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按照清代官制，每年农历十二月中旬，钦天监（即汤若望主持的那个被认为通天通神的部门）都要挑选特定日子，让各衙门封印，不办公事，等到次年正月再开印重新办理政务。
1661年2月6日，农历是正月初八，这一天是钦天监选好的开印之日，京官张宸一早洗漱完毕，正准备穿着朝服入署办公，随从却跑来告诉他：“今天衙门的大门开了但马上又关上了，朝廷只传中堂（大学士）及礼部三堂上朝，而且他们都摘掉了帽缨。现在百官皆已散去，大人您不用去衙门了！”
张宸一听大为错愕。“摘缨”是满人的丧礼习惯，说明有帝后去世，他虽然知道顺治皇帝生了病，可是顺治毕竟还那么年轻，才二十几岁，不太可能吧？
张宸疑惧重重，吃完早饭后便亲自出门探听，但同僚们都和他一样茫然，无法得到确凿消息。此时北京的外城城门已被全部关闭，城防部队实施戒严，大街上寂寥无人，这让大家更加惶恐不安。
中午宫里传诏，让百官穿朝服到户部领帛，然后至太和殿待命，众人这才知道顺治已经驾崩。张宸看到同僚魏思齐，忙向他打听嗣君是谁，回答是：“吾君之子。”
先前顺治提出传位于堂兄弟，廷臣中已有所耳闻，当然也听说了由此产生的争执。有争执，就可能产生政治动荡，包括张宸在内，无不对此感到担心和疑虑，如今听魏思齐一说，张宸松了口气，说：“我的心安定了。”
顺治是在前一天，也就是2月5日凌晨去世的。死前他听从了孝庄和汤若望等人的建议，决定舍去福全，以玄烨为储君。这其中，汤若望的直抒己见起到了关键作用，时人对此倍加称赞，认为汤氏“最后则直陈万世之大计，更为举朝所难言”。
二更天后，朝廷向百官发布顺治遗诏，遗诏中明确宣布玄烨为皇太子。接着宣诏官又让百官勿退，等候新天子登基。
整个紫禁城都被笼罩在一片幽暗哀戚，但又让人有所期待和希冀的氛围当中，宣诏的时候，还颇有呜咽失声者，如今官员们全都擦干眼泪，集体露坐于午门之外，在漫漫冬夜和凛冽寒风中等待着新君的到来。
除了继承祖父和父亲的基业外，身为新君的玄烨必须同时接受父亲去世的现实。按照皇帝丧仪的要求，宫人们剪去他的发辫，给他穿上全白的缟服，带着他前往乾清宫。顺治的灵柩就停放在那里，隔着上绣九龙的黄色帐幔，父子已然是天人永隔。
玄烨在顺治的灵前行礼受命，刹那间，丧钟齐鸣，无数低沉的声音在冬月的京城上空进行穿越，仿佛都在做着最后的告别。
在得以返回皇宫前，玄烨没有多少关于父亲的印象，等到回宫，与父亲近距离接触的机会也不多，大多数时候都是站在人群中默默注视，如今连这种默默注视也变得不可能了。从此以后，他只能在童年的零星片断记忆中竭力搜寻父亲的身影，其中也包括那段被迫与父母长期分离的避痘岁月。
直到晚年，玄烨还无限感慨地对身边人说起：“朕幼年时，未经出痘，令保姆护视于紫禁城外，父母膝下，未得一日承欢，此朕六十年来抱歉之处。”尽管话语中仍不胜凄凉之感，但显然并没有对父母亲的任何抱怨，有的只是歉疚和遗憾。
怀念父亲最好的办法，莫过于遵其所嘱。2月7日寅时（凌晨三至五点），八岁的玄烨登上了俗称金銮殿的太和殿，“即皇帝位”。百官向他叩头行礼，随后新君颁诏大赦天下，改明年为康熙元年，玄烨成了康熙皇帝。
登基典礼由其祖母孝庄皇太后亲自主持。孝庄是个很节约的人，顺治遗诏十二款，有两款都是关于生活浪费的自我批评，“无益之地，靡费甚多”，它们其实都出自孝庄的意思，是孝庄借顺治的口气在责备儿子。不过孝庄为康熙登基所安排的卤簿仪仗，却没有一件是顺治用过的旧物，看上去焕然一新，于哀戚中尽显皇家之富丽。显然，孝庄一方面要以喜气来冲淡丧子的悲痛，另一方面也对康熙这个自己最疼爱的孙子寄予厚望，所以在他的登基大典问题上绝不肯草率。