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1928年5月上旬，在关内的奉天军受到国民党军的压迫，逐渐向北方退却，已经呈现不能留在关内的状态。在北京的芳泽公使根据东方会议的决议发表声明说，国民党军若跟随奉天军进入关外，对满蒙有特种权益的日本是不能默视的，警告了国民党军。于是，关东军也于5月9日以后向奉天集结兵力，从朝鲜派遣的混成旅团也逐次向奉天集中。
接着关东军根据东方会议的决议，为解除关内败归的奉天军武装，准备向锦州方面转进。关东军在满铁之外地方行动时，必待奉勅命令。关东军司令官通过参谋总长督促该命令的下达，内阁总理田中义一却左推右托，不履行奉勅命令的发出手续，延误很久。此时在关内的奉天军每天由铁路运输或步行回到关外，5月20日前后已到奉天省者有5万余人，继续败退的兵力约25万人。
如是，关东军为等待勅令空过了宝贵时日，再向锦州方面转进，是腹背受敌的不利态势，结果失掉了转进机会，陷于进退维谷之窘境。相反奉天军方面连日增加兵力，呈现优势，侮日气氛与日俱增，日本军将兵及日侨一般愤懑达于极点，呈现一触即发的局势。于此，关东军司令官村冈长太郎日夜焦虑如何脱此困境？在奉天中日两军的冲突虽不足惧，但难于保护散在各地的日侨及满铁防卫的安全。因此，只有将奉天军的统帅张作霖弄死，打乱其指挥系统，暂时避免彼我的冲突，此外别无良策。并且认为，尽可能在关内暗杀张作霖最好，所以拟派军司令部附竹下中佐到北京会见北京公使馆武官建川美次及天津驻屯司令部铃木一马，委托其协力解决；并决定竹下于5月25日出发前往平津。
竹下中佐出发时到参谋部谈了他的使命。关东军参谋部各参谋得知军司令官有暗杀张作霖的企图后认为，自己不做此事情，而使他人火中取栗，并且认为在北京及天津大概也无法实行。全体参谋认为，村冈司令官既然有暗杀张作霖的意图，我们幕僚不能袖手旁观，应以全力实现其企图。结果一致意见排除依靠北京天津的主张，自己来干，且期其必成。开始时决定在新民府东方巨流河铁桥附近安装爆破装置，但侦察结果，奉天军的警戒很严，所以又变更了计划，决定于皇姑屯东方约1000米的奉山线和满铁线的交接点，此外无适当地点。
可是，该交接点的警备是由独立守备第四中队长东宫铁男大尉担任，因而有得到他谅解的必要，如果可能，委托东宫大尉实施，是为最良之策。为此，把东宫大尉叫到参谋部向他说明一切，并希望得其协助。东宫大尉则主动应允，并且誓言一定满足军司令官以下各位的希望。他希望派神田大尉及桐野工兵中尉辅助。关东军参谋部使菅野工兵少侳准备电气工具及炸药，交给东宫大尉。
如是，东宫大尉于5月28日一切准备就绪，即于皇姑屯东方与满铁交接点装置了炸药，于该交接点的南方约500米的瞭望台上装置了电气机，又于奉山线上装置了脱线器两条。准备完了，静待张作霖的列车到来。据北京建川的情报，张作霖原预定6月1日到奉天，后变更为6月2日自北京出发，3日在锦州受到吴俊陞（黑龙江督军）的迎接，于同日夜自锦州出发，预定6月4日拂晓到奉天。当时关东军参谋部认为有必要确知张到达奉天附近新民府的时间，遂派驻奉天独立守备第二中队附武田丈夫（中尉）到新民府（6月2日），使用当地军用电话与军参谋部联络。
6月4日将近拂晓时，武田中尉通知说张作霖列车已通过新民府，于是立即与东宫大尉联络，命其准备完全。6月4日黎明（午前五时半）张作霖的列车到了皇姑屯，接近交接点。他坐的车（天蓝色铁甲车）到达交接点上时，东宫大尉押了电门，交接点发生大爆炸，满铁的压道车炸得粉碎，张作霖坐的车炸飞车盖，连接的餐车起了大火。这时，警戒交接处的奉天宪兵将受重伤的张作霖抬入汽车，送往督军署。吴俊陞当即死亡，其他死伤者约五六名。奉天则对张作霖的死保持秘密，宣传说他还活着。
事件发生后，奉天军参谋长臧式毅采用极端不抵抗主义，严令无论有任何理由不许与日本军生事，事态是非常平静稳定的。日本方面则由总领事林久治郎于6月4日午前主持召开军官民联合会议，在会议席上林总领事说：关于今天早晨在奉天发生的事件应速调查，使内外（指英美）能明了真相是最紧要的。全场反对，其中宪兵和警察官断然反对调查，说问题是在中国领土上发生的，将惹起国际上的很大注意，日本单独自动调查，有百害而无一利。结果，请示关东军司令官及关东厅长官，而关东军司令官和关东厅长官会商结果，决定对本事件采取不调查的方针，并将此方针指示给宪兵司令官及警察局长。其后从日本内地派遣了调查团体，现地宪兵、警察拒绝协助调查。还有北京的英国人特务毛利逊来调查时，也毫无所获。这样，经过一些时日就成了“谜”。
1928年末，在日本国议会中的民政党议员中野政刚和永井柳太郎，向陆军大臣白川义则大将质问说：本年6月间在关东军警备区内发生了皇姑屯事件，关东军任何人都应负责，而至今竟无一人负责，这不能不认为是军纪弛缓，请当局大臣回答。白川说：现正调查中，判明后即可发表。于是关东军为指定谁为责任者而焦思苦虑，结果是铁道警备的责任者独立守备队司令官水町竹三（少将）及关东军担任警备的高级参谋河本大作二人，受到行政处分而公布了。至此，皇姑屯事件的行政处置告一段落。
关于皇姑屯事件的罪恶行为：我察知村冈司令官有暗杀张作霖的企图后，并未冷静考虑该企图的是非曲直，只是认为司令官的意图完全正当，故而未选择其他合法合理的手段，盲目的规定了实行方案。我认为司令部的高级幕僚应该完全辅佐司令官，因而采取了此种轻举妄动的办法。听到竹下中佐的报告后，即召开参谋部会议，决定了暗杀张作霖的方案，我是该次会议的领导者。据报暗杀地点巨流河铁桥不很适当，我即在图上选定皇姑屯东方南满线和奉山线的交叉点为爆炸地点。我又亲自乘汽车往现地考察，认为该处的交接点最为适宜。东宫大尉，我于1923年在广东与他相识，认为他是刚毅果断的人物，即选定他为本事件的实行者。为了探知张作霖所乘火车由北京出发后的情况，即和北京、天津、山海关、锦州各地的谍报人员取得联系，并根据我的意图派武田丈夫中尉到新民府，又在皇姑屯车站布置密探，计划使密探待张作霖所乘火车到站或开出时发射信号（花火），但该密探未执行。我事前取得宪兵队长三谷清中佐的充分谅解，约定调派东宫大尉以下神田、桐野、武田等担任该项任务。因为参谋长齐藤恒少将言语不够谨慎，恐其泄露秘密，所以我未将重要问题告知他，多系我自己独断独行。并且村冈司令官也不相信斋藤参谋长，所以重要案件多直接命令我执行。总之，皇姑屯事件的重大问题，其全部责任应归我担负。
摘自《日本帝国主义侵华档案资料选编》卷一《九·一八事变》第46-50页。