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一个健全的企业内部资本控制制度能起到降低内部人员舞弊、实物丢失以及毁损等风险。那么，应如何健全企业内部资本的控制制度呢？
在定额零用金制度下付款的内部控制，重点在报销时而不在支付小额现金的时候。当零用金保管人请求报销时，每笔支出所附的单据应加检查是否完整、是否正确，并加以打孔注销以防重复使用。
零用金有时在银行中另设专户。这时，宜书面告知银行：本账户内不得收受给予公司的任何支票，而仅可收受公司自己开的补足零用金的支票、并且不允许以银行或零用金保管者为受款人（即抬头人）。禁止本账户收受付予公司的任何支票、旨在防止营业性的现金流入零用金，否则将违背限额支付和在报销时加以复核的基本假定。
在强化现金内部控制方面，电脑起着不可忽视的作用。利用线上记录终端机能够加强现销控制，汇款通知或收发员编制顾客付款清单可由电脑以打孔方式处理。许多公司由电脑签发支票、并由电脑编制银行对账单。每天电脑处理支票和现金收入，就能连续地提供管理当局更新的现金收入日记簿、支票登记簿、顾客明细账和现金结存。此外，电脑能够编制可靠的银行对账单（即使具有了几千张未兑支票）和提供编制现金计划和现金预算的最新资料。
股票和公司债券是各种投资中最重要的一环，因为这两者最常见，而且比较其他各类投资具有较大的货币价值。
将暂时闲置的现金投资于选定的各类有价证券是良好的财务管理的要求。这种持有方式可算是第二现金准备，能够随时迅速变现，报酬率稳健可靠（但不太高）。管理当局也可作半永久性质的有价证券投资。持有这类投资的期间长短，得视证券市场的趋势、公司所得税的轻重或现金需要的情形而定。投资证券，有时也得为了控制或影响联营公司的目的而发生。
健全的证券内部控制制度的主要成份包括：
a.授权买卖证券的行政主管，证券保管人和经管投资账册者的职务应加以划分；
b.所持一切有价证券和它的有关利息、股利收益，应具有完整详尽的记载；
c.证券应以公司名义登记；
d.定期由内部审计或由不承担授权、保管或记载投资等各项责任的人员实地检查证券。
许多企业利用独立的保管代理人（诸如证券经纪人、银行或信托公司）以达到记载和保管职能分开之目的。由于独立代理人和负责记载有价证券账册的职员间并无直接关联，故运用伪造账册以掩饰舞弊的可能性必然大为降低。又因为独立代理人通常具有防火金库和其他专为保管贵重文件而建立的特殊设备，故实物丢失或毁损的风险也必然会减至最低限度。如果证券并非由独立代理人保管，就应放置在银行保管箱内，由两位以上公司主管共同控制。共同控制即指两位保管人非同时在场就无法接触证券。箱中备有证券清单，存取证券均应在单上记载、注明日期并由在场人员签字。保管箱应由公司出面租用，不可以保管者的私人名义承租。
健全的内部控制制度必须为公司自己所持有的证券，代人保管的证券设置详尽而完备的记录——通常就是每类证券的明细账卡，内载证券的正确名称、面额或每股金额、券号、股数、取得日期、经纪人姓名、成本以及所收利息或股利等数据。买卖证券，在董事会投资小组的不时检验下，经常授权负责财务的行政首席处理。
有时或许会发现委托人所持有的证券，并不过入公司名下而以主管或其他个人名义的登记。理想的处理是买进当天立即以公司名义过户登记，这样可减少非法转让或私自运用证券作为抵押的可能。某些债券是不记名的、无法以持有人名义登记。证券过户切勿认作上述其他控制程序的代替品。
内部审计或其他负责人员应时常检视手存证券，将所查证券的编号、其他辨认数据和会计记录相核对，并将证券明细账和总账相调节。这种程序加强了内部控制方面授权、记载和保管职能的划分。