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“城市是生命体、有机体”是超大城市治理的第二大理念，它强调看待城市的理念要发生根本变革，突出城市作为生命体和有机体的整体存在，这也是疫情防控对城市治理的最大教训。2020年3月10日，习近平总书记在湖北省考察新冠肺炎疫情防控工作时指出：“城市是生命体、有机体，要敬畏城市、善待城市，树立‘全周期管理’意识，努力探索超大城市现代化治理新路子。”对于“城市是生命体、有机体”的论断，既可以从其功能理解，又可以从其构成理解。人有大脑、心脏，城市也有大脑、心脏，人有细胞单元、组织单元、子系统，城市也具备这些要素，这是从其构成来理解城市生命体。生命系统具有新陈代谢、生长发育、应激性、自适应性、遗传与变异等功能，城市也具备类似的功能和特征。
从学术研究的角度看，“城市是生命体、有机体”是一种兼具本体论和认识论的论断，为理解城市治理、诊断城市问题和实现城市可持续发展提供了新视角。本体论强调城市本身就是一种生命体、有机体，它是生命体、有机体的一种表现形式和类型，与其他生命体、有机体不存在本质区别。认识论则主要是从生命体的视角认识城市，借鉴对生命体的认知帮助我们理解城市。以生命体和有机体来看待城市是城市知识的观念变革，它改变了过去将城市作为增长机器、钢筋水泥、生态花园等的观点，强调城市也具备生命体、有机体的特征，存在生命周期和孕育、生长、成熟、死亡等可能性，将城市的交通拥堵、环境污染、公共卫生危机等称为“大城市病”。
将城市当作生命体、有机体，会对城市治理带来根本性变革，体现在城市治理的理念与目标、任务与重点以及评价机制等方面。将城市作为生命体、有机体，要求城市治理理念以人为本。理念的变化也会导致目标变化，以人为本的城市治理理念就将经济增长放在次要地位，强调不能为了经济增长而忽略民生和社会保障，这也意味着城市发展需要经济、社会、生态的协同发展。城市治理的重心与任务发生变化，更多地关注影响城市健康运行的要素与系统，例如城市公共安全、公共卫生、重大疫情防控、民生保障、城市设施的人性化、职住平衡等。衡量一个城市治理的好与坏，不仅要考虑其地区生产总值水平，更要考虑居民获得感、幸福感和安全感。