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布兰德的父亲之所以决定让迈克和布兰德去菲利普斯埃克塞特学院就读，主要是因为这所学校采用的是著名的苏格拉底式教学体系，即“哈克尼斯式教学法”（Harkness method）。这种教育方式是让学生们一起围坐在一张椭圆形桌子旁，老师不会生硬地传授知识，而是鼓励每个学生都参与进来。一开始的时候，布兰德湮没在才华横溢的同学们中，他刚来学校时就留级重读了高中三年级，这使他更加自卑了。而他面临的更复杂的挑战是，哥哥迈克在菲利普斯埃克塞特学院就学时期不仅是一名获奖优等生，而且是足球队和篮球队的队长。
因此，于布兰德而言，菲利普斯埃克塞特学院教会了他如何独立学习和钻研。他本人从来都称不上是个“学霸”，他的特长在于博学多闻，知识面很广，对许多学科抱有浓厚的兴趣。
此外，布兰德很快发现了一种更有用的适应机制，这成为他成年后的人生准则。他发现在同龄人中脱颖而出的最好方式不是随大流，而是打破旧习，走出自己的特立独行之路。说来这也简单，只要去一个不曾有人去过的地方，就可以拥有属于自己的领域。但这种策略也有它的缺陷，比如在菲利普斯埃克塞特学院就读和其他类似的事情里，布兰德经常将人际关系视为一种功能需求，而非情感需求。他会不停地从一件事转移到下一件重要的事，不管对于事还是对于人，他既不流连和回望，也不停留和回忆。
当年轻又充满好奇心的布兰德到达菲利普斯埃克塞特学院时，他发现自己非常适应这所学校的哈克尼斯式教学法，这种教学法使学生能够与导师建立紧密的联系。菲利普斯埃克塞特学院提供的教育是非常个性化的，学生甚至可以与校长直接接触和交流，尤其是当时的校长威廉·格登·索顿斯托尔（William Gurdon Saltonstall），他非常关心年轻的学生们。
布兰德在菲利普斯埃克塞特学院获得的教育不仅使他具备了一套独立学习的技能，而且使他在和美国精英阶层近距离接触的过程中能够真实地了解他们的特点。罗伯特·奥本海默（Robert Oppenheimer）曾被怀疑有政治立场问题，在接受安全审查一年后来到菲利普斯埃克塞特学院待了一周，并在校园里开办了一次关于科学和社会的讲座，后来布兰德称之为他“听过的最精彩、最真诚的演讲之一”。
讲座结束后不久，布兰德的老师邀请他与奥本海默一起喝茶。布兰德当时有点儿害怕，问不出什么问题，但他依然被这位物理学家迷住了。奥本海默本人看起来普普通通，好像没什么特别之处，直到布兰德观察了他的眼睛。“他有一双我见过的最睿智、最友善、最真诚的眼睛”，布兰德在日记中写道。最重要的是，他被奥本海默那种真诚、谦逊深深打动。
在菲利普特埃克塞特学院，布兰德对自然保护问题的关注和热情持续高涨，但其中也经历了一些波折。他的室友读到《纽约时报》刊登的对马萨诸塞州西部一位流域保护社会活动家的简介，并计划去拜访他，以此当作历史课论文中的部分研究，布兰德决定和室友一同前去。于是他们乘火车去拜见了上霍萨克谷水质协会主任。室友的论文侧重于流域保护，而布兰德写的论文则将这位激进主义者描述为领导者的典范。
其间，布兰德阅读了《甜蜜星期四》（ Sweet Thursday ）和《罐头厂街》（ Cannery Row ），这是约翰·斯坦贝克（John Steinbeck）以海洋生物学家埃德·里基茨（Ed Ricketts）的经历为基础写的虚构小说。
在罗克福德的时候，布兰德与一位高中科学老师的关系很好，老师会带他去观鸟。这一经历激发了布兰德早期对生物学的兴趣，且日渐浓厚。布兰德被斯坦贝克笔下描绘的反传统科学家和哲学家的形象吸引，暗自决定要成为像里基茨一样的人。布兰德一边读着来自新英格兰乡下的斯坦贝克的作品，一边对加州心生向往。