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鼠疫是鼠疫杆菌引起的一种烈性传染病。它是一种典型的自然疫源性疾病。鼠疫杆菌广泛寄居于鼠及旱獭等野生啮齿动物体内，由带菌跳蚤叮咬人类引起鼠疫。病变累及淋巴组织为腺鼠疫，侵及肺为肺鼠疫，侵及血液为败血症型鼠疫。临终患者因严重缺氧和呼吸困难造成皮肤出血坏死，皮肤呈紫黑色故有黑死病之称。鼠疫可在鼠间流行和人间流行。流行期间，人和鼠大量死亡，尸陈街巷，惨绝人寰。早在罗马帝国执政的安东尼时期就曾发生过鼠疫流行，之后又发生过三次世界性大流行。第一次在公元6世纪，源于查士丁尼统治的拜占庭帝国，从那里传到欧洲和非洲南部，共肆虐2个世纪之久，总死亡人数达1亿。第二次开始于14世纪初，疫源在中亚、西亚的戈壁，蔓延到中国及整个欧洲，到18世纪初疫情才终止。有人估计，仅在1347—1350年间，欧洲就有2千万人死于鼠疫。第三次被认为疫源在中国云南省，很快传播到欧洲、非洲和美洲，全世界死亡人口达千万以上。在后两次流行期间，我国都是疫区。在宋末金元时代的那次大流行，我国医学家尚未将本病与鼠联系起来，称此病为“新病”、痒子症、核子瘟、大头瘟、疙瘩瘟、西瓜瘟等。据清代金武祥《粟香随笔》记载，清末光绪庚寅年（1890年）和甲午年（1894年）在广东流行时，世人为此病命名为“鼠疫”。
据范行准先生的考证，我国的鼠疫最早可能是公元2世纪由印度传入。《金匮要略·百合狐惑阴阳毒病证治第三》中的“阴阳毒”，据清代杨璇的诠释：“阴阳毒即大头瘟、虾蟆瘟、瓜酿瘟之类。”仲景当时以升麻鳖甲汤加减治疗，以解毒活血为主。据元代施远端在所著《效方》中记载，在金天眷至皇统年间（1138—1149年），有“时疫胞瘩肿毒病”即腺鼠疫，起自岭北，次于太原，后于燕蓟山野，颇罹此患，绵延不绝，互相传染，多致死亡。在金太和二年（1202年），李东垣在河南济源为官时，山东一带有“大头天行”的瘟疫波及济源，此病也是腺鼠疫，当时的医生们“遍阅方书，无与对证者，出己见，妄下之，不效；复下之，比比至死，医不以为过，病家不为非”（宋濂.元史［M］.中华书局，1976.）。李东垣创普济消毒饮，治之多验。明代吴又可的《温疫论》中载有“虾蟆瘟者，喉痹失音，项筋胀大者是也”。吴又可说这个病的流行情况是“崇祯辛巳十四年（1641年），疫气流行，山东、浙省、南北两直，感者尤多，至五六月盖甚，或致阖门传染”。在崇祯十六、十七年（1643年、1644年），又在北京暴发，吴震方《花村谈经》说仅在崇祯十六年八月前后，仅二三个月中，死亡达20万人。其后江南震泽、吴江、乌程等地发此大疫，“民呕血缕即死”。清代乾隆年间，云南发生鼠疫，赵州官员师范撰《滇系》记载了疫情：“时赵州有鼠怪，白日入人家，即伏地呕血死，人染其气，亦无不立殒者。”他的儿子师道南，依杜甫《兵车行》之文势，写《死鼠行》一诗，逼真而悲惨，诗曰：
“东死鼠，西死鼠，人见死鼠如见虎，鼠死不几日，人死如圻堵。昼死人，莫问数，日色惨淡愁云护。三人行，未十步，忽死两横截路。夜死人，不敢哭，疫鬼吐气灯摇绿。须臾风起灯忽无，人鬼尸棺暗同屋。乌啼不断，犬泣时闻。人含鬼色，鬼夺人神。白日逢人多是鬼，黄昏遇鬼反疑人。人死满地人烟倒，人骨渐被风吹老。田禾无人收，官租向谁考。我欲骑天龙，上天府，呼天公，乞天母，洒天浆，散天乳，酥透九原千丈土，地下人人都活归，黄泉化作回春雨。”
据洪亮吉《北江诗话》记载：师道南作此诗后，不数日也死于鼠疫，死时未满30岁。《死鼠行》堪为中国鼠疫流行时的恐怖文学，文学性不在《十日谈》之下，且有人道主义思想。由此诗可知，当时已经知道此病的传染和鼠的关系，也知有鼠疫流行的情况了。
清道光年间，我国又始有鼠疫流行。据1895年的《博医会报》，曾记载1844年的一次鼠疫流行，这也是最早记载“鼠疫”病名的文献。1850年在广州又有流行。在1894年，从云南开始，之后传入贵州、广州、香港、福州、厦门等地，开始流行，死亡多达10万人，这次疫情又蔓延到印度、美国旧金山，也波及欧洲和非洲。10年期间就传到77个港口和60多个国家。从1910年到1911年，在北方又有从俄罗斯传入的鼠疫在东北三省流传，造成6万余人的死亡。
我国的中西医学家在历次防治鼠疫中，都以其优异的成绩作出了贡献。清代开始已有鼠疫专著。1891年吴学存的《鼠疫治法》刊行，其后，罗汝兰的《鼠疫汇编》、吴崇宣的《鼠疫约编》等著作相继发行。在使用中医药治疗方面，除李东垣的普济消毒饮治疗腺鼠疫外，清代王清任创的解毒活血汤也曾被用于治疗各种类型的鼠疫。在预防方面，我国先后甫出伍连德和全绍清这样的国际知名的卫生学家。为应对1910年东北三省发生的鼠疫，清廷设立了“京师防疫事务局”，并在山海关设立检验所，进行海口检疫，又在奉天（今沈阳）设“万国鼠疫研究会”，1911年又在哈尔滨建立“鼠疫研究所”。伍连德（1879—1960年）作为总医官，率众采取了一系列防治措施，使这场震惊中外的瘟疫，在四个月内就得到控制。清政府特例授予他陆军蓝翎军衔及医科进士。他被医学界称为“鼠疫斗士”。1920年东北鼠疫再次流行，也在伍连德的领导下，很快得到扑灭和控制。另一位防治鼠疫的英杰全绍清（1884—1951年），在1910—1911年东北鼠疫流行时，也奔赴灾区和伍连德一同工作。1917年绥远（今内蒙古自治区呼和浩特）、山西等地有鼠疫疫情，民国政府内务部指派他赴疫区主持防疫工作。他于1918年2月12日到达疫区，建立检疫总事务所，他亲任所长，在接管原地区防疫机关基础上，增设检诊部、细菌检查部、疫病院、疑似病院、消毒所、隔离所、济生院、留检所等一系列统筹的防疫治疗部门，在细菌学检查方面和消毒方法上都有所创新。他带领防疫人员，克服人员缺乏和经费不足等多方面困难，在三个多月的时间内就成功地控制了疫情。他又设计了几种既经济实用又科学的疫尸处理方法，对无能力购置棺木者，采用火葬，以此开当地居民火葬的先河。
中国历代以来，朝廷或政府对瘟疫流行都极为重视，二十五史和地方志，对大疫流行都有专题记载。对鼠疫的预防，促进了我国疾病控制体系的建设。早在清同治六年（1867年），清政府就在海关施行了海港检疫。民国十八年（1929年）以后，又先后在上海、广州设立海港检疫管理处。鉴于民国六年绥远、山西两省死于鼠疫流行达1万6千余人，民国政府于民国八年（1919年）成立中央防疫处，隶属于内务部，嗣后国民政府卫生部成立，遂改隶于卫生部，由中央防疫处主管全国卫生防疫事宜。对于传染病的预防，早在民国五年，内务部即颁布《传染病预防条例》，鼠疫被列入9种急性传染病之一。民国17年（1928年），又颁布了该条例的《施行细则》，明确规定鼠疫的消毒隔离日数为7天。中华人民共和国成立以后，即将“预防为主”定为我国卫生工作四大方针之一，1951年和1989年先后公布了《传染病管理条例草案》《中华人民共和国传染病防治法》。这两个法规都把鼠疫列为甲类头号的法定传染病。从70年来的疫情记载看，我国没有发生鼠疫的大流行，这是预防成效的见证。