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知识体系和概念的历史性不难为人所识别，但以科学主义面目出现的方法论的历史性、地方性则不易辨别。笔者认为，政治学科诞生以来的研究方法是知识体系的一个重要组成部分，也是特定国家特定历史经验的产物。流行于欧陆的制度主义方法论当然是基于欧陆政治传统，尤其是为证明代议制的优越性而产生的。研究欧洲政治制度史的目的是证明“真正正当的统治权理论是代议制政府原理，亦即所有的专制权力不论以什么名称和在什么地方出现，都是完全不合法的”
。至于代议制政府是实行议会制好还是总统制好，都是对英国和美国的政治制度的制度主义描述，对代议制研究并无多少实质性价值，尽管20世纪80年代后的新制度主义政治学又展开了一轮总统制-议会制的争论。
之所以说这种争论没有多少价值，是因为总统制多或议会制多并不能说明什么问题，实行什么样的政府形式说到底取决于这个国家的历史文明的性质。任何国家都需要解决政治制度问题，因此制度分析看上去很有价值。但是，起源于欧陆的制度主义塑造的历史观是：代议制政府是最好的政府形式。而代议制政府是社会史的产物，这种历史观无疑是要以一种文明的政治制度取代其他文明的政治制度。
二战后，欧陆的制度主义式微，以国家、政府等为代表的“高政治”研究转向社会成员的个体行为、团体行为研究，行为主义社会科学一统天下。在制度主义政治学让位于行为主义政治学的发展中，统计学、心理学、经济学涌进政治学，基于个体行为的研究试图一劳永逸地解决所有政治问题。这其实是自由主义鼻祖们的梦想。在霍布斯看来，要认识国家，就要理解构成国家的“部件”，即个人，就像认识钟表要首先认识其零件一样。“人”是什么？在霍布斯看来，人就是能进行利益计算、趋利避害的“理性人”
。沿着霍布斯的开宗立派之论，卢梭断言，只要理解了作为“理性人”的人性，人类政治的种种烦恼就能得到永久性消解，就能创造一个至善的共和国。
此后，“理性人”假设成为论证资本主义社会合理性的最重要的立论。
在政治思想史上，这种宏论并不鲜见，其作为研究经济生活的方法也可以理解，因为经济交易具有个体性。但是，在社会科学知识体系中，把这种解释经济生活的方法论用于关注公共生活的政治学，确实是一场政治思想的革命。政治学和经济学虽然关系密切，但根本志趣南辕北辙，经济学关心的是资源配置最大化的效率问题，政治学关心的是秩序稳定下的公正问题，而效率和公正具有与生俱来的张力甚至冲突性。但是，在资本主义社会，尤其是在美国这样的个体中心主义的资本主义社会，公正历来不是核心价值，政治学必然要依附于经济学以捍卫资本主义社会，以追求效率而牺牲政治学的学科品格。
虽然“理性人”假设诞生于欧洲，但欧洲毕竟有着深厚的人文传统，理性选择主义这样的为个体主义张目的方法论还不至于独霸一方。不同于欧陆，“新大陆”在原主人被种族灭绝后，就是一块“无主地”，奉行先占先得原则。广袤无垠的新大陆为释放人性之私提供了前所未有的机遇，从东部扩张到西部，从北部扩张到南部，信奉约翰·洛克的劳动之果才是财富的殖民主义理论的白人肆意扩张，因此美国就是一个由个体主义原则塑造的“例外国家”。这样的历史意味着美国就是“理性人”的天选之地，个人利益至上的行为原则进而上升到政治学学科高度，成为一种科学主义的研究方法，进而让个体主义原则进教材、进课堂、进头脑。老谋深算的保守主义者列维-施特劳斯曾批评，个体化的团体政治研究代替阶级政治研究，掩盖了政治的本质。
殊不知，“去政治”的政治学（社会科学）正是为了掩盖政治的本质。
理性选择主义是一个以“理性人”为核心的家族概念。首先是社会选择理论，“阿罗不可能定理”是其代表。该定理认为，不同的个人或者人群在不同的议程上存在不同的意见和诉求，即使今天在A议程上形成了多数意见，明天这群“多数意见”在B议程上就可能是分裂的，因而永远不可能形成稳定的多数。既然不存在稳定的多数，也就不存在所谓的公共利益，不存在为实现公共利益而存在的公共产品。
这种以科学方式论证的“博弈论”的实质就是否定公共福利这等公共产品，而且论证上的“科学性”完全有违现实政治的真实性。例如，难道美国的中下阶层不需要早就在欧洲实行了的社会保障（诸如医疗保险、失业保险）吗？难道生命安全不是绝大多数美国人最迫切、最稳定的诉求吗？这种方法论的深入人心最终把以个体主义为本体论的资本主义社会推向极端化，政治因此也呈极化状态。
其次是公共选择理论。以布坎南为代表的理性选择主义者认为，正如存在一个经济市场一样，也存在第二个市场即政治市场，政治家与选民之间的关系是生产者与消费者的关系，政治家生产政策这样的产品，选民以选票购买政策。
这是一般性的理想状态。其实，正如商家可以恶性诱导消费者一样，以个体主义为本位的政治家同样可以用恶政诱导选民，如欧美基于认同政治的民粹主义政治的兴起。在欧美，很多政党为了选举的需要而不惜牺牲国家利益，例如立陶宛甘当美国的马前卒而不惜得罪俄罗斯和中国；美国国会议员为诱导选民助其实现军工利益集团的利益而窜访台湾，恶化了中美关系并最终可能伤及美国的根本利益。这样，在公共选择学派那里，历来讲究秩序、公正、美德的政治在“二级市场”上被“贱卖”了。
最后是理性选择制度主义。该主义讲的是“理性人”的价值偏好受到制度约束，这似乎是对理性选择主义的一种矫正。但是，“制度”是什么？美国宪法规定的个人有权持枪条款，就是一项根本性制度，但是这种前现代的、人口稀少的、处于丛林规则的社会所规定的制度，在今天意味着什么？那就是美国每年有3万人左右死伤于枪击案。另外，“制度”的空间有多大？几条简单的规定，例如修宪需要2/3议员和2/3州的同意，让保护生命的诉求，如控枪诉求屡次落空，原因在于200年前的两个2/3是可及的，无论是议员人数还是州的数量，2/3多数都可能通过协商达成。但是，时间到了今日，议员人数和州的数量，都很难使得2/3多数成为现实。于是乎，很多急需解决的问题无解，前现代社会制定的宪法完全不适用于今日之美国，“否定型政治”的根源在美国宪法之中。
总之，理性选择主义之所以在美国大行其道，是因为美国起源于个体主义肆意扩张的“理性人”社会；在此基础上，“理性人”方法论的流行巩固了个体主义社会，即将资本主义社会极端化，形成了不同于欧洲福利资本主义、社会资本主义的自由资本主义。“新大陆”让自由资本主义野蛮生长，但从百万人、千万人、一亿人再到几亿人的美国，仅在空间意义上，就会使得自由资本主义受到国内空间的约束。另外，自由资本主义的前途也取决于对世界市场的支配地位，当世界市场的支配权从西方转移到东方后，自由资本主义的世界空间也必然会受到挤压。这也意味着，为极端化个体主义论述的理性选择主义的解释力和生命力必然会受到质疑。在政治思潮上，社群主义的兴起就是对以个体主义为本位的自由主义的一种反思和批判。
主张社群主义的西方学者突然发现，儒家中国就是一个天然的“社群主义社会”。如果说“人”在西方自由主义那里是个体（individuality），那么儒家的“人”则首先是“仁”，即基于仁爱的集体。因此，不同于“理性人”假设的个体主义，中国人必然处于“仁”的“关系主义”之中，人是由历史、思想和社会关系所塑造的“社会人”。英国著名政治学家芬纳这样说：“中国的政治制度和希腊以来的西方传统完全不同。事实上，二者是截然相反的。它的政治制度、社会结构与主流的社会价值相辅相成，这是自早期的美索不达米亚和埃及政府以来从来没有过的，特别是西方更不曾出现过。因此，中国稳定、持久的社会政治体系与躁动不安的西方相比，后者更依赖于自由行动与个人责任；而前者更依赖于集体，每一个人都要为其他人的错误承担责任。”西方传统体现了人类在法律和上帝面前人人平等的概念，而中国与之相反，一开始就是等级式的人际关系，但是“在中国的政治体制中，所有这些不平等都被导入一个总体上和谐的有机社会”
。确实，在这样一个由等级构成的和谐社会里，“国家”只是“家庭的国家”，即家庭的放大，从来不存在西方式的对立性的国家-社会关系，因为“国”和“家”从来都是一体化的。用李泽厚先生的话说，中国文化是相对于西方个人主义文化的“关系主义文化”，而这种“关系主义”建立在家庭本位之上，国家是家庭的放大版。因此，正如专门研究中国哲学的美国教授所言：“在西方传统中，独立自主的个人占据着重要位置。要在中国传统范围内寻找这种西方知识分子所推崇的主导思想，将是徒劳的。更重要的是，表述这些思想成分的价值观、行为以及制度在中国传统中不存在。”
他们还深刻地指出：“政治与经济同是文化的表述，它们的效能必须与其他的文化价值观一起来评估。而且特别要指出的是，我们认为自由主义的、个人主义的和以权利为基础的民主以及自由企业资本主义，都是西方现代性历史发展的具体产物。因此，任何试图将这些东西在各文化中普遍化的做法都可能是愚不可及的……一个明显的含义是，把所有这几件起作用的东西照搬到中国去，就会大大改变中国的特性，实际上将把整个中国社会改造成一个外族历史叙事的终端。”
中国“人”和西方“人”存在本体论属性的差异，但是在很长一段时间里，基于“理性人”假设的政治学方法论却是中国人学习的教材。以理性选择主义方法论研究中国历史和中国政治，必然会把中国变成一个人面狮身的怪物。中国政治学必须寻求自己的出路，建构自己的研究方法。