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哲学的认识论、方法论如若想继续发展还是需要科学探索的支撑的，亦即思维科学的基础拓展。认知发展心理学则仅是认识发展的外在表现，虽然有普遍的随时间变化发展的规律，抑或是长期的进化成为周期性的认知发展规律，也只是用在儿童青少年教育方面。认识论不仅仅限于逻辑、数学和心理学的范畴，更需要物理学、生物学、生理学的实验支撑作为基础。物理概念是建立在具体事物基础上的抽象，逻辑和数学也是起源于思维与客观物理世界的互动，生物则是人类思维的物质基础左右着人类大脑思维的发生、发育和发展。
科学认识论在理论与实践上更接近认识的实质，科学认识论的发展直接可以导致思维形式的变革，使思维形态可以科学地仿制、再现，甚至于产生人工智能及其他物质基础的思维形态。显然，科学认识论的根基是大脑神经生理发生、发育的机制以及与之相适应的联结机制和运动形态。
在传统认识论的形式逻辑当中，每个逻辑的概念点都有对应的神经生理的运动生成。原初最简单的是大脑的印象反映客观实物对应的名称概念，在康德那里称为先天的物自体，其实是外界的思维场的感应映射。既然有相同的大脑结构，就会产生相同思维的感应，成人的思维形态感应到儿童的大脑中，通过互动的教与模仿，儿童的大脑对外界的各种有边界印象产生对应概念（词汇）的联结。
从生物物理上讲人的大脑神经系统是思维的物质基础，思维的发生是在脑细胞发育成熟后产生的显意识，发育前期脑神经能够感应到外界的思维场，形成印记，但未形成记忆，因而只是直接的外界刺激的反映和反应。当大脑神经元和突触不断地发育连接，各个功能区功能逐渐完善，完整的思维状态才会构成。记忆和自我阅读的功能机制形成则产生了去中心化的自我意识，这时大脑会产生主动思维，可以加工外界信息并输出。
科学认识论除了建立认识的物质基础，还构建认识自身的完整性，发展传统的逻辑思维体系，出发点是发现传统逻辑的缺陷，扩展边界条件予以补充，或者能够发现新的思维工具，对于反身抽象、逆向思维、对立统一的辩证思维的具体应用则会产生可具体操作的方式，从而提升人类的思维水平。
强调认识论的科学基础意味着需要从思维的基本物质出发，逐一进行层级分析，但是很明显单一的隔离分析是得不出结论的，应用复杂的系统理论、协同理论等才可能构造简单的思维形态模式。认识到了思维的本质属性，才能了解思维形态，才能够发现新的思维方法，当然对宇宙未知的事物也能够通过思维的映射能力推导出一部分未知世界（物理数学公式推导出的结论）。在纯哲学认识论方法论层面挖掘新的思维工具是不容易的，其中很重要的是形式逻辑发展至数理逻辑已经成为必然的因果关系链形式，并成功应用在计算机技术领域，代替了很大一部分人的思维劳动，如用计算机证明的著名数学难题就代替了数学家的一部分工作。
因而，在直觉、灵感思维的产生还未认知清楚的状况下，科学认识论所要开发的新思维工具也必然是新的逻辑运演形式。其中主要的突破点是直觉跳跃式逻辑思维的形式，即中间没有严格推演过程直接得到结论，但总体符合逻辑。这样的跳跃式推理典型的是费尔马大定理的产生以及后来的漫长证明过程，费尔马开始声称有绝妙的方法证明费尔马大定理，写了简单的寥寥几笔，但是后来的数学家证明却延续了300多年（1637年提出——1995年彻底证明）。这样从直觉到最终的逻辑证明，其间有很多弯弯曲曲的逻辑通道，最终可以建立起联结。
从认识论的科学基础出发可以推知哲学认识论方面的假说、猜想、悖论是怎么产生的，为什么那些著名哲学家会有奇妙的认识直觉、猜想、假说，然后就会停止徘徊，打开这些谜团新的思维工具自然就会展现。
哲学认识论的发展与科学的发展紧密相关，每当人类有了新的思维工具后，科学活动水平就会上一个新台阶。当思维工具逻辑分析日趋完善，个体分解研究解决不了整体问题时，更多的科学家则将整体思维方式（不同阶段的思维方式联合，多种思维方法组合形成系统思维）作为科学研究的方法工具，思维方式从分析向综合发展。同时科学也从分析阶段向系统综合阶段发展。