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用收进的现金直接支付款项是有弊端的，所以，所有付款除了一些零星项目可用现金之外，应一律以支票支付。虽然签发支票比支付现金成本略大，但所得的收益通常大于所增加的开支。其中主要的优点在取得收款人在支票上以背书方式所出具的收据。其它的优点包括支付权集中于少数主管手中——授权签发支票的人员、永久性的付款记录和减少库存现金数量。
为了充分发挥使用支票所含有的内部控制优点，一切支票必须预行编号并应控制一系列中所有的号码。未曾发出但已预行编号的支票应妥善保存以防盗窃或误用。作废支票应在正面涂销（排除了任何再度使用的可能性）、然后和已付支票按正常次序归档。支票金额必须使用支票防弊机书写或电脑印制。这种实务，防止了支票上任何提高支付数字的涂改。
有权在支票上签章的主管应复核付款所附的文件单据，并且在签字时将这些文据打孔注销、以防再度付款。支票直至支付时止，均应由签字人加以控制。通常支票送达主管时，除签字外均已缮妥；故支票一经签字，绝对不可再退交给填写支票的人员保管。
签发大量支票的好多公司运用支票签字机，在每张支票上印盖授权人（通常为财务经理）的签字章（利用传真签字刻板）。机上备有签发支票张数点计的装置、并且必须使用锁匙方能取出已签字的支票。传真的签字刻板在机器停止使用时应加拆下，另行保存。
妥善的现金收付内部控制必须按月调节银行结单。指定处理现金以外的人员或未曾参与授权或记载现金交易的人员调节银行结单、而且应由调节人员自行开封拆阅来自银行的结单。
某大建筑公司忽视现金支付的基本控制。未签发的支票和咖啡杯等同放在没有上锁的文具柜中。公司的支票签字机放置于可锁扣的小箱。虽经注册会计师的一再警告，公司主管认为小箱上锁扣太不方便，也从未注意机器内部相互牵制的装置。公司在银行中存有巨款，但从未迅速调节银行结单。
某职员负责编制银行对账单，这些银行结单连同已付支票早于三周前收到。该员发现结单所附已付支票并不齐全，所缺少的已付支票的面值超过700,000元。进一步稽查后，发现一百万元以上既未授权、又未入账的支票已经由公司各银行账户中付清，各个支票并未按顺序签发、但由签字机签章。公司至今没有查明盗用者的身份、更无法追回失款。
付款凭单制度是达到强力现金支付内部控制的一种方法，保证所有付款均经适当授权、并在签发支票前均经加以复核。在典型的付款凭单制度下，会计处负责集合适当的单据、作为每笔现金付出的证明。例如，在准予支付所购商品的货款以前，会计处集合了定货单、验收报告和卖方发票等副本并查明这些文件间彼此是否相符。查明某项业务确实具备所需的证明后，会计人员填写凭单；然后按照未来付款日期先后次序扫入“备忘簿”。
这里的所谓凭单，就是一种授权书，备有空格，供各个职员执行其责任范围内的职责后签章之用。指定的职责包括对发票上数字加减乘除的验算，发票、定货单和验收报告三者之间吻合性的查对，交易记账等程序。在付款凭单登记簿内记载企业购买原料、固定资产或其他资产的业务，借记适当的资产、负债、或费用账户，贷记应付账款。
到了付款日，凭单和附件应自备忘簿内取出，填妥支票但尚未签章。凭单、附件和缮妥而未签章的支票送往财务部。财务经理在签章支票以前、先行复核凭单，然后将支票直接寄交收款人，并在凭单、附件上打孔以防止再度使用。打孔后凭单应退还会计处，记入现金支出簿。已付凭单通常按凭单号码次序归入已付款凭单簿。
这个制度内包含有效的内部控制，因为每笔付款都得到批准并在签发支票前加以复核。同时，不经其他部门核阅，会计处、财务部并没有支付现金的权力。