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吕祖谦在乾道四年（1168）为丽泽书院所订《丽泽书院学规》开篇即说：“凡预此集者，以孝弟忠信为本。其不顺于父母，不友于兄弟，不睦于宗族，不诚于朋友，言行相反，文过遂非者，不在此位。”
朱熹亦在《白鹿洞书院揭示》中强调“修身、处事、接物”之要，涵养道德人格的思想深深蕴含其中并传承后世，清儒冯敏昌感言：“今夫书院之设，所以育才，尤以蓄德为先”
。书院对学习者德行的严格要求由此可窥见一斑，诉求道德完善、着意做人境界是古代书院自始至终都呈现出的鲜明特点，甚至德行在其中的地位比学业更为重要。可以说，这是自古以来就渗透在中国古代知识分子骨子里的难以磨灭的共同追求和理想信念，正是对人格修养的不懈追求，使得书院成为古代知识分子从事学术研究并养成道德人格的场所。
书院以儒家经典为教材，以四书五经、诗赋、制艺为主要研习内容，着力营造淡泊明志、修身养性的尚德气氛，普遍把道德修养置于首位，甚至形成了以德为中心的教学内容和教学体系，涉及人伦、孝悌、诚信、立志、义节等诸多方面。提倡涵养德性修养、追求学问真理，以为圣人君子。东林书院《东林会约》明定讲学宗旨为“饬四要”“破二惑”“崇九益”“屏九损”，时常邀请江浙名儒相与讲德论学，“每年一大会”“每月一小会”，
充分显示出书院砥励品性和追求境界的特征。
书院以祭祀圣贤的礼仪活动“正道脉而定所宗”
，引导生徒树立见贤思齐的行为方向。祭祀以祭文介绍先圣先贤的成就、品格、学问、气节，以生徒“登堂瞻仰，慨然想见其为人，相与考其行谊、著述，讲明而切究之”
，来陶冶生徒情致，令生徒感知圣贤的人格魅力和谆谆教诲，并以其为道德人品榜样楷模，确立伦常道德的规范标准从而引发生徒的道德信仰、增强道德观念认同、激发出强烈的道德使命感和社会责任感。庄严肃穆的祭祀过程以生动的行为文化展示其神圣信仰的精神力量，透过礼仪，令生徒心生成圣成贤之志。
书院以治学践履“蓄德”目标。书院的“蓄德”理想并非空谈，而是与其知识传授、学术研究紧密结合的。学识渊博、德高望重的名师巨儒以身作则，言传身教，潜心育人，在潜移默化中把人品修养与气节真谛传递给生徒，使之明辨笃行，切身体会和思考如何做事、做学问、做人。书院将知识学术的研习讨论与品性修养、人格完善有机结合，把尊师、重道、崇贤的礼仪规范渗透在日常教育过程之中，力图在个体道德完善的基础上进一步实现全社会的道德完善。
书院以建筑布局塑造“蓄德”环境。古代书院多选址建于远离闹市世俗浮躁的宁静清幽山林之间，多依山傍水，有名胜古迹、优美景点，以自然陶冶性情、熏陶品格。书院建筑布局格调严谨、错落有致，其院落空间一般以讲堂、祭殿、藏书楼为主，加以斋舍及其他生活设施，其中多以讲堂为中心形成中轴线，其他殿堂楼阁前后簇拥讲堂、一并位于这条纵深笔直的中轴线上，中轴线两侧则对称安排斋舍及其他生活类建筑，共同组成严谨有致的书院庭院。虽然各地书院带有不同建筑特色，但总体风格大都朴实简洁，多为砖木结构和单层建筑，既庄严肃穆又便于群居作息，更以取名展现“蓄德”理念，如明伦、明善、希贤、尚志、修己等等，均可见其蓄德色彩。书院以“蓄德”为先，并不妨碍其治学之本。“尊德行而道问学”，书院以其独特的教育组织形式和方法，成为中国本土文化的瑰宝。谨严、自主、自由、践履是书院运行的主要特点。
谨严是书院治学的态度。书院自产生起，便形成了谨严治学的教育清流，突出表现为书院“学规”“教条”等的建立和实施，著名的如朱熹《白鹿洞书院揭示》、吕祖谦《丽泽书院学院则》、陈文蔚《双溪书院揭示》、王守仁《教条示龙场诸生》、《教约》等。这些“学规”“教条”记录着书院教育的宗旨、目的和方法，对书院生徒应当遵循的社会价值观念和道德修养方法作了宏观规定；在此之下，往往还有更加微观具体的“学则”，对生徒在书院修学过程中应当遵循的各种规范准则进行细致入微的规定。二者细密严谨，相辅相成，形成古代书院完善的教学管理制度体系。书院学子正是这些在科学规范的熏陶下，从遵行到认同、再到践行，自然而然地走在修养为文质彬彬君子的路上。
自主是书院治学的主要方式。向来崇尚自由探究的学术精神，使自主成为书院教学活动的主要方式。自主即以学生自修和独立研究为主，讲求充分发挥学生的主观性和创造性，培养学生独立思考的能力，这也是古代历代书院一直保留、传承并发展的教学原则。此外，教师传授只作为教学辅助方式而存在。通常，一所书院由一个学术大师教诲指导一群生徒，少则数十人，多则数百人，导师的作用主要在于指点迷津和打通关节，十分讲究因材施教，往往根据生徒不同的自修程度采取不同的释疑解惑方式，给予差异化的指引教诲，或一语中的醍醐灌顶，或略加提示引发自悟，或质疑论辩反复探究，方式虽异却均以注重引发生徒自行阅读学习、自我钻研思考、自我领会深造为出发点，更加养成了书院治学的自主方式。
自由是书院治学的品格。书院的自由品格体现在入学、教学等多个方面。书院摒弃“学在官府”，把原本属于少数贵族特权人士的知识和教育，普及至占社会绝大多数的社会中下层平民子弟，无论远近贵贱，均可自由选择就学，并成为贯穿书院存在发展中始终如一的品格；书院在教学中秉持“亲师取友，切磋琢磨，所以讲明义理”
，鼓励师生之间相互质疑问难，倡导同学之间相互质询切磋，治学路上师生授受平等，教学相长，共为体道悟道求道的同路益友；书院践行有教无类、百家争鸣的施教方针，允许不同学派共同讲学，欢迎各地各界人士前来自由听讲，不同学派的名师与书院师生平等交流论辩，在探究异同论争观点的对话中，真正促进学术学派的发展形成和社会文化的传播弘扬，充分体现了中国古代知识分子坚忍的学术追求和宽广的胸襟气度。
践履是书院治学的取向。书院在本质上以儒家文化思想为核心，力求知行合一、躬行践履，儒家“格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下”的理想信念也就成为书院的教育理念，这也决定了其学用一致、经世致用的“力行”价值取向。对于书院而言，伦理道德不仅仅是知识，更是实践理性，道德境界的提升是将道德规范内化为内心的道德自觉进而展开道德实践实现的。正如明代东林书院对联所言，“风声雨声读书声，声声入耳；家事国事天下事，事事关心”，书院在传授道德义理，修养圣贤人格的同时，还鼓励生徒走出书院，考察名山大川、风俗人情，完善其知识结构，磨炼其意志，培养“以天下为己任”的社会责任感和治国安邦的才能，体现着中国古代知识分子个人修业与国家情怀的完美结合。
千余年的发展中，书院始终坚持德行并重的目标追求，在发扬儒家积极入世的人生观、价值观的基础上，在注重锤炼生徒的道德修养、道德人格和精神境界的前提下，开展谨严、自主、平等、践履的教育教学过程，充分实现了古代书院对知识分子的价值引导，即崇德笃学、以天下为己任、践履抱负，这不仅是书院的教育指向，更成为书院安身立命之核心基础。