户部尚书梁清标往广东，吏部侍郎陈一炳往福建，经理各藩撤兵起行事宜。
康熙十二年（1673年）十一月二十一日，吴三桂在云南公开叛乱。
康熙十三年（1674年）三月十五日，耿精忠据福州叛清。
康熙十五年（1676年）二月二十一日，尚之信在广东叛清。
三藩之乱全面爆发。
三藩之乱发生后，清廷内部反对撤藩的王公大臣惊慌失措。他们把叛乱归罪于撤藩，请诛主撤之臣。在这危急时刻，康熙皇帝镇定自若。他坚定地表示：“朕自少时，以三藩势焰日炽，不可不撤。岂因吴三桂反叛，遂诿过于人耶？”
面对三藩挑起的战火，他勇敢地担起了平叛重任，迅速调兵遣将，制定了卓有成效的军事、政治部署。
三藩战争，对年仅二十岁的康熙来说是一次严峻的考验。
叛乱初起，康熙皇帝力图将战事控制在云南、贵州和湖广境内，于是沿三省设防，布军要卫，指派前锋统领硕岱兼程前往荆州（湖北江陵）防守，以固军民之心，并进据常德，阻止叛军东犯。命西安将军瓦尔喀率精骑星驰开赴四川，坚守自滇人川的险要之地。又以广西毗邻贵州，授孙延龄为抚蛮将军，绵国安为都统，命统兵固守。同时，停撤平南、靖南二藩，令二王分守汛地，以孤立吴三桂。康熙对军事、政治同时部署，表明了他的战略意图是集中力量打击元凶首恶。
湖广和四川是康熙皇帝确定的防御重点，因为荆州“乃咽喉要地”，自古为兵家所必争。在继硕岱之后，康熙命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，总统多罗贝勒察尼等十四员大将及八旗劲旅一万余兵驻守荆州。又增派都统赫业为安西将军，与瓦尔喀一同由汉中开往四川。两路大军出发之日，康熙皇帝亲赐敕印，诫谕将帅“惟得民心为要”，所过地方严禁侵暴百姓，尤应体恤官兵劳苦，有劳绩者赏不逾时。康熙皇帝亲出西安门送行，厚望诸将早日凯旋。
东南为财富之区，为防止叛军沿江东下，康熙皇帝命都统尼雅翰总统诸师驻防安庆要塞。
康熙十三年（1674年）二月，孙延龄据广西叛。三月，耿精忠于福建反。康熙皇帝力图将吴军控制在西南三省的部署已无法实现。此时吴军陈兵长江南岸，湖南、四川全部失陷。耿精忠致书郑经请从海上登陆，同时遣将攻取浙江南部和江西东部。吴三桂亦对清军展开猛烈攻势。他以清军控扼荆州乃图两翼，一路由长沙窥江西，一路由四川窥陕西，攻陷江西袁州、萍乡、安福、上高，与耿精忠合兵，陷三十余城。江西告急。
江西乃粤东咽喉，江浙唇齿，所关綦重。康熙皇帝手谕护军统领桑格进兵袁州、吉安、赣州等要地，并相机由袁州进取长沙，以攻为守。同时加强各要地的驻防兵力，增兵袁州、江宁、杭州、京口和广东、江南等地。又及时调整各地指挥系统，以改变各将分守汛地互不统属的局面，分别任命多罗贝勒尚善为安远靖寇大将军，统率诸将进攻岳州；和硕康亲王杰书为奉命大将军，率兵赴浙闽；多罗贝勒董额为定西大将军，统率四川诸将；和硕简亲王喇布为扬威大将军，保固江南、江西；和硕安亲王岳乐为安远平寇大将军，赴援广东。经过此次大规模调整，康熙皇帝指挥清军平叛的部署基本上完成。
与军事行动相配合，康熙皇帝还采取了一系列的政治措施。
第一，康熙皇帝实行了分化瓦解、剿抚并用的正确策略。
吴三桂倡乱之初，康熙皇帝便停撤平南、靖南二藩，并令吏部、兵部晓谕，原吴三桂属下官民，在直隶各省出仕及闲住者，与叛乱无涉。虽有父子兄弟在云南，亦概不株连。三藩俱叛之后，康熙皇帝对吴、耿、尚区别对待。将吴三桂子孙明令正法，而对耿精忠在京诸弟则予以宽容。在调兵遣将的同时，派工部郎中、靖藩属下护卫及耿精忠之弟赴闽招抚，反复声明，若耿精忠悔罪归诚，复其王爵，照旧镇守。即使像王辅臣那样的叛乱头目，康熙皇帝仍派礼科给事中和王辅臣之子赍敕前往招抚，并极其宽容地表示，王辅臣杀经略莫洛，事出有因，“咎在朕躬，于尔何罪？”
对于从逆官民，康熙皇帝“念此等俱受国恩，必非甘心从贼逆。盖有怀忠义之心，而无脱身之路者；又有身被迫胁，惧罪疑畏者”
，特颁敕谕，概示招徕。只要悔罪归正，前事悉赦不问。对于在平凉投降的云南士兵，康熙皇帝不仅不杀，且赏路费还乡，使士兵感恩戴德，纷纷播言：盛德如此，若再要打仗，唯有反戈相向耳。
第二，康熙皇帝十分重视发挥汉人的作用。
康熙十三年（1674年）三月，他谕吏部：“大兵进剿逆贼，指日荡平。地方恢复之后，即应设官，抚绥民生，料理事务，顷以需人甚急，已将汉军内堪用人员，照该督抚所请，发往军前候用。其汉人中素有清操及才能堪任烦剧者，不拘资格，著汉官大学士以下，三品堂官以上，据实保举，发往军前，与汉军官员一体并用。”
随着战局的发展，康熙皇帝越来越清楚地认识到汉兵汉将的力量，确信“自古汉人逆乱，亦惟以汉兵剿平，彼时岂有满兵助战哉！”
为此，他充分发挥绿旗兵的作用，对其功绩给予高度评价。明确指出，战乱以来，各省绿旗官兵，剿御敌寇，恢复地方，勠力行间，著有劳绩，令兵部察明议叙。对于有突出贡献的汉族将领，予以重任。
由于军政部署卓有成效，加上康熙皇帝的政治策略运用得当，清政府很快取得了战争的主动权，由防御转入进攻。经过八年平叛，战火燃遍大半个中国的三藩之乱彻底平息，全国局势得以稳定。
平定三藩的战争，对清王朝来说是生死存亡之战，康熙皇帝深受震撼。在取得胜利后，群臣纷纷上疏请上尊号，说天下太平，皆赖皇上一人功德所致。康熙皇帝则十分清醒，对这类溢美颂扬之辞不以为然，断然不允。他认真思索，反躬自省，向诸大臣提出巩固清王朝统治的诸项方针措施。
其一，康熙训谕群臣说：平定三藩“若以为摧枯拉朽，容易成功，则辞过其实”
。八年战争，劳师动众，兵民困苦已极，每念及此，甚感不安。三藩战争已使国家元气大伤，满目疮痍。康熙皇帝告诫诸大臣说“君臣之间，全无功绩可纪”，故而“上尊号一事，断不可行，乃朕实意，非粉饰之词也”。他指出，当务之急是恤民养民，使兵民得以休息，永消异日之隐忧。为此，必须荡涤烦苛，维新庶政，用宽和正大之风治理国家。
其二，康熙皇帝由三藩之叛认识到，边疆提镇，久握兵权，为消除割据隐患，在惩处反叛首恶的同时，又遣散藩属官兵家口，或编为佐领入旗，或分散于各省安插，并采取其他一系列措施。
其三，三藩叛乱使康熙皇帝进一步认识到，人心向背，关系到清王朝的统治能否巩固。吴三桂初叛时，以民族战争相号召，假以“大义”，各省相率叛清。康熙皇帝从这一事实认识到，之所以出现这种局面，是由于清王朝的统治尚未深得人心，吏治未能厘正；是清军入关后，实行种种民族压迫政策所带来的后果。他尤以自己“德薄”，未能使百姓康福而内咎。在武力平叛后，大力进行政策调整，以争取民心。
平定三藩叛乱和康熙皇帝对有关治国政策的调整，成为政局全面走向稳定的契机，清王朝由此开始走向空前巩固与统一。