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临床辨识证候通常是以四诊合参进行综合判断。在某些时候也可因脉证的特殊价值凭一而断。
四诊合参是在辨证过程中把望、闻、问、切得到的资料在分析基础上加以综合，进而确定证的病机所在，因四诊手段各异，所提取的疾病信息，有时所表述的病机并非一致，不仅轻重层次不一，甚至互相矛盾，通过多角度、多层次、多方法的四诊加以“合参”，可起到“信息互校”的作用，克服难免发生的诊察失误和医生的学派偏颇，以绳偏纠谬。例如，在脉诊与症状逻辑相悖时，常“舍脉从症”或“舍症从脉”。辨证论治以“证”为认识和处理疾病的单元。因“证”是在医患耦合的系统中，经医生诊察和主观体验后的结论，其中蕴含主体体验思维。如用现代的模糊学理论来分析，构成“证”的症状和体征，如恶寒、头痛等症状，浮、沉、迟、数等脉象，都体现了客观的模糊性。这样，由症状和体征组成的“证”的界定也是模糊不清的。“证”，不是望、闻、问、切等诊察手段所获各子集的清晰集合，而是模糊集合。辨证就是要把模糊集合阐述为有诊断意义的清晰集合。论治也具有模糊集合的特征。治法和治则是一种用语言表述的定性判断规则，如疏风清热、活血化瘀等都属于模糊算法，何况语言本身也具有模糊性。故论治本身即便在辨证清晰的情况下，也要通过不断反馈来校正处于动态变化势态下的辨证和治疗的目标差。由是而知，四诊合参是从模糊现象中寻找规律，起到对不同模糊子集合的综合判断作用。
辨证论治有时根据某一有特异价值的症状或体征就果断地明确证候和治法，称凭一而断。有两种情况，一种情况是“但见一证便是”。例如，在辨治外感时，有一分恶寒便知有一分表证；《伤寒论》少阳病在排除或然证、疑似证之外，“有柴胡证，但见一证便是，不必悉具”。此种思维属于“特征值”判定方法，一方面但见的诸证以病机一致为前提，此时能显示的任何一个少阳主要症状，都能反映小柴胡汤证的基本病机，而且这些主要症状间具有相关性。另一方面，临床病象有全息的特征，这也堪为“但见一证便是”判断的根据。藏象、经络学说认为，在人身的一个狭小局部可以有整体的信息，从其一舌一脉的诊察，可能寻见五脏六腑的征象。这种认识是以系统论思想为根据的。
系统联系性原理指出，一个系统内各局部之间，局部与整体之间保持着密切联系和信息交换，故一定的局部可因包含整体的全部信息而成为整体的缩影。
因此，无须把各种诊法所见相稽合勘也能实现整体判断。凭一而断的第二种情况，见诸于症状体征有相悖的“奇证”之时，“奇证”是与“正证”、正型相对的变型，诊断时常“舍多而从少”，仅凭一个（或少数几个）特殊症状或体征，就否决了集富于多数症状体征的“证”。例如，某疾病发作时一派寒象，患者恶寒、手足凉、下利纯水、舌白脉沉，此时患者仅见不欲盖衣被和有口渴之症状，医家则独具慧眼，在茫然中蒙喻其意，以少数热象为凭证，诊为阳盛格阴的真热假寒证，是以诸寒证为假象，而认定仅见的不欲盖衣被和口渴为证的本质，成为诊断的根据，称此种情况为“独处藏奸”。
四诊合参和凭一而断是辨证论治时截然不同的判断方式，但从思维方法看，都是系统思维的殊途同归。四诊合参是用系统思维的综合方法施以多变量的考察；而凭一而断，则根据系统的联系性原理尝鼎一脔，从部分推全体。前者是全面考虑，匡正补缺；而后者却是从系统的功能和结构来统筹分析，执简驭繁。临床上把两种方法配合而用，将能“以正和，以奇胜”而臻于化境。