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就在日本人自以为得计的时候，中国风云突变：农民起义的烈火焚毁了大明王朝，大清挥师入关，与南明争夺天下。
在中国历史上，外交上的大幅退让往往是因为内政上的自顾不暇。不甘败亡的南明小朝廷和刚刚建立的清王朝为了确立自己的正统地位，展开了对琉球的争夺，争相向琉球发出诏书。南明不再费心追究琉球和日本关系的真相，只要琉球能来进贡，已经别无他求。而清朝呢，根本没听说过琉球被日本控制这回事，只知道远方海上有这么个国家，历来对中原王朝恭顺有加。我现在成了大陆新主，琉球理所应当将对明朝的效忠转向我。
琉球如何选择呢？
一开始，它对旧主表现出令人感动的忠诚，虽然朝贡对象从大明变成了只剩半壁江山的南明，但是琉球仍然两年至少前往一次，从不缺少。《明史》因此评论琉球“虔事天朝，为外藩最”
。
当然，琉球人保持“忠诚”的一个主要原因是他们沿用的航海路线图只能抵达中国福建，而福建一直在南明的控制之下。
1646年，清军终于攻入福州，他们在这里发现了琉球使者。虽然是第一次见到留着奇怪发式的满族人，但是琉球使臣毫不惊慌。他们顺从地剃去头发，编上辫子，跟着清军北上，来到北京，给顺治皇帝磕了头。尤其令人惊讶的是，他们觐见顺治的时候，手里居然持着写给大清的国书！
出使南明的琉球使臣身上怎么会带着给大清的国书呢？
原来，从1633年也就是崇祯六年起，琉球使者携带的国书，其实只是印着玺印的一张白纸。日本方面指示使臣，可以根据形势的变化向任何中国统治者叩头，只要能把所带的货物卖出高价就行。
清王朝对琉球使臣的到来非常重视，给予高度礼遇。不久又派遣通事谢必振和琉球使臣一起前往琉球进行宣谕，要求琉球终结与任何残明势力的关系，接受自己的册封：“朕抚定中原，视天下为一家，念尔琉球，自古以来世世臣事中国，遣使朝贡，业有往例。今故遣人敕谕尔国，若能顺天循理，可将故明所给封诰、印敕遣使赍送来京，朕亦照旧封锡。”
明清之变给中国的另一个藩属朝鲜造成了极大的精神困扰。朝鲜人内心深处长期抗拒他们认为是蛮夷的清朝统治者，在向清朝称臣多年后，还暗暗采用明朝年号，甚至一度认真谋划兴兵北上，替大明报仇。虽然两次被满族军队征服，但朝鲜在与清朝方面的斗争中坚持着最后的底线：不能放弃中华衣冠，绝不剃发易服。但是同属最“恭顺”属国之列的琉球从来没有经过这样的心理斗争。在清朝使臣到达琉球之前，日本人给琉球发下指示，如果清朝使臣要求琉球人剃发易服，那就剃发易服，不必纠结。不过清朝统治者没有计划让这个遥远的岛国上面的居民剃发，琉球和朝鲜一样，得以保持传统的衣冠。
明清易代之际，日本人一直密切关注着中国的局势。他们尽一切可能收集中国的情报，以决定自己的对策。
琉球使臣回国后，琉球方面立刻派人将使臣在中国的所见所闻，以及清朝使者在琉球期间的一举一动汇报给萨摩藩。萨摩藩又将这些内容制成报告书，连同顺治帝招抚谕旨的抄件及琉球的回文，一并送往江户幕府。
经过紧锣密鼓地商议，日本人决定，琉球还是暂时与南明和清朝双方都保持着接触，因为虽然清王朝定鼎中原是大概率的事情，但是现在还无法排除南明复国的可能：“本次鞑靼人攻入唐国，占领大半江山。如若投向鞑靼顺治皇帝，自琉球派遣庆贺使者，其后唐国复国之时，则无颜以对；以现今局势来看，如若顺治平定乱局，今不作回应，届时亦是难处。难以偏向一方，故需兼顾彼此双方。”
直到顺治十年（1653），清朝的统治看起来已经彻底牢固，不会再出现反复，日本才决定让琉球向清王朝正式进贡。1653年，琉球国王尚质派遣王舅马宗毅等赴北京贡方物、献表文，交出明朝所赐敕书、印信。清朝随后同意琉球按明时故例“二年一贡”，琉球正式成为大清王朝的藩属。
大清王朝与琉球的君臣关系就这样顺利地建立起来了。正如明代的皇帝们对琉球进行特殊照顾一样，有清一代，皇帝们对琉球仍然宠爱如故，其中康熙皇帝对琉球最为关照，在位时期针对琉球颁布了很多特殊的优惠政策。
康熙对琉球的特别好感，起因于三藩之乱中的一件特殊事件。
康熙十二年（1673），平西王吴三桂在云南举兵叛乱，另两位藩王耿精忠和尚之信也分别在福建、广东呼应，史称“三藩之乱”，一时四方震动，人心动摇。清军东征西讨，顾此失彼。康熙皇帝也方寸大乱。
占据了福建的耿精忠想拉拢琉球来壮大自己的势力，因此在康熙十五年（1676）派遣部下陈应昌前往琉球，要求琉球称臣并提供军用物资硫黄。陈应昌宣称，现在三藩军队势如破竹，节节胜利，清王朝的统治将要结束，琉球最明智的做法是马上改弦易辙。
琉球迅速将陈应昌到来之事向萨摩藩通报，日本人分析局势后，仍然决定采取骑墙政策，命琉球先送给陈应昌一批硫黄再说。
然而，陈应昌乘船将硫黄运回福建之时，发现耿精忠已经被擒，大势已去，赶紧将硫黄投入大海。上岸之后，他向清军承认前往琉球是为了索要硫黄，但是他坚称琉球拒绝了他的要求，所以船上一无所有。陈应昌这样说，当然不是为了帮琉球卸责，而是为了减轻自己可能受到的惩罚。
清军将领把此事上奏给了朝廷，身处忧煎中的康熙皇帝非常感动。没想到小国琉球立场如此坚定，在如此混乱的局势之下，仍然对我朝忠贞不二。
康熙皇帝后来多次提起这件事。比如康熙二十二年（1683）他说：“当闽疆反侧，海寇陆梁之际，笃守臣节，恭顺弥昭，克殚忠诚，深可嘉尚。”康熙二十七年（1688）又说：“吴三桂、耿精忠谋叛之时，安南归吴三桂，琉球则耿王遣使招之，终不肯服，而克笃忠诚，恪恭藩职……”
他宣布对琉球的忠贞进行表彰：第一，增加对琉球国王的赏赐缎匹数目，以表彰国王个人。第二，允许琉球将进贡人数增至二百人，对接贡船实行免税政策，让琉球获得更大经济利益。第三，同意琉球依照明朝之例，派遣官生子弟，到中国国子监读书。
从康熙朝开始，琉球就成为大清王朝心目中最忠诚的属国。据郑梁生统计，在清朝藩属国之中，琉球所获赏赐数量仅次于朝鲜，远多于安南、暹罗诸国。值得注意的，一是琉球的国家规模远小于朝鲜，二是琉球贡使所携带的所有附载方物都享受免税优惠，而朝鲜只减免本国物品，其余附载货品都要课税。可见，清朝给琉球的实惠远在朝鲜之上。
没有多少人知道，琉球得到清王朝对如此厚待，仅仅是因为一次误会。