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集中代理支付，顾名思义就是，将原来分散于集团各成员单位的支付业务集中到集团资金管理中心或财务共享服务中心办理，通过集团公司资金结算账户支付到商品或劳务提供者的银行账户，从而实现全集团资金的统一支付管理。资金集中代理支付业务的应用场景是：已经实行资金集中管理的集团公司，并且采用统收统支（收支两条线）模式。
资金集中代理支付的本质是从集团公司总部的资金账户上，付款给为成员单位提供商品或劳务的供应商，说直白点就是集团总部代替成员单位对外付款。这里面有一个核心问题，就是供应商开具的增值税发票上的单位名称同实际付款单位的名称是不一致的。按照我国有关税法律规定，税务抵扣要遵循“三流一致”或“三流合一”的原则。所谓的“三流一致”，指的是资金流（银行的收付款凭证）、发票流（发票的开票人和收票人）和货物流（商品或劳务流）相互统一，也就是说收款方、开票方和货物销售方或劳务提供方必须是同一个法律主体，而且付款方、货物采购或劳务接收方必须是同一个法律主体，如果“三流”不一致，将会影响企业的税务抵扣。
集团公司实施资金集中代理支付业务，必须解决“三流合一”的问题，否则将会给成员单位的业务带来一定的影响。从笔者多年的实践经验来看，解决这个问题主要有下面三种方案。
集团总部在办理对外代理支付业务时，按照常规的操作模式，直接从集团总部的资金账户上付款。因货物采购方和实际付款方不是同一个法律主体，这就需要集团成员单位在同供应商签订商品或劳务购销合同时，在有关支付条款上要增加“购买商品或劳务的款项由集团公司代理支付”的内容，并详细列明具体支付公司的名称和银行账号。这样既能规避可能发生的支付风险，也能满足供应商的报税需求。
这个方案的优点是集团公司的资金管理系统不需要进行优化改造，可以快速部署实施。缺点是成员单位在同供应商谈判时，要让供应商接受集团代理支付的付款方式。一般来讲大部分供应商能接受这样的支付条款，但也有个别供应商会有异议或不接受，特别是一些强势的供应商。遇到这种情况，集团公司和成员单位要有相应的解决方案，最大限度减少因集中支付给企业业务带来的影响。
该方案简单易行，一般适应于集团公司实施资金集中支付的初级阶段，特别是合同类支付业务量相对较少的集团公司。对于业务量较大的集团公司，该方案作为过渡方案尚可，不建议长期应用。
为了解决集团公司集中代理支付问题，国内的多家商业银行推出了联动支付业务。所谓的“联动”是指集团总部和成员单位银行账户之间的资金划转。要实现“联动支付”必须具备两个条件：一是开通银企直联；二是上下联动的银行账户必须属于同一家金融机构，也就是说集团公司总部和成员单位必须在同一家银行开立账户。
联动支付的基本业务流程是：成员单位通过业务系统提交付款申请，完成业务及财务审批后，由集团总部资金管理部门通过银企直联发起对外支付，银行根据付款单上的相关内容，先将集团总部资金账户上的资金划转到申请付款的成员单位的银行账户，然后再从成员单位的银行账户上完成对外支付。集团总部资金下拨到成员单位和成员单位的对外付款，是在银行业务系统内自动完成的，不需要企业再填制任何支付单据。供应商收到货款后，其银行回单上付款单位的信息同签订购销合同时的信息是一致的，该方案较好地解决了“三流合一”的问题。银行一般都推荐集团公司使用该方案。
银行联动支付业务可以把它理解为一笔付款申请，两笔转账业务，三笔交易记录。一笔付款申请：成员单位向集团总部发起一笔付款申请，收款方为供应商的银行账户，付款方为成员单位在银行开立的银行账户。两笔转账业务：集团公司总部的银行账户下拨资金到成员单位银行账户，成员单位银行账户付款给供应商。三笔交易记录：集团公司总部账户下拨资金到成员单位银行账户，成员单位银行账户收款，成员单位银行账户付款给供应商。
该方案的优点是集团成员单位的对外支付业务，最终是从其自己的银行账户上完成对外付款的，不存在发票流和资金流不一致的情况，并且银行账户之间的资金划转是银行自动完成的，效率高。但该方案的缺点也很明显，本来一笔支付申请，只要一次转账即可完成对外付款，而采用联动支付方案后却增加了一笔转账支付和一笔业务记录；与此同时相对应地增加了两笔会计凭证和两笔银行对账记录，这无形中增大了会计核算的工作量。另外，由于联动支付业务限定在同一家银行内实现，需为此新增加一些银行账户。
结算中心代理支付方案是将集团公司总部对外结算的银行账户同结算中心系统中成员单位的内部结算账户关联起来，通过银企直联实现联动支付。该方案的实施要具备三个条件：一是集团公司要建立结算中心系统，且各成员单位必须在结算中心系开设结算账户；二是集团公司需要开通银企直联；三是银行的业务系统要同结算中心系统进行数据集成。在这三个条件中，前两个相对比较容易实现，第三个有一定的难度。
一般来讲，商业银行对客户提供的金融服务都是标准化的产品，基本上不提供个性化的产品服务。而该方案的核心就是通过结算中心账户同银行账户之间的关联关系，实现联动对外支付，银行的支付系统和企业的结算中心系统必须进行相应的优化改造，否则将无法满足代理支付业务的需要。具体的数据集成方案如下。
代理结算账户是代理支付银行和集团公司总部共同管理的支付账号，是实现代理支付的核心内容，其编码规则一般是“集团支付银行的银行账号+成员单位结算中心账号”。如果集团公司开通了多家银行的代理支付业务，那么对应的成员单位就要设置多个代理结算账号。
对于结算中心系统来说，集团成员单位除了开设基本的内部结算账户外，还要按照不同的代理支付银行，设置对应的代理结算账户，这就要求结算中心系统能够支持用户进行多账户管理，在一个成员单位的基本结算账户下，可以对应设置一个或多个代理结算账户。
在结算中心系统完成代理结算账户的设置后，集团公司总部需要将成员单位的名称和代理结算账号报送给代理支付的银行，银行将集团成员单位的代理结算账户同集团总部代理支付的银行账户，在银行的业务系统内建立关联关系。该功能属于企业的个性化需求，需要银行对其业务系统进行优化改造。
结算中心代理支付的业务流程同银行联动支付的流程大体相同，只是在银行联动环节有些差异。第一步是集团成员单位在其业务系统中发起支付申请，完成业务和财务等环节审批后，流转至集团总部的结算中心（财务共享中心）；第二步是结算中心系统根据成员单位提交的支付申请，自动生成对应的付款单，付款单的内容包括收款单位的信息、集团代理支付银行的银行账号和单位名称，以及成员单位的名称和代理结算账号；第三步是集团总部结算中心通过银企直联提交付款单，银行收到结算中心的付款单后，按照付款单上的信息在集团总部的银行账户上完成对外付款；第四步是代理支付成功后通知结算中心并在结算中心系统内相应减少成员单位的结算中心存款，同时自动生成银行回单。银行回单上支付单位的名称是集团成员单位的名称和对应的代理结算账号。在结算中心代理支付业务中，成员单位的银行账户并没有发生任何的资金流动。
如果某一笔付款业务有问题，收款单位可以按照银行回单上的银行账号将款项原路退回，这一点非常重要。目前国内有些商业银行也有代理支付服务，但大部分是单向的，只有付款功能而没有款项原路退回的功能。在同银行洽谈时，一定要要求银行能够做到付款和退款双向联通。
该方案是在上述两个方案基础上的创新应用，它完美地解决了集中代理支付模式下的资金流和发票流不一致的问题，同时也不需要成员单位在集团总部的代理支付银行开立银行账户。该方案是集团公司集中代理支付的优选方案。笔者供职的公司采用该方案处理代理支付业务已经有5年多的时间，累计办理代理支付业务有数百万笔，几乎无差错，实践证明该方案是可行的。
但是，由于该方案涉及银行业务系统和结算中心系统的改造，需要银行和财务软件厂商的积极配合。结算中心系统的改造对财务软件厂商来说基本上没有问题，完全可以按照企业的要求进行。但银行业务系统的改造就有一定的难度，有些商业银行甚至不提供这方面的服务，这就需要集团公司与银行进行积极的沟通协商，建议多找几家银行进行洽谈，只要努力总会有解决方案的。