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许多大型公司经营机构遍布全国，但是如果其分公司在当地的银行设立自己的账户，而这些银行并不是同一个银行，则彼此之间资金的流动性将受到限制。这些分公司有的每年要支付大量的利息，而另一些分公司资金大量闲置，无处可去。在没有内部资金结算中心时，公司的财务经理就将“不患寡而患不均”。
如果成立结算中心，将公司内部某一个分公司闲置的资金给急需资金的另一个分公司，无疑将使公司整体利益最大化。但是在其中，将涉及一些问题，比如：是将结算中心作为企业财务会计部门的一个分支，还是作为一个独立的部门，与会计部门平行。结算中心是作为一个独立核算、自负盈亏的利益主体？还是将其定位于企业内部资金调度、监控和管理的职能机构，不以自负盈亏为目的？公司内部的资金占用是否要支付利息？借出的款项如何保证能被归还？这些都是内部结算中心要解决的。
从组织机构设置上看，内部资金结算中心应该单独设置，和会计部门平行。内部资金结算中心的产生本身就意味着原有财务会计体系和运作效果不能满足企业进行管理深化的需要，许多实行会计部门下设内部资金结算中心的公司运行效果并不好。内部资金结算中心的工作是资金的管理，属于财务管理的范畴，财务与会计应该分离。由于会计工作具体，而内部结算的资金管理比较抽象。实际中，具体的会计工作被重视，抽象的、难以衡量的资金管理工作被忽略也是理所当然的事了。综上所述，内部资金结算中心适宜单独设立，与会计部门平行。
内部资金结算中心不应作为一个独立核算、自负盈亏的利益主体。结算中心资金管理调度的经济效益在很大程度上是依赖于各分公司的经营状况，对它来说，这是不可控的。内部资金结算中心毕竟不是集团公司下的财务公司，更何况若是以盈利为目的，则它的利益可能与公司的利益相冲突，从而有悖公司的经营目标。
内部资金结算中心集银行金融管理和企业经营管理双重身份于一身，通过“结算管理”和“信贷管理”两个方面来做好企业资金的调剂工作，并及时把企业高层的经营意图贯彻于财务部门、计划部门以及车间、各商品部，为企业的正常运营提供资金保障。对其应该根据内部资金结算中心的目标与任务，评价其工作业绩。因此考察它对内服务的效率与质量，及它对企业财务控制与决策的支持程度与水平，是根本所在。这样才能激励内部资金结算中心以公司的利益最大化为目标，同时有利于内部资金结算中心提高资金管理的能力。
急需资金的分公司在运用别的分公司的闲置资金时，应该付利息。“天下没有免费的午餐”就是这个道理。如果借贷出去的资金得不到利息，又何必借出去呢？况且还要冒着不被偿还的危险。若是由结算中心付给借出资金应付的利息，又会鼓励所有的分公司不断地要求得到借款，因为借来的钱无需成本。这使得分公司的资金筹措没有了相应的约束机制，其对资金的需求必然非理性。因此，筹措资金的分公司需要对其享受的“午餐”付费（利息）。而为了不使借出资金的分公司担心钱不能被归还，由总公司的结算中心负责偿还借款。因为总公司比分公司更能够被信赖（这实际上有些像商业承兑汇票和银行承兑汇票，银行承兑汇票让债权人总是更加放心。），钱不被偿还的可能性也大大地减少了。
以下谈及的内部资金结算中心的各种功能的实现都必须有一个前提：与银行签订有关协议，二者关系融洽，合作愉快。
通过与银行合作，设立企业银行终端并利用其企业结算系统，使得公司总部能通过终端随时查询各分支机构账户上的资金余额，全面及时地掌握公司的整体资金状，同时根据公司的资金预算、计划，使需要调度的资金能够在瞬间到账，解决资金调度上存在的时间、地区差异问题。
健全分布广泛的营销网络体系是公司产品销售的巨大优势，但由此也带来了资金回笼速度慢，月度在途资金占用大的问题。因此我们可将各经销网点账户统一调到合作银行，并应用合作银行较为先进的资金汇划结算系统，缩短资金在途时间，加快贷款的回笼，减少不必要占用。
如果公司下属某个单位急需现金而账面存款不足，这时只要总公司在合作银行系统存款总额高于需用的资金数，即可由该单位当地开户行先垫支，此笔款项银行不收短期拆借利息，等该单位资金调度到位后偿还这笔款项。
由于公司内部相互提供产品或劳务，内部形成债权债务额较大且较频繁，实现内部结算后，一方面各个分公司的报表能够真实反映资产负债的情况，另一方面，为了公平反映各个分公司的经营业绩，资金占用者对所占用的资金付利息给结算中心，而由结算中心付利息给资金被占用者。
资金结算中心应考虑合作银行结算网络的实际功能和运行情况，在运行中应不断地根据实际情况进行改进和完善。
账户的设立是公司与银行合作建立并运行资金结算中心的基础。为便于资金结算中心能更好地运用银行结算网络，总公司财务部将有计划地规定各分公司统一在所在地合作银行开立结算账户，并在不影响与其它银行合作关系的前提下，按计划撤消其它银行账户或逐步缩减其它行的如信贷、结算等业务量。
对于开设账户，应注意：
各个分公司在银行应开立一个收入户和一个支出户，作为收支两条线。
收入户资金来源于产品销售回款、借贷款项（包括公司拨款与银行贷款）及其它业务收入款项，其款项的支出仅限于公司调度款项及支出拨款。对于该户应根据各单位实际，确定一存款限度，在与银行达成充分协议与授权的基础上，超过限额的资金由银行自动划至总公司在银行开立的账户上，低于限额由公司总部根据该分公司生产经营需要决定是否给予补充资金，该资金划拨功能在银行结算网络发达且信息充分共享的条件下是完全可以达到的。目前青岛啤酒与青岛双星都是这样操作的，且运行不错。
支出户资金仅来源于收入，其支出包括采购、工资、税金等所有分公司的支出项。
对于公司营销网络资金账户的控制，鉴于其在多行开户且地域分散，短时间不易调整至同一行，且网络的建立及运行难度也较大，因此在资金结算中心建立之初，可先将各销售分公司的账户设立在合作银行，并与全公司资金结算系统联网运行，部分地加快货款回笼速度，减少资金占用。至于各营销网点开户并入合作银行结算网络，可在资金结算中心走上良性发展轨道后逐步实现。
为防企业银行系统被盗用，同时也阻止计算机病毒的侵入，企业银行系统的登录采用银行提供的密码保护系统，同时企业资金调拨须坚持专人密码操作、权限设定原则，即对于每一笔资金的划拨应数量上设定权限，专人必须有其专用密码，并同时对应特定数量资金的调拨权限，如结算中心资金管理人员和业务主任共同确认可对应50万元调拨权限，业务主任和财务经理共同确认对应50万~200万的调拨权限，200万以上须由公司主管副总亲自或授权运用其特定密码完成该笔资金调拨业务，同时对于每一笔业务的操作人员按其权限设定承担责任。
具体调拨方式如下：根据月度公司资金收支计划，资金管理员运用资金结算网络的远程查询功能，获知各单位资金余额后，结合各单位资金运行情况，据其经营需要，在计划额度内，由资金管理人员按其权限通过网络予以给付资金；对超权限业务可向相应权限公司领导提出报告，并由本人或授权人员完成该笔资金拨付手续，其票据传递及往来业务按规定程序办理。
除密码专用及权限设定等内容外，资金结算中心应结合总部与各分公司资金借贷流向情况及会计报表情况，并于月末结账后10日内确定公司总部每月利息分摊数额，完成利息分摊工作。各单位应针对其在合作银行开立的收入户和支出户分别登记银行存款日记账，并每天与银行核对，作到业务发生次日必须结清，月末编制银行对账单并调整账务，并每月与结算中心核对账目。
运用资金结算网络的远程查询功能，对于各分公司的支出产开支情况予以监督，了解其月度资金收支计划的执行情况，并将之纳入月度资金收支计划的考核，严格兑现相应奖罚，由此简化公司资金管理程序，且极大地提高了公司资金管理的效率。
结算中心将单独制作资金收、付单据，发生资金收付业务时，进行账务处理并填制资金收支单据，其程序应与银行相仿。单据在每月财务会议上发放或由来往人员携带，并发放对账单，结算中心根据资金收支计划调度、调拨资金时，以“资金调度令”为准，电话和传真通知有关分公司。
资金结算中心行政上隶属于公司财务部资金科，负责全公司资金管理业务及结算中心的日常管理。业务人员可设三人：资金管理员、计账员及银行出纳员。
资金管理员的职能依据其设定权限进行公司日常资金管理，包括公司资金收支情况的了解及月度资金计划编制、考核；权限内资金调拨及超权限资金调拨的建议等，负责根据总部与各分公司往来计收（付）内部转贷款利息。
计账员负责对于结算中心资金收付的账务处理，同时监管相应银行单据及结算中心内部单据的审核工作，并负责与会计科账务的接口和与开户分公司核对科目。
出纳员负责结算中心内部单据及各种银行单据的处理、银行业务的办理、现金的存取等，同时财务部会计科的出纳岗位不再负责银行业务，其所用款项全部通过结算中心银行出纳获得，仅负责日常现金收支业务。
内部结算中心，在企业内部发挥着资金信贷中心、资金监控中心、资金结算中心和资金信息中心的职能。它的这些职能对增强企业活力、强化资金管理、控制财务收支、正确处理业务管理与资金管理的关系、完善企业经营机制方面，发挥着不可低估的作用。
广州石化厂构建以效益为中心，以资金管理和成本管理为重点，刚性约束、柔性激励与弹性考核紧密结合的财务监控系统。因为资金是企业的血液，搞好资金管理是做好其他财务工作的基本前提。所以广州石化厂以资金管理为突破口，于1996年成立了内部结算中心，改资金集中与分级管理相结合为集中统管，基本改变了资金“散、乱、差”的状况，同时，使结算中心的功能也跳出了内部结算的狭小空间。主要采取了以下措施：
实现资金计划控制。我们盯紧大笔资金的流出流入，实行计划控制，根据有关部门提供的收支计划滚动编制年、季、月、日、旬、周现金流量计划表。鉴于资金流入数量、时间不易控制，资金运作比较被动，经我们与销售部门协商，要求其随时向财务部门提供比较准确的货款回笼情况；并要求采购部门、纳税及原有岗位等提前5天提供比较准确的支付金额与时间。然后，根据资金预算余缺研究应对方案，化被动应付为主动出击。
强化资金运作。首先，建立以货款回笼为中心的销售模式，改变以往销售部门只管销售不问收款的状况，实行“谁销售、谁负责跟踪收款”的办法，并以目标应收账款余额为基准按月考核，工效挂钩。1999年，总厂应收账款周转率为24.27次，比1998年提高13.1次。其次，建立活而有序的资金循环机制。我们充分利用银行资金授信额度，灵活进行资金运作。在货款回笼较好又无大额支付的情况下，打资金进出时间差，提前还贷，缩短资金闲置时间；背书转让未到期的承兑汇票，间接加快贷款回笼，1998年转让汇票金额1.72亿元，节约财务费用近200万元，1999年又转让2.3亿元，节约财务费用321万元。通过以上措施，1998、1999年分别压减财务费用2590万元、570万元。另外，建立灵敏的反馈预警机制，通过对不同时期现金变动情况的比较分析，确定资金安全存量的经验数据，并以此为控制点，实现存量低水平下的高质量运行。1999年，该厂托管“广州乙烯”后资金需求剧增近3亿元。但通过精心科学的资金运作，财务费用比1998年还降低了3257万元。