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玄烨迁出紫禁城后，孝庄既不能随同住到城外，又不能每天往返奔波，便让苏麻喇姑代其予以照看。
苏麻喇姑是自幼随侍孝庄的亲信侍女，仅比孝庄小五六岁，孝庄出嫁时把她带到了婆家。苏麻喇姑聪明伶俐，凡宫中后妃衣冠式样都由她手制，深得宫人们的推崇和孝庄的信赖。按照孝庄的嘱咐，当时已年过四十的苏麻喇姑每天都要骑马往返于皇宫和玄烨的住处，风雨无阻地前去看望玄烨。
孝庄、苏麻喇姑的特殊关照，保姆、乳母以及其他宫人的精心护理，终于帮助玄烨闯过了鬼门关。只是像所有出痘者一样，他的脸上也留下了麻点——玄烨幼年时就长得五官端正，双目炯炯有神，脸上那些不太显眼的痘痕应该算是相貌上唯一的缺憾了。
玄烨从此再也不会感染天花了。正因如此，麻点也被解释为一种吉相，很多满人认为，小皇子是天赋神佑，在庙中得到了天花女神或诸如此类的神明佑护，否则没法解释他为什么能够侥幸存活下来。
对于玄烨能够顺利出痘，孝庄自然极为高兴。她只有顺治这一个儿子，因此从小到大，对顺治都有些溺爱，用顺治自己的话来说，“皇太后生朕一身，又极娇养”。可是顺治长大亲政后，母子关系并不和谐，这让孝庄认为自己在教子上是失败的，为免重蹈覆辙，她虽疼爱玄烨，但绝不再予以娇惯和放纵。
自玄烨逐渐懂事起，孝庄便从饮食、言语、举止等方面进行严格规范，要求他就算是一个人独处，也不能依着性子想怎样就怎样，其间一旦发现玄烨不肯做或做不到，就会立即加以批评和纠正。
以“俨然端坐”为例，孝庄时刻告诫玄烨，说你在行立坐卧时千万不能回头看或者斜视，因为这样不但影响个人形象，而且容易犯忌讳。玄烨以后不管是在公开场合与人议事，还是私底下与亲属闲聊家常，也不管当时的情绪状态如何，都始终能给人一种庄重严肃、稳若泰山的感觉。他自己说，这些习惯都是“自幼习成，素日涵养之所致”。
实际上，孝庄是在以未来帝王的标准对玄烨进行培养，诸如“俨然端坐”之类，都是皇帝举止修行的基本功。除此之外，她还经常结合自己的亲身经历，给玄烨讲述祖父皇太极当年披坚执锐，征战四方，以及顺治等父辈进关统一天下的故事。这极大地增强了玄烨的使命感，以天下为己任，做一个祖父辈那样的英雄豪杰，从此成了他的人生理想和目标。
大清政权出自满洲，要继承祖业，首先要学习满文。玄烨后来告诉别人，他四岁的时候就已经知道怎么读书了，实际上就是指他那时候已经学会了读满文。
玄烨的辅导老师是苏麻喇姑，在他避痘期间，苏麻喇姑一面奉孝庄之命，继续对他的言行举止、生活习惯进行规范，一面教他读写满文。苏麻喇姑和孝庄一样都是蒙人，本来并不会满文，孝庄出嫁后开始学习满文，她陪伴在侧，耳濡目染，竟也熟练掌握了满语和满文。在苏麻喇姑的悉心教导下，成年后的玄烨满文功底深厚。不仅能写一手漂亮的满文，而且可以随时指出臣下满文奏折中出现的文辞错误。
按照清制，皇子五岁必须入书房读书，主要通过阅读童话故事、启蒙读物之类书籍来学习汉文。这是玄烨正式入学的开始，莎士比亚把学童时期作为人生第二阶段，按照他的描述，这个人成了“背着书包、满脸红光的学童”，而且常常都是“像蜗牛一样慢腾腾地拖着脚步，不情愿地呜咽着上学堂”。玄烨与之不同，他不仅对上学不抵触，而且很爱学习，读起书来非常认真，经常为此废寝忘食，以至于保姆不得不经常把他的书藏起来，以便可以让他稍事休息。
除了依制入学外，皇子们还要练习随众上朝，站班当差。由于玄烨个子太小，跨不过门槛，他只能由宦官抱入门内，但他非常懂事，无论言行举止都很像一个稳重的大孩子。
借助于上朝的机会，玄烨才得以长时间地站在皇父面前并且看到他。此时后宫情形早已发生变化，董鄂妃所生的皇四子仅仅三个月后便不幸去世，而玄烨在皇祖母的极力维护下，处境逐渐好转，顺治终于开始用一个父亲应有的态度来对待他和其余皇子。
六岁时玄烨重新回到宫中。回宫后他和母亲佟佳氏的接触多了起来，双方感情融洽，这使母子都大感安慰。与此同时，他与父亲的距离也拉近了一些，有一次他和哥哥福全、弟弟常宁一道去宫中向顺治请安。顺治问起每个人的志向，三岁的常宁自然说不出什么，福全表示愿为贤王，只有玄烨果断地回答：“等我长大了就效法皇父，凡事都要尽力而为。”
显然，玄烨的志向和抱负就是要继承皇位。原本四皇子出生时，顺治的意图是要定他为嫡子，让他继承帝位，四皇子一死，这个念头便只好断掉了。之后，董鄂妃因忧伤过度，身体欠佳，未再生育，顺治也没有心情再考虑皇嗣问题，他与儿子们的问答并无太多深意，所以当场除对福全、玄烨予以口头嘉勉外，未再有任何其他的举措。