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产业组织理论的渊源可追溯到古典经济学家亚当·斯密关于市场竞争机制的论述。马歇尔由于提出了产业组织的概念和揭示了市场运行中的主要矛盾，因而被看成产业组织理论的奠基者。到20世纪初，垄断竞争理论为产业组织理论的创立和发展奠定了理论基础，是产业经济学最重要的雏形之一。美国经济学家克拉克提出了“有效竞争”的概念，对产业组织理论的发展起了较大的推动作用。20世纪30年代末至60年代，哈佛大学成为产业组织理论研究的中心。SCP分析框架是在贝恩提出的“结构-行为-绩效”框架的基础上逐步完善形成的，谢勒在1970年出版的《产业市场结构和经济绩效》一书中提出了完整的“结构-行为-绩效”分析框架。自20世纪60年代以来，SCP分析框架拓展到芝加哥学派和可竞争市场理论、新奥地利学派和新产业组织理论等。
产业结构理论的渊源可追溯到17世纪英国古典政治经济学家威廉·配第的相关理论。配第、魁奈、马克思与亚当·斯密的研究和发现是产业结构理论的重要思想来源。20世纪30—40年代是现代产业结构理论的形成时期，费希尔、克拉克、赤松要和库兹涅茨等人都有重要贡献。20世纪50—60年代，里昂惕夫、刘易斯、希金斯、赫希曼、罗斯托、钱纳里、希金斯和一批日本学者等人是主要的代表人物。
产业关联理论思想来自法国重农学派的代表人物魁奈。投入产出分析法是由里昂惕夫在20世纪30年代提出来的，其思想来自魁奈的《经济表》、马克思的两大部类再生产理论和瓦尔拉斯的一般均衡的市场相互依存理论。
产业布局理论的渊源可追溯到1826年德国经济学家杜能的农业区位理论，韦伯系统阐述了工业区位理论。弗朗索瓦·佩鲁在20世纪50年代初提出的发展极理论，后经补充、发展形成了增长极理论。1991年，克鲁格曼建立的中心-外围模型是产业布局理论的新发展。