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苏纳海等人都是重臣，康熙闻讯，知道他们并没有什么大罪，只不过是惹怒了鳌拜而被妄加罪名而已，于是急忙召集辅臣赐座询问，意图出面进行调停。席间，鳌拜坚决要求处死苏纳海等人，索尼、遏必隆附和，苏克萨哈深知鳌拜挑起圈换事端和严惩苏纳海等人，实际矛头都是指向自己，可他又怕出语反对导致惹祸上身，只好继续选择终席沉默不语。
四辅臣中出现了三比一的局面。“索尼、遏必隆、鳌拜三人均奏称当斩（苏纳海等），逼迫朕杀之”，康熙此时年仅十三岁，虽然平时也经常参加辅臣议政，以从中学习执政经验，但毕竟还缺乏在这种特定情况下的历练，鳌拜等三名辅臣的态度令他一筹莫展，一时也找不出适当的言辞来为苏纳海等人缓解困境。
这时鳌拜不断催促康熙：“臣等所见皆同，请皇上发落！”康熙犹在迟疑，鳌拜干脆走向御前，拿起御用朱笔，写下“苏纳海、朱昌祚、王登联，不遵上命，立即处斩”十七个大字，然后昂首出宫而去。
尽管康熙从始至终“未允所请”，不同意对苏纳海等人重处，只同意了刑部所拟定的处罚，即将三人各鞭一百，没收家产。可是鳌拜事后仍然倚仗在辅臣中的优势，矫诏将苏纳海等三人处以了绞刑。矫诏下达时，苏纳海正被关押在刑部，两名八旗兵突然闯进牢房，凶神恶煞地站到了他的身旁。见对方虎视眈眈地逼视着自己，苏纳海轻蔑地拿眼睛瞟了瞟他们，说：“我是大臣，本有礼仪，快取酒来！”一番痛饮饱餐后，他吩咐家仆把布垫在地上，然后脱衣躺下，盖上被单，拿起弓弦自勒而死。
苏纳海、朱昌祚、王登联为国计民生而抗疏力争，深得民心，直隶百姓认为他们“死非其罪”，在他们死后以地方名宦的身份予以祭祀和悼念。这件事也给年幼的康熙造成了极大的刺激和伤害，直到四十年后提起，仍痛心地说：“至于巴图鲁公鳌拜、遏必隆，为圈地事杀尚书苏纳海、总督朱昌祚、巡抚王登联，是件大冤案……朱昌祚等人不但不应该被杀，也不应该被治罪。”
鳌拜将圈换土地的事宜转交拨地侍郎巴格执行。据巴格奏报，此次圈换共骚扰近京十个州县，这还不包括刚开始时已经圈换完毕的四县之地，旗民及汉人深受其害，失业者达数十万人。
在圈换土地事件中，鳌拜把白黄旗矛盾、辅臣之间的个人恩怨和所谓祖制、“辅臣称旨”交错利用起来，既不理睬太皇太后停换土地的旨意，也无视康熙对严惩苏纳海等人所持的反对态度，唯以打击和制裁正白旗为其目的，其处事之专横，手段之毒辣，皆为时人所瞪目。
康熙开始对鳌拜予以戒备，并在听理政事过程中，多次对鳌拜及其党羽进行抵制。苏纳海等人被害的当年，吏部尚书阿思哈、侍郎泰必图按照鳌拜的意图，提议每省派两名大臣设衙于总督、巡抚衙门旁，以对督抚进行稽查和监视。吏部右侍郎冯溥坚决反对，认为督抚皆国家重臣，派人监视是不信任和不尊重的表现。泰必图听后大怒，“瞋目起立，张拳向冯”，竟试图对冯溥动武。冯溥毫不畏惧，从容驳道：“既然是公议，为什么不容许我再议呢？而且我说得对不对，自有皇上裁断，岂是你们能够擅自做主的！”
冯溥冒着得罪鳌拜集团，可能步苏纳海等人后尘的危险，毅然向康熙递呈奏疏。经过苏纳海案，康熙也提高了观察和分析问题的能力，他知道在与鳌拜集团打交道时，不但不能模棱两可，就是稍一犹豫，都会被对方找到空隙，因此看完奏疏后立即对冯溥表示支持。见康熙态度坚决，泰必图大为沮丧，“反交好于冯”。
孝庄同样受到很大触动，而她所受到的触动，又绝不止于鳌拜不睬其旨意这么简单。当初她和顺治在决定以辅政体制取代摄政体制时，为了对辅臣进行制约，以避免他们逾矩，曾制定协商一致原则，即要求辅臣个人不得单独谒见皇帝或太皇太后，亦不得擅自处理政务，凡事必须四人共同协商，一致同意。辅政期间，只要四位辅政大臣恪守协商一致原则，便没有超出规范，比如在汤若望案中，虽然孝庄对辅臣们的处理方式并不满意，但她也只是抓住机会保全汤若望等传教士而已，未对此案作更多干涉。
可是自圈换土地事件起，协商一致原则便在无形中被打破了，辅臣们已默认只要多数同意，就可启奏并决定重大问题，而再不必一致同意。这意味着辅臣间的权力平衡关系不复存在，而且以后随着辅臣各自权势、能量和地位的变动，势必还会继续形成相互结合或对立，直至出现个人操纵政局的擅权局面。
孝庄最为担心的就是这一点。不过她对此早有筹谋，康熙大婚，为什么独独选中赫舍里氏为皇后？就是相信赫舍里氏的爷爷索尼的实力和智慧，相信他可以让康熙在前进途中得到最大助力，如今辅臣体制出现危机，索尼不会看不出来，也绝不会置若罔闻，无动于衷。