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当前，很多商业软件都可以实现科研论文配图的绘制，如Origin、SigmaPlot和Prism等。如果用户想要寻找一款开源且功能强大的绘图工具，那么可以尝试使用R语言。相比最近几年比较火的Python语言（其在可视化领域非常出彩，特别是交互式可视化效果绘制和出版级别插图绘制），R语言作为统计分析、生物医学等领域中常用的编程语言，在数据可视化设计方面也非常出色，特别是在其第三方拓展可视化工具包ggplot2发布之后，其全新的绘图语法，极具创意的图层添加和数值映射操作等，使ggplot2无论在科研绘图还是在商务绘图中，都成为众多研究者和设计者的首选。
在学术论文配图绘制过程中，可以通过ggplot2的数值映射操作灵活地选择研究特征变量，实现大小、颜色、统计分析等步骤的统一完成，这一点和Python的面向对象绘图（Matplotlib库）相比，灵活性大大提高。在偏严谨的科研论文配图绘制过程中，除了使用ggplot2包中常见的绘图函数，还可以使用基于ggplot2开发的多个拓展绘图工具包，如学术配图配色工具包ggsci、出版级别绘图工具包ggpubr以及绘图主题包ggthemes等。