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平陈以后，隋文帝没有在胜利面前冲昏头脑。当时许多大臣建议封禅，隋文帝诏曰：“岂可命一将军，除一小国，遐迩注意，便谓太平。”并且申明“而今以后，言及封禅，宜即禁绝”。
为了防止北齐和陈的残余势力反抗，隋文帝下令“人间甲仗，悉皆除毁”，
并禁止江南民间拥有三丈以上的大船。
开皇十年（590年）五月，隋文帝对府兵制进行了重大改革。原来军人由军府统领，不属州县。他们南征北战，居无定处，实际上还是一种兵农分离的职业兵。隋文帝诏：“凡是军人，可悉属州县，垦田籍帐，一与民同。军府统领，宜依旧式。”
军人都在州县入籍，其家庭的土地和应负担的赋税、兵役义务和普通百姓一样，都登记在户籍、计帐上，军人本身则仍受军府的统辖。府兵制最终完成了向兵农合一的转化。
隋文帝还罢去山东、河南及北方缘边之地新设置的军府。这样，军府就都集中在长安附近的地区，便于中央随时调集重兵，应付边疆和山东、江南发生的突然事变。
开皇十年冬，江南发生了婺州（今浙江金华）人汪文进、会稽（今浙江绍兴）人高智慧、苏州人沈玄懀等的叛乱，范围遍及今江、浙、赣、闽、广等省。杨素讨平后，隋文帝把晋王杨广从并州总管调任扬州总管，镇江都（今江苏扬州），每岁一朝。其他几个儿子，也分镇方面，秦王杨俊、汉王杨谅先后镇并州，越王秀镇蜀。隋文帝赋予这些出镇亲王以专制方面的权力，想以此来加强对全国的控制。
此后，除了开皇十八年（598年）进行了一次对高丽的战争，开皇十九年（599年）对突厥进行了反击，此外没有什么大的军事行动。在相当长的一段时间里，社会是比较安定的。隋文帝本人始终保持着俭朴的生活，平日吃饭，除了宴会，只有一个肉菜。劝课农桑，轻徭薄赋的政策也一直坚持实行。农民除了交租调、服徭役，基本上没有其他负担，因此能安心地进行农业生产。人口迅速增加，国家控制的户口，开皇九年（589年）全国统一时为七百万户左右，到隋文帝末年（604年），超过了八百九十万户，十五年间增加了近二百万户。封建国家控制了大量的自耕农，而军事官僚机构也都不很庞大，特别是实行兵农合一的府兵制，政府不必支出养兵的费用，因此，国家的府库中积累了大量的财富。开皇十二年有关部门向隋文帝报告，库藏皆满。隋文帝问道：“朕既薄赋于人，又大经赐用，何得尔也？”对道：“用处常出，纳处常入，略计每年赐用，至数百万段，曾无减损。”
于是增建了库房，以贮存日益增多的物资。
开皇十二年（592年），隋文帝以内史令杨素“代苏威为尚书右仆射，与高颎专掌朝政”。
高颎略涉书史，具有杰出的政治军事才能，在隋初的政治经济革新和平陈之役中起了很大的作用，一直受到隋文帝的信用。杨素，弘农华阴人，出身于关中郡姓的著名家族，少有大志，好学不倦，长于文词，善于用兵，在平陈战役中，率水军自永安顺江东下，消灭了陈的大量有生力量，后又平定江南豪族的叛乱，巩固了隋在南方的统治。杨素知政事后，更得文帝信任。
太子杨勇在位日久，一次冬至，太子召内外百官，设乐受贺，引起了隋文帝的疑忌。隋文帝对杨勇的奢侈也甚为不满。隋文帝皇后独孤氏为太子所选正妃元氏没有受到太子的宠爱，后来突因心疾去世，独孤后也很不高兴。
晋王杨广美姿仪，性敏慧，好学，善于文词，平陈时措置得当，得到朝野的好评。他不仅倾心结交掌权的大臣，对一般朝士他也以礼相待。杨广的威望越来越高。隋文帝去他居处看到陈设朴素，乐器弦多断绝，又有尘埃，以为不好声色，更加喜爱他。独孤后也因为太子对杨广的嫉恨日益增加，想要废杨勇，立杨广为太子。
杨广在宇文述、张衡的谋划下，结交杨素，积极谋取太子地位。开皇十九年，高颎因反对废除杨勇，隋文帝寻找借口，除名为民。杨勇在朝廷中失去了一切依靠。开皇二十年（600年）十月，隋文帝命内史薛道衡宣诏，废杨勇及其男、女为王、公主者，十一月，立晋王广为皇太子。
仁寿四年（604年）七月，隋文帝杨坚死于岐州（今陕西凤翔）之北的仁寿宫。杨广即皇帝位，是为隋炀帝。
八月，隋文帝第五子并州总管汉王谅举兵反。杨谅也甚为隋文帝所宠爱。开皇十七年出为并州总管时，隋文帝亲自到温汤送他，并赋予他很大的权力，“自山以东，至于沧海，南拒黄河，五十二州尽隶焉。特许以便宜，不拘律令”。
后来又同意他在太原增修武备。杨勇被废后，杨谅就阴有异图，梁将王僧辩之子王頍不得志，郁郁思乱，成为杨谅叛乱的主要谋士。杨谅起兵后，从谅反者达十九州。
王頍向杨谅建议：“王所部将吏，家属尽在关西，若用此等，则宜长驱深入，直据京都，所谓疾雷不及掩耳，若但欲割据旧齐之地，宜任东人。”
杨谅犹豫不决，最后接受了总管府兵曹裴文安的建议，一面派兵出太谷、滏口（在今河北磁县），准备从孟津、黎阳（今河南浚县东）渡河，略河南；出井陉，略河北；同时派裴文安率军直指京师。裴文安前锋已据蒲州（今山西永济），杨谅忽然又改变主意，招回裴文安。
杨素率轻骑五千攻克蒲州，隋炀帝以杨素为并州道行军总管，河北道安抚大使，统兵讨伐，很快平定了这次叛乱。隋炀帝虽然免除了汉王杨谅的死罪，除名为民，但是对这次叛乱的参加者并没有停止追究，杨谅所部吏民因此而处死或流放者达二十余万家。
炀帝担任过并州总管和扬州大总管，对北方、山东和江南的情况都有所了解。他即位后，又发生了汉王谅反对他继位的叛乱，因此，巩固统一，进一步发展统一的多民族国家，始终是隋炀帝的一个主要着眼点。
在平定汉王谅，安葬隋文帝之后，隋炀帝立即“诏除妇人及奴婢、部曲之课，男子二十二成丁”
。隋初规定丁男一床，租粟三石，调绢一匹，单丁及奴婢、部曲则按半数交纳。开皇三年（583年）已将调绢由一匹即四丈减为二丈，所以这次免除妇人之课，实际上是降低租粟。奴婢、部曲一般农民家不会拥有，而官僚又享有免课的特权，因此，这实际上是一项有利一般地主的规定。把男子成丁年龄由二十一岁提高到二十二岁，也可以使农民晚一年再负担课役。
大业元年（605年）正月，隋炀帝又派遣使臣八人巡省风俗，了解民情，要求对鳏寡孤独不能自存者量加赈济，对蠹政害人，不便于时者，具录闻奏，希望达到家给人足、风俗淳厚的境界。
隋炀帝虽然注意到农民的负担和吏治问题，但他更关心的还是加强对全国的控制。仁寿四年（604年）十一月，隋炀帝从长安来到洛阳。第二天就发丁男数十万，自龙门（今山西河津）东接长平（今山西晋城西北）、汲郡（今河南淇县），渡黄河至浚仪（今河南开封）、襄城（今河南临汝），达于上洛（今陕西商县），挖了一条长堑，作为洛阳的屏障，十几天以后，正式下诏于伊洛营建东京。隋炀帝在诏中明确指出，洛邑自古之都，“控以三河，固以四塞，水陆通，贡赋等”，是建立都城的理想地点。汉王谅所以能毒被山东，“此由关河悬远，兵不赴急”，都城远在长安，不能及时把军队调到山东。况且南疆遥远，山东广大，应抓住时机，营建东京。大业元年三月，诏尚书令杨素、纳言杨达、将作大匠宇文恺负责东京的营建工程，进一步提出，建立东京，可以躬亲存问地方官吏是否称职，并明令“其民下有知州县官人政治苛刻，侵害百姓，背公徇私，不便于民者，宜听诣朝堂封奏，庶乎四聪以达，天下无冤”。
在下令营建东京的同时，隋炀帝又发河南诸郡男女百余万，开通济渠，自东京西苑引谷水、洛水入黄河，从板渚（在今荥阳汜水东北）引黄河经荥泽入汴水，又自大梁（今开封）引汴水入泗水，而达于淮河。又发淮南民十余万开邗沟，自山阳（今淮安）引淮河至扬子津入长江。渠宽二十丈，渠旁筑有御道，并栽种柳树，自长安至江都（今扬州）还修建了离宫四十余所。通济渠、邗沟和后来开凿的永济渠都是把天然水道加以连接并加以拓宽，隋王朝又直接控制了大量自耕农，有可能一次征发大量劳动力，因此，全部工程从三月底开始，七月底就全部完成了。八月十五日，隋炀帝乘龙舟从通济渠前往江都。
大业二年（606年）正月，东京建成。四月，隋炀帝回到东京。
大业四年（608年）正月，诏发河北诸郡男女百余万开永济渠，引沁水南达黄河，从今河北武陟县西北的沁水北岸向东北开渠，下接清（卫河）、淇二水，北通涿郡（今北京市），全长二千余里。
大业六年（610年），又敕穿江南河，自京口（今镇江）至余杭（今杭州），沟通了长江至钱塘江之间的水上交通。
大业七年（611年）二月，隋炀帝在江都住了十个多月以后，自江都乘龙舟入通济渠，渡过黄河，进入永济渠，于四月到达涿郡，开始了他的征辽之行。
由永济渠、通济渠、邗沟和江南河组成的以洛阳为中心的大运河，全长四千余里，横贯海河、黄河、淮河、长江、钱塘江五大水系，全部工程仅用了六年时间，速度之快、效率之高、质量之好都是惊人的，反映了当时的科学技术水平、物质基础和组织水平都已达到前所未有的高度。
运河开通后，立即成为南北经济交流的动脉，通济渠中“商旅往还，船乘不绝”。
东京通远市东漕渠中，“郡国舟船舳舻万计”。
停满了来自全国各地的舟船。
通济渠通航后，在洛水入黄河的巩县东北原上修建了洛口仓（兴洛仓），有粮窖三千，窖容八千石。又置回洛仓于洛阳北七里，有窖三百。两仓共可储粮二千六百四十万石。其中除了沿开皇时漕运路线运来的河北、山东、河南北部和山西南部的粮食，江淮的粮食也通过运河运到洛阳。洛阳右掖门街西子罗仓西即有粳米六十余窖，存有南方运来的粳米四十八万石。
为了加强对各地区，特别是边疆地区和少数民族的控制，隋炀帝展开了频繁的巡游活动。在大业七年（611年）攻打高丽之前，他曾二下江都（扬州），两次北巡，并西巡河西走廊。
平陈之后，江南曾经发生过声势浩大、地区广泛的豪族叛乱。扬州又是隋炀帝的发迹之地。大业元年，他大摆排场，率领着庞大的船队去扬州，固然有衣锦荣归的意味，但更主要的还是要造成一种威势，对南方的豪强大族起到震慑的作用。大业六年（610年）他再去扬州，并在扬州下令开江南河，宣布要东巡会稽（今绍兴）。虽然后来由于形势的发展，隋炀帝江南之行始终没有能够实现，但也表明了他对南方的关注。
对于突厥，隋炀帝更是不敢掉以轻心。大业三年（607年）四月，隋炀帝从长安出发，经雁门、马邑（今山西朔县），于六月到达榆林郡（今内蒙古托克托黄河南）。启民可汗及其所部诸国奚、霫、室韦等酋长数十人，均已先期到达榆林。隋炀帝在行宫会见启民可汗和义成公主，又命宇文恺在榆林城东搭了一座可容纳数千人的大帐，在帐中宴请突厥启民可汗及其部落三千五百人，赐物二十万段。当时启民可汗上表说：“臣今非是旧日边地突厥可汗，臣即是至尊臣民，至尊怜臣时，乞依大国服饰法用，一同华夏。”隋炀帝下诏说“先王建国，夷夏殊风。君子教民，不求变俗”，并以玺书答启民可汗，以为“碛北未静，犹须征战，但使好心孝顺，何必改变衣服”。
要启民可汗忠心为隋王朝捍卫北边。这也是炀帝这次北巡的主要目的。
在榆林，隋炀帝下诏发丁男百余万筑长城，西起榆林，东至紫河（今大黑河，浑河）。在启民可汗领地之南建立起第二道防线。由此可以看到隋炀帝对北疆的形势始终是保持高度警惕的。
八月，隋炀帝北渡黄河，耀兵塞外。行军时，部队结为方阵，停留时则以木板作行城，以防止突然袭击。启民可汗事先从榆林到他的牙帐开辟了一条宽达百步的御道，并准备了华丽的庐帐，迎接隋炀帝的到来。
炀帝此行，原来还准备经由突厥，去北方重镇涿郡。启民可汗为此举国就役，把榆林到其牙帐的御道一直延伸到涿郡，全长达三千里。隋炀帝临时改变决定，入塞经太原回到东都，圆满完成了第一次北巡。
大业四年（608年）三月，隋炀帝第二次北巡，从五原出塞巡长城。
大业五年（609年）初，隋炀帝从洛阳回到长安。三月，西巡河右。早在大业初年，隋炀帝就开始对西域加以关注。当时西域诸胡多至张掖进行贸易，隋炀帝特派吏部侍郎裴矩前往掌握。裴矩在张掖向商胡了解诸国山川风俗，王和普通百姓的仪形服饰，撰写了《西域图记》三卷，并附有地图。地图上标明了从敦煌西去的三条通道：北道从伊吾（今哈密），中道从高昌（今吐鲁番），南道从鄯善（今若羌）。裴矩对隋炀帝分析了当时西域“突厥、吐浑分领羌、胡之国，为其壅遏，故朝贡不通”
的情势，指出当时商人为通商，密送诚款。如果派人前往招抚，各小国就会内附。吐谷浑、突厥即可击灭。
隋炀帝为了重新开通与西域的交通，使丝绸之路畅通，大体上仍采用了文帝时对突厥远交而近攻的策略。大业四年初，派崔君肃召怀西突厥处罗可汗，处罗可汗遣使入朝贡汗血马。年底，又派右翊卫将军薛世雄击灭伊吾，打通了北道。
大业五年四月，隋炀帝出临津关（今循化东），渡黄河，至西平（今青海乐都）。五、六月份，大败吐谷浑，吐谷浑仙头王率男女十余万口来降，吐谷浑可汗伏允败走，客于党项。隋炀帝自今青海境经大斗拔谷（今扁都口）进入河西走廊，到达张掖。隋炀帝在燕支山（今山丹大黄山）会见高昌王麹伯雅、伊吾吐屯设及西域二十七国使者，焚香奏乐，歌舞喧噪。武威、张掖的士女都盛装前来观看。会见时，吐屯设献西域数千里之地，隋炀帝设西海（治伏俟城，在青海湖西十五里）、河源（治赤水，在今兴海东）、鄯善（治鄯善城，今新疆若羌）、且末（今新疆且末南）四郡，派罪犯为戍卒前往防守。隋的统治深入到新疆境内。丝绸之路全面开通。隋炀帝又命刘权镇河源郡积石镇，大开屯田，捍御吐谷浑，以确保自西域经青海至关中交通的畅通，并屏障河西走廊的安全。
几天后，隋炀帝又在观风行殿宴请高昌王麹文泰、伊吾吐屯设和各国使臣，奏清乐、龟兹、西凉、天竺、康国、疏勒、安国、高丽、礼毕等九部乐，及鱼龙戏作为余兴。这不仅是一次民族团结和中外友好的盛会，也是南北朝以来中外文化交流成果的一次检阅。至此，西行解决吐谷浑问题，安定西部边疆和畅通丝绸之路，发展商业贸易的任务圆满完成。隋炀帝打道回京，于九月回到长安。
隋炀帝的这些活动收到了积极的效果。第二年正月十五，诸蕃酋长毕集洛阳，向隋炀帝贡献各地的土特产。隋炀帝在端门外大街上盛陈百戏，戏场周围五千步（八千多米）仅乐队就有一万八千人，声闻数十里，自昏达旦，灯火光烛天地，持续了十几天。诸蕃还到丰都市进行贸易。
隋炀帝在北巡塞外，西巡河右，安定北方，远通西域的同时，还把眼光放到东北、东南和邻近各国。
大业三年、四年（607、608年），他派朱宽慰抚流求（台湾）。大业三年派常骏、王君政从南海郡（今广州）去赤土（今泰国），大业六年（610年），赤土王子来华，在弘农（今河南灵宝）谒见了隋炀帝。大业三、四年，日本国两次派小野妹子为大使来隋，隋炀帝也派裴清为使报聘。
在大力巩固和发展统一多民族国家的同时，隋炀帝对政治制度和用人制度进行了改革。
第一，确立三省制，改变宰相制度。
隋文帝设立尚书、门下、内史三省。其中尚书省下设六部，分理各项政务；内史（中书）省设有内史舍人八人，负责替皇帝起草诏敕。两省的职责和在政权中的地位和作用都是明确而具体的。而门下省除了保持北齐时“献纳谏正”和“司进御”的职能，原来集书省讽谏的职能和大批谏官也同时并入了门下省。门下省有的官员虽然也可以对尚书省奏事有所驳正，
但主要还是皇帝的顾问、谏议和侍从机关。
大业三年（607年）隋炀帝设立殿内省，将尚食、尚衣、尚药等侍奉皇帝的部门由门下省移出；废散骑常侍等谏官常员；又设立了给事郎，“置员四人，从五品，省读奏案”
，专门负责奏案的审议。至此，门下省才改变了北齐以来皇帝侍从和顾问的性质，成为“佐天子而统大政”，协助皇帝处理政务的一个主要的政权机关。三省也最终摆脱了南北朝以来与集书省、秘书省、内侍省等诸省并列的状况，成为一个按职能和政务处理程序分工的有机整体。
宰相制度在隋炀帝时也有变化。隋文帝时“朝之众务，总归于台阁。尚书省事无不总”。
因此，尚书省的实际长官尚书左、右仆射的权力和地位均在内史省和门下省长官内史、纳言之上。开皇九年（589年）平陈后，一般以尚书左、右仆射“专掌朝政”。
但是，随着担任仆射的大臣权力和威望的不断增长，和皇帝的矛盾也日益扩大。文帝末年，对杨素“渐疏忌之，后因出敕曰：‘仆射，国之宰辅，不可躬亲细务，但三五日一度向省，评论大事。’外示优崇，实夺之权也。”
仆射专掌朝政的格局发生了变化。
隋炀帝即位后，对于杨素这样帮他取得太子地位，又在平定汉王杨谅中立了大功的元老功臣猜忌更甚，先以之为尚书令，后又以之为司徒，地位是越来越高，而实权却越来越少。隋炀帝亲理万机，不把大权交给一两个人，除了具体事务临时指定人选外，至大业六年（610年），逐步形成了由纳言苏威、左翊卫大将军宇文述、黄门侍郎裴矩、御史大夫裴蕴、内史侍郎虞世基参掌朝政的新格局。
五人中苏威为门下省长官，裴矩、虞世基为门下省、内史省副长官，宇文述和裴蕴则皆非三省官员。命他官与三省长官、副长官参掌朝政，开唐代知政事官和政事堂制度的先声。
第二，缩小封爵，提出以才授官的用人原则。
大业二年（606年）七月，隋炀帝制：“百官不得计考增级，必有德行功能，灼然显著者，擢之。”
把德行功能作为官吏升迁的唯一标准。
大业三年（607年）四月隋炀帝又决定，废伯子男三等爵，唯留王、公、侯三等，缩小了封爵的范围，除非重新赐爵，旧有的伯、子、男等爵位一律“例除”。
隋炀帝同时还决定取消都督以上至上柱国等十一等“以酬勤劳”的勋官，以及“以加泛授”的四十三号将军。自一品至九品，置光禄大夫等九大夫，建节等八尉，以为散职。
隋文帝虽然废除了九品中正制，官吏的任用不再受门第的限制，但是北周、北齐尚武、尚贵戚的传统仍然起着强大的作用。例如窦威“家世勋贵，诸昆弟并尚武艺”，“诸兄弟并以军功致仕通显”。而喜爱文史的窦威则被诸兄讥为“书痴”，认为他“名位不达，固其宜矣”。
因此，隋初高级官吏仍多由贵戚、功臣担任，他们的子弟也都通过门荫步入仕途，再通过军功而致位通显。但是，这种情况已不能适应统一过程中和南北统一后政事纷繁的复杂局面。开皇九年（589年）平陈后隋文帝提出“武力之子，俱可学文”，“有功之臣，降情文艺；家门子侄，各守一经”，
就是对尚武风气的一次初步的冲击。隋炀帝这一次缩小封爵，取消勋官，则是对崇尚军功和贵族身份的关陇军事贵族集团一次全面的打击和限制，也是走向以德行功能任官用人的一个重要步骤。
大业五年隋炀帝又制：“魏、周官不得为荫。”
门荫，是给予本朝高级官吏的一种政治特权，是以在本朝担任的官职高低作为标准的。而门阀制度则主要是看门第，即祖先官职的高低。因此，取消北魏、北周高官子孙的门荫特权，不仅缩小了门荫的范围，而且在实际上进一步清除了门阀制度的残余。
大业八年（612年）九月，隋炀帝从辽东前线回到东都后十天，发布了一道诏令。在这道诏令中，隋炀帝对周、齐的任官原则和用人制度进行了总结和清算，指出周齐以来由于“三方未一，四海交争，不遑文教，唯尚武功。设官分职，罕以才授”。这些拔自行阵的武夫没有经过学习，不懂得政事，“是非暗于在己，威福专于下吏”，造成了“贪冒货贿，不知纪极，蠹政害民”的严重后果。因而提出了“军国异容，文武殊用”，“化人成俗，则王道斯贵”，“世属隆平，经术然后升仕”这样一些任官用人的一般原则。最后并规定：“自今已后，诸授勋官者，并不得回授文武职事。”
这个诏令的发布固然与辽东战事失利、隋炀帝迁怒诸将有关，同时也是把农民蜂起起义的责任推到武夫出身的各级官吏身上，把自己开脱得干干净净。但是，它与大业二年提出的德行功能的原则相辅相成，比较完整地提出了德行、学识、才能这样一些新的任官用人的标准，因而具有划时代的意义。尽管这些原则的真正实现，还需要经历一段漫长而曲折的过程，还有待于经济、政治和文化等各方面条件的成熟。但是这些原则毕竟是提出来了，隋炀帝还采取了一些具体的措施，例如上面所述的缩小封爵，取消勋官、征辽战争中新授勋官不得回授文武职事官，以及进士科的设立等。这样，就不能不引起隋炀帝和贵族、文臣、武将之间矛盾的发展。